Помимо проблем с пищеварением, почками, геморроем и подагрой, можно назвать туберкулезный диатез (но не такой, как у Карла IX и герцога Алансонского) и постоянные абсцессы и фистулы. В детстве он страдал от лакримальной фистулы, которая с возрастом исчезла. Источники говорят еще об одной фистуле в зрелом возрасте и о постоянных воспалениях кожи одной руки и ноги. 25 декабря 1580 года тосканец Рениери пишет, что воспаление на ноге прекратилось, но болезнь вновь появилась на лице в виде многочисленных нарывов. Без колебаний итальянский дипломат относит это на счет сифилиса, что, впрочем, не соответствует действительности. 8 октября 1582 года тосканец Албертани информирует великого герцога о том, что у короля «на коже рук признаки сифилиса, на голове нарыв, но он хочет, чтобы никто об этом не знал и не говорил». На то же недомогание указывают венецианцы 5 октября, говоря, что король не получил «от бани желаемого облегчения от болей в голове и ушах», к которым добавились боли в руках. В декабре 1584 года, когда Генрих был в Венсене, у него «страшно разболелась голова. В правый глаз опустилась влага и воспалила его», пишут те же венецианцы 4 января. В апреле 1585 года Генрих пишет Виллеруа: «У меня болят глаза, но я хорошо себя чувствую». Воспаления костной ткани подтверждают, что причиной большинства болезней Генриха был туберкулез. 14 мая 1584 года тосканец Бузини описывает его состояние: «Боль в ноге Его Величества не проходит, поэтому 12-го числа медики предписали ему положить ногу в глотку свежезабитого быка». Всякие сомнения в туберкулезном диатезе снимает отит, поставивший под угрозу жизнь короля в сентябре 1579 года. Он был в таком тяжелом состоянии, что мог бы умереть, если бы болезнь осложнилась мастоидитом или менингитом. «В среду 2 сентября, — пишет Л'Эстуаль, — у короля сильно заболели уши, что внушило опасения, так как от этого умер король Франциск II. Приступы повторялись в этот день два или три раза». Окружение короля было ошеломлено. Во всех парижских монастырях были заказаны молитвы за его выздоровление, спешно информировали Екатерину, находящуюся с важной политической миссией на Юге страны. Вставал вопрос, прибегать ли к хирургическому вмешательству, когда нарыв сам вышел через глаз. Тогда врачи сочли необходимым искусственно открыть новый абсцесс на правой руке и посоветовали королю ходить с постоянно покрытой головой. Этим объясняется то, что когда король подписывал документы, можно было видеть часть руки с искусственным нарывом.
Генрих болел до конца жизни. 9 февраля 1589 года Кавриана пишет, что «у короля сильные боли из-за геморроя и он постоянно в постели». Генрих жаловался, что не может приказывать так, как того требуют обстоятельства, так как «когда болит голова, страдают прочие части тела» (замечание, передающее жестокую правду в трагической обстановке 1589 года). Действительно, что делать, если так часто приходят болезни?
Врачи королевского дома ничего не могли поделать. Нам не известно ни одного из их имен, за исключением Эроарда (прославившегося позже, в качестве врача Людовика XIII). Всех хирургов двора затмил знаменитый Амбруаз Паре. Хоть Генрих и был вынужден прибегать к услугам врачей, у него не было никаких иллюзий в отношении возможностей врачебного искусства. В 1577 году он писал Суврэ, спрашивая новостей о его здоровье, так как тот лечился вдали от двора, Генрих добавлял: «Молю Бога, чтобы он сберег вас и забрал из рук этих несносных врачей… не знаю, как их назвать».
Крайняя неэффективность терапии объясняет пристальное внимание к нововведениям. Постепенно при дворе установилась импортированная из Италии практика кровопусканий. Там ее распространил итальянец Боталли, лечивший кардинала де Бирага и написавший трактат «О кровопускании». Генрих III должен был одним из первых испытать это «лекарство», так распространившееся в следующем веке. 16 сентября 1578 года один корреспондент Жана де Сен-Сюльписа ему сообщал: «В субботу Его Величеству пустили кровь, и это сделал хирург господина канцлера, так как король не хотел доверяться своим. Хирург не очень хорошего мнения о пущенной крови». Также широко применялась диета, несмотря на часто вызываемую слабость. Дипломаты сообщают, что Генрих и его жена покидали двор, чтобы соблюдать диету. Недостаток врачебных средств объясняет также распространенность водолечения. Генрих III и королева были прилежными курортниками.
Король решил прибегнуть к водолечению в 1580 году. В апреле 1580 года венецианец Приули пишет, что король собирается вместе с двором покинуть Париж, чтобы «привезти свою жену к водам Бурбонов и помочь ей иметь детей». В том же году он сам собирался поехать в Пломбьер и там пройти курс лечения. Он послал туда своего врача, но сам так и не приехал. Король с женой посещал три курорта — в Бурбон-Ланси, Пуг и Спа.
