Генрих III попытался помирить сестру с ее мужем, но последний не собирался поддаваться на уговоры. Тем не менее в 1578 году Маргарита появилась при дворе в Нераке. Король писал 2 августа из Олленвиля господину д'Абэну: «Я ненадолго приехал сюда, составить компанию моей жене и матери, которая собирается отвезти королеву Наваррскую в ее владения». Но ее пребывание на юго-западе было непродолжительно. Приняв самое деятельное участие в небольшой так называемой «войне влюбленных», в 1580 году она вернулась ко двору Генриха III. В июне 1583 года Рениери уточняет, что она не желает больше жить с мужем гугенотом и выгнала одну из своих придворных дам, от него забеременевшую. В августе 1583 года Генрих III напрасно пытался убедить ее возобновить совместную семейную жизнь. Она отказалась. Выйдя из себя, король прибегнул к силе, приказал арестовать и допросить всех ее слуг и придворных дам. Разразился публичный скандал. Маргарита сделала вид, что не может сопротивляться, а сама ждала случая снова получить свободу. В 1584 году она вновь, и на этот раз окончательно, рвет со своим мужем и братом, и бежит в Овернь, попытавшись при этом создать княжество вокруг Ажана. Король использовал против нее самые суровые средства, конфисковав имущество Маргариты в счет уплаты ее долгов. В октябре 1586 года Генрих писал Виллеруа: «Королева попросила меня приказать арестовать Обиака во дворе замка д'Юссон в присутствии этой презренной… Проследите, чтобы его казнили. Прощайте». Речь шла о Жане де Галар, господине д'Обиаке, «прекрасном Аттисе» Маргариты, жившем с нею в Юссоне. Правитель Верхней Овернии Канийяк арестовал его и казнил без суда и следствия в Эгперс.
Время успокаивает чувства, и Генрих III не оставлял мысль положись конец ее овернской ссылке и позволить ей расположиться в Вилле-Котре, если она пообещает вести себя разумно. Осложнения, вызванные деятельностью Святого Союза в 1588 году, помешали ей перейти от намерений к действиям.
Высокородная Маргарита Валуа считала себя освобожденной от всяких этических норм. Несомненно, Генриху Наваррскому первому пришлось напомнить ей о них, но очень быстро он передал эту роль своему шурину. Генрих III иногда очень сурово обращался с ней, как, например, в августе 1583 года. В ответ он получал одни неприятности, а его сестра прямо и косвенно не переставала смешивать его с грязью (что она начала делать очень рано).
С Франсуа Генриху III тоже не удалось установить долгих искренних отношений. После осады Ля-Рошели практически бездонная пропасть разделила двух родных по крови людей. Участие герцога в заговоре Ля Моля и Кокона и его желание в свою очередь стать генерал-лейтенантом королевства только увеличили расстояние между ними, в 1574 году разделившее нового короля и Монсеньора, ставшего главой оппозиции против Его Величества. Генриху III удалось вернуть его в королевский лагерь, поручив ему ведение войны против гугенотов в 1577 году. Но взаимное доверие было лишь внешним. Очень часто герцог Анжуйский, подверженный резким изменениям настроения, не являлся на назначенные встречи с королем и королевой-матерью. Этот принц был постоянным источником волнений. Когда он умер в 1584 году, облегчения это не принесло, скорее сожаление, так как законным наследником короны становился еретик. Кроме того, для Генриха III стать перспектива последним Валуа лишь увеличивала его боль и печаль. Наконец, если внутренняя семейная жизнь королевской семьи была отравлена сложными отношениями короля с братом и сестрой, то общественная жизнь тоже оказалась затронута таким положением дел. Практически установлено, что с 1576 года большая часть памфлетов, пасквилей и прочих изданий, направленных против Генриха III, исходила из ближайшего окружения королевы Наваррской и герцога Франсуа. Объединившись против короля, они сочли полезным ослабить его, обратившись к общественному мнению, внушив ему исподволь свои собственные планы.
Генрих III и Екатерина Медичи, конечно, в какой-то мере были виноваты в отношении Маргариты и Франсуа. Столь явно выраженное предпочтение Екатерины к Генриху вынудило их создать свой собственный блок против короля. Темпераментный характер королевы Наваррской и герцога Анжуйского усилили распущенность первой и то, что было анормального и нестабильного у второго. В спокойное время, когда соблюдалось уважение к королевской власти, их действия вызывали только гнев, но в период государственного кризиса и дискредитации монархии они представляли серьезную опасность.
И неудивительно, что в качестве компенсации король проникся искренними чувствами к жене, ставшей для него настоящей семьей. Он нашел рядом с ней то, в чем отказывали ему Маргарита и Франсуа.
