Суворов прежде всего взялся за больных и за госпитали. Больных в госпиталях оказалось около 1200 человек. Он приказал эвакуировать таврические госпитали, а от находившихся вне полуострова отказался вовсе, представя об этом Румянцеву. Возложив попечение о больных на полковых командиров, как на прямых ответчиков, Суворов принялся за военную часть. Он разделил полуостров на округа для удобства наблюдения за турками; указал, какие укрепления усилить и какие возвести вновь; протянул по морскому берегу линию постов; завёл сигналы между сухопутными войсками и флотилией; приказал обучить людей распознаванию своих судов и турецких. Чтобы устранить возможность недоразумений, он издал 16 мая подробную инструкцию, которая вменяла в обязанность войскам соблюдать согласие с обывателями; последним указан порядок принесения жалоб. Начальникам рекомендована неусыпная бдительность, взаимная связь и подкрепление, употребление оружия лишь в крайности, а с покоряющимися полное человеколюбие. 16 мая Суворов отдал приказ по войскам крымского и кубанского корпусов о порядке службы вообще.
Порта тем временем решила послать в Чёрное море три эскадры, двинула к границе войска и стала строить через Дунай мост у Исакчи. Румянцев уполномочил посланника в Константинополе подать ультиматум. Он смог так поступить потому, что все путанное дело охраны татарской независимости велось с нашей стороны гладко, а со стороны Турции было много промахов.
Румянцев предписал Суворову не допускать высадки турок в Крыму. Задача была трудная, потому что мы находились с Турцией в мире и действовать следовало мирными средствами, а к оружию прибегать лишь в крайности. Румянцев сомневался в способности Суворова и писал Потёмкину: "Как господин Суворов не говорлив и не податлив, то не поссорились бы они, а после бы и не подрались". Однако Суворов вступил в переговоры. Турки говорили, что русские не имеют права занять Крым, независимость которого признана недавним миром, и флот их не должен плавать по Чёрному морю, принадлежащему Турции. Суворов объяснял, что русские войска находятся в Крыму по приглашению татарского правительства, а флотилия плавает для охраны Крыма. Вместе с тем он выражал своё удивление на счёт нахождения турецкого флота у берегов независимого полуострова, которому никто не угрожает и правительство которого к турецкой помощи не прибегает. В заключение Суворов объявил, что насильственное вступление турок на берег будет принято за разрыв, и русские прибегнут к оружию для защиты независимости Крымского ханства.
7 Июня в ахтиарской (севастопольской) бухте стояло несколько турецких судов, с которых часть людей высадились ночью на берег и убили казака. Эти суда находились тут давно, и миссия их заключалась в попытке поднять татар против хана и русских. Суворов, стоявший лагерем вблизи Бахчисарая, пригласил хана и вместе с ним объехал верхом часть берега в виду турок. Он выбрал и наметил тут места для укреплений, и в ночь на 15 июня 6 батальонов русской пехоты с конницей и артиллерией расположились по обе стороны ахтиарской бухты и приступили к возведению насыпей. Утром работу прекратили. От турок последовал запрос; Суворов в дружественном ответе указал на убитого казака. Следующей ночью работа по возведению укреплений продолжалась, в третью также. Укрепления могли запереть турецким кораблям отступление. 17 июля, несмотря на противный ветер, турки вышли из бухты на буксире гребных судов и бросили якорь в море, в получасе от берега.
В начале сентября турки появились в огромных силах: около 170 судов оцепили часть Крымского полуострова, крейсировали у берегов и скоплялись вблизи наших укреплений. Суворов усилил цепь пикетов по берегу и ввёл в Крым через Перекоп резервный корпус; отряды стали маневрировать по берегу соответственно с демонстративными движениями турецких судов. Турки просили дозволения сойти на берег для прогулки; им было отказано дружески, но твёрдо, под предлогом карантинных правил, так как корабли прибыли из мест, заражённых чумой. Турки просили позволения налиться пресной водой и запастись дровами, но и эта просьба отклонена в вежливой форме под предлогом чумы и засухи, вследствие которой мы сами в воде нуждаемся. После этого турецкий флот отплыл к Константинополю.
Румянцев по поводу довольно многочисленных случаев обращения мусульман в христианство писал Потёмкину: "Татары и турки в немалом количестве прибегают к источнику вечной жизни, и я желаю, чтобы равноапостольный Суворов их жажду утолил, а Гассан–бея к пресной воде не пускал".
