Однако депутаты при первом голосовании 26 декабря 1990 года решили устроить Горбачеву, который все более и более начинал их раздражать по самым разным причинам, афронт и провалили Янаева, он получил только 1089 голосов. «Против» — 583 (из 1785 всего проголосовавших, часть бюллетеней испорчены). В тот же день премьер Николай Рыжков попал в больницу с инфарктом. Обстановка накалялась. Однако обиженный и разозленный Горбачев решил не сдаваться и повторно внес его кандидатуру на следующий день: «Эта кандидатура по личным, политическим, деловым качествам, по зрелости своей подходит. Налицо борьба в обществе, и я хочу, чтобы в этот труднейший поворотный момент рядом был человек, которому я полностью доверяю». С депутатами поработали, и теперь у Янаева было 1237 голосов («против» — 563), что хватило для его избрания. В 1991 год он вошел формальным вторым человеком в ядерной сверхдержаве.
С самого начала Янаев погрузился с головою в омут. СССР стремительно разваливался, и проблемы, одна тяжелее другой, возникали каждый день. Хотя Горбачев и не подпускал его к принятию принципиальных решений, для занятий текучкой, а точнее, по мнению самого Янаева, «зависших или безнадежных дел», он активно привлекал вице-президента. Среди первых поручений были проблемы переселения крымских татар (ими он начал заниматься еще на посту главы ВЦСПС, возглавляя соответствующую комиссию), турок-месхетинцев, немцев Поволжья, армяно-азербайджанского конфликта. Янаев, кстати, еще в бытность свою председателем ВЦСПС, входил в комиссию по «разводу» СССР и Литвы, так что определенный опыт в данной сфере имел.
Все это были не решаемые в тех условиях и при том руководстве вопросы. Ни о каком организованном возвращении тех же татар в Крым в условиях экономического хаоса, когда страна стремительно проедала золотой запас и все сильнее и сильнее начинала зависеть от иностранной помощи, в условиях политической борьбы Центра с республиками и борьбы за власть внутри республик, областей и городов после выборов 1990 года, говорить не приходится. Могла быть только имитация работы.
Другим направлением работы Янаева (ставшего с марта 1991 года членом Совета безопасности СССР — нелепое подражание государственному устройству Америки, как, впрочем, и сам пост вице-президента) явилась печальная необходимость присутствовать при похоронах реликтов советского времени. Так, 1 июля 1991 года он на последнем заседании Политического консультативного комитета ОВД в Праге от имени СССР подписал акт о роспуске Варшавского договора. Когда на последовавшей пресс-конференции Янаева спросили, как он относится к тому, что НАТО остается после роспуска ОВД, ему ничего не оставалось сказать другого, как выразить надежду, что и этот блок будет распущен. Тремя днями ранее, 28 июня, в Будапеште был распущен Совет экономической взаимопомощи. Делать хорошую мину при плохой игре советским представителям приходилось все чаще.
Так было и во время визита президента США Джорджа Буша-старшего в Советский Союз буквально накануне ГКЧП. Гость после переговоров в Кремле захотел посетить стремительно дрейфующую в сторону от Москвы Украину. 1 августа он вылетел в Киев. Как пишет американский советолог и дипломат Строб Тэлботт: «Смирившись с этой однодневной поездкой, Советы попросили Буша взять с собой небольшое число сопровождающих от центрального правительства, — по всей вероятности, для того, чтобы подчеркнуть: Украина все еще является частью владений Москвы. Поскольку Геннадий Янаев был старшим в группе, Буш попытался завязать с ним разговор. Однако вскоре стало ясно, что Янаев не склонен говорить о делах, поэтому Буш повел его осматривать президентский командный пункт в воздухе, оснащенный по последнему слову техники, показал ему свою спальню с автоматически опускающимися жалюзи и даже президентский туалет. Янаев лишь повторял, что все „очень мило“ и „очень интересно“. Оставив советских представителей снова одних, Буш сказал своим помощникам, что Янаев, кажется, „довольно дружелюбный малый“, но безусловно, не из тех, „кто способен уложить противника“. Он добавил, что Янаев соответствует той оценке, которую дала ему разведка США еще до поездки: это старорежимный аппаратчик, который едва ли будет играть существенную или независимую роль в политической жизни своей страны».
Когда Валентин Павлов был назначен главой кабинета, то его структуру, по поручению Горбачева, прописывал Геннадий Янаев. Были у вице-президента и менее интересные поручения, он вспоминал, как, из-за угрозы остановки металлургических заводов с их непрерывным циклом производства, ему вместе с премьер-министром Валентином Павловым приходилось с пяти утра обзванивать, подобно диспетчерам, Кузбасс и Донбасс, чтобы оттуда подали вовремя уголь на предприятия. Те работали буквально «с колес», не имея запасов угля.
