С 19 августа по 23 октября королева-мать провела в Шенонсо, откуда отправила своего доверенного итальянца, аббата Гадань, в Ля Рошель. Бирон обсуждал перемирие с королем Наваррским и подписал с ним 5 августа договор, который оставлял реформатам Маран, недалеко от Ля Рошель, при условии свободы культа для католиков. В ожидании того момента, когда король Наваррский пожелает начать с ней переговоры, Екатерина поддерживала постоянную связь с Бирагом, Белльевром и Виллеруа. Весь август аббат Гадань ездил то в Шенонсо, то в Ля Рошель, т. к. король Наваррский постоянно выдвигал новые предложения. Екатерина стремилась по возможности ослабить положение гугенотов и обратить своего тестя в католичество. Генрих III одобрял все ее начинания.
Укрепляя свои армии, король предоставлял матери свободу в ведении переговоров с еретиком. Четыре месяца ей пришлось прилагать все усилия, чтобы добиться желаемой встречи. На ее пути было множество препятствий. 21 августа Пизани писал ей из Рима, что папа не устает повторять ему, что «Генрих III не добьется покоя в своем королевстве», пока там существует ересь. В Париже и других городах сторонники Лиги открыто выступали против короля. Его обвиняли в сговоре с королем Наваррским и в преднамеренном замедлении продвижения католической армии. По совету Екатерины король приказал епископам и своим генерал-лейтенантам провинций положить конец подобным антикоролевским измышлениям. В конце сентября в аббатстве Урскам встретились Генрих де Гиз, кардинал де Гиз и кардинал да Бурбон. Было решено действовать без согласия короля, поскольку он воздерживается от всякого решительного шага.
Несмотря на то, что этот эпизод очень ее взволновал, Екатерина продолжала добиваться переговоров с тестем. Ей удалось добиться назначения перемирия с 8 ноября в течение 8 дней. Несмотря на объявление, встреча была отложена. В конце концов королева-мать увидела тестя в последний раз в замке Сан-Брис, на территории гугенотов ее сопровождали герцоги де Невер, де Монпансье, придворные дамы и ее внучка, Кристина Лотарингская. Генриха Наваррского со-провожали Конде и виконт де Тюренн. В течение нескольких встреч королева-мать напрасно старалась добиться соглашения. Она не могла навязать своей воли и добиться успеха. Благодаря ее письмам и другим свидетельствам мы можем сегодня оценить искусство обоих собеседников, с которым они прибегали ко всем средствам дипломатии используя ложь и лесть, угрозы и упреки. Все было напрасно. В конце концов Екатерина уехала в Ниор, где пробыла с 17 января по 19 февраля 1587 года. Будучи в депрессии, она не теряла надежды. В феврале 1587 года она предлагала Генриху Наваррскому все, что могла, так как в глубине души понимала, что в нем заключается спасение монархии. Наконец она получила обещание вновь встретиться с ним в Маране, в последний день февраля. Но в последний момент Генрих Наваррский отказался от встречи. Екатерина испытала глубокое разочарование. Кроме того, стало известно о казни Марии Стюарт 18 февраля, настоящем вызове Реформации католикам. Несмотря на свои выступления в защиту той, которую в одном письме к Виллеруа король называл «женщиной Англии», Генрих III ничем не смог помочь своей свояченице. Какую силу имели слова монарха, потерявшего власть над своим королевством, перед могущественной королевой Англии? В трагичной кончине королевы Шотландии Екатерина видела призыв к цареубийству: «Нужно лишь начать, чтобы распалить рвущихся к власти». В конце концов Генрих Наваррский прислал к ней виконта де Тюренн с сообщением, что не будет обсуждать мирный договор в ближайшие два месяца, чтобы иметь время собрать депутатов от церквей. Это был разрыв. 13 марта Екатерина вернулась в Шенонсо. Положение самого короля было все более угрожающим, что доказывает несколько попыток заговоров против него в феврале и марте 1587 года.
