Через несколько дней, 11 июня, Монсеньор взял штурмом Иссуар. Солдат «невозможно было удержать от того, чтобы они не грабили и не жгли Иссуар, не убивали бесчеловечно всех подряд… Монсеньор и другие господа были бессильны спасти честь женщин и девушек». Кровь, в которой оказался потоплен овернский город, сделала Монсеньора сообщником своей матери и брата. Теперь он уже не мог упрекать их в событиях Варфоломеевской ночи, а протестанты не имели к нему никакого доверия. Опасность нового недовольства с его стороны отодвинулась на значительное время, союз реформатов и «политиков» распался навсегда. После победы Монсеньора ему открылась дорога либо в Севенны, либо на запад. Король, видимо, не особенно хотел быть свидетелем многочисленных побед брата, поэтому он вернул его ко двору, а командование его армией передал герцогу де Неверу, в то время как герцог де Майен получил приказ взять Бруаж. Последний осадил город 22 июня. Лярошельцы захватили его, но не укрепили. Городское население ненавидело знать, и командующий флотом, Клермон д'Амбуаз, был вынужден сдаться. В Ля-Рошели народ его встретил унизительными выкриками, требуя сражения. Через несколько недель Бруаж сдался 21 августа.
На Юге гугеноты под руководством сына адмирала Франсуа де Шатийона создавали больше трудностей. При первых слухах об отступничестве Дамвиля Шатийон захватил крепость Монпелье и приказал срыть ее (17 апреля), тогда как Сен-Ромен занимал Эг-Морт. На помощь маршалу король направил маршала де Белльгарда. Первый блокировал Монпелье, второй Ним. Шатийон собрал вторую армию, сумел преодолеть линии осаждающих и 1 октября проник в Монпелье. Он собирался выяснить отношения с Дамвилем, когда Ля Ну и Торе прекратили сражения. Наступил мир, согласно подписанному 17 сентября в Бержераке мирному договору. Это соглашение стало возможным благодаря тройному желанию — Екатерины, Генриха III и Генриха Наваррского, несмотря на оппозицию Гизов, папы и Испании. Генрих III не хотел уничтожать своих протестантских подданных. Продолжение военных действий лишь ухудшало положение в королевстве. Король поручил герцогу де Монпансье начать переговоры с королем Наваррским. Он также написал собственноручно письмо королю Наваррскому и просил герцога его передать. Король говорил Монпансье о своем названом брате: «Пусть он поймет, что после меня и моего брата нет никого, кроме него, кто был бы Так заинтересован в сохранении этого королевства». Таким образом, король напоминал Беарнцу, что после Монсеньора именно он является наследником короны, и его вполне понятная заинтересованность в деле должна побудить его к восстановлению мира. С конца 1576 года мирный договор подготавливался инструкциями королевы-матери, даваемыми ею Бирону, посланцу королевы у короля Наваррского. Генрих III в конце концов присоединился к точке зрения Екатерины. Политическая дальновидность Беарнца довершила остальное, несмотря на противодействие таких сторонников партии, как д'Обинье.
Эдикт Пуатье, подтверждающий соглашение Бержерака, сократил преимущества, данные реформатам по договору Болье. Свобода культа разрешалась в окрестностях одного города на судебный округ. Она сохранялась в городах и деревнях, которые пользовались ею «до последних вооруженных столкновений» и которые удерживали протестанты до 17 сентября. Свобода богослужений запрещалась в цизальпинских владениях короля, то есть в Италии. Зона исключения вокруг Парижа увеличилась. Протестанты теряли также половину палат, состоящих из католиков и протестантов, число протестантских магистратов в удерживаемой ими половине палат сводилось к одной трети. Но в качестве гарантии король предоставлял гугенотам их зоны безопасности сроком на 6 лет. Договор предусматривал восстановление католицизма на всей территории королевства, включая города, где кальвинизм был господствующей религией.
Генрих III мог поздравить себя с подписанием мирного договора в Бержераке. Он назвал его «своим миром», противопоставляя «миру Монсеньора». Побежденным в шестой религиозной войне оказался не только герцог Анжуйский, но также и Лига. Католические ассоциации ничем не способствовали военным успехам, и король подписал им смертный приговор. Статья 56 эдикта предписывала и католикам и гугенотам воздерживаться от вступления в любые лиги и ассоциации. Все лиги, ассоциации, братства, созданные или планируемые для создания, должны были быть распущены и аннулированы.
Поворачиваясь таким образом спиной к гугенотам и папистам, вновь признавая свободу совести и культа, король становился тем, кем всегда должен был оставаться: верховным арбитром, и теперь он исполнял роль, как говорил Святой Луи, «короля-миротворца». Более того, он осуществлял прекрасную максиму Жана Бодена, согласно которой «монарх должен примирять одних своих подданных с другими и всех вместе с собой». Такой была ведущая линия политики Екатерины, за мрачным исключением Варфоломеевской ночи. Таков был триумф ее мудрости, дальновидности и терпимости по отношению к слепому фанатизму сект и фракций.
