После Труа двор направился в Шалон, куда прибыл 20 апреля. Но оставался он там всего 5 дней, так как Екатерина торопилась на крестины первого сына своей дочери, герцогини Клавдии, жены герцога Карла III. Королева всегда с радостью и удовольствием встречалась со своими детьми, особенно с дочерьми, бывшими замужем за иностранными монархами. 9 мая королевский поезд оставил Бар-ле-Дюк, проследовал через Комон и 15 мая прибыл в Лангр. Город был полностью католический. Напрасно гугеноты просили разрешения на проведение богослужений. И это несмотря на то, что один из Шатийонов был сеньором области и маркизом д'Андело. Из Лангра двор перебрался в Дижон. 19 мая он расположился в монастыре Шампмоль, и королевские дети смогли ознакомиться с величественными захоронениями герцогов. Через три дня, когда король и королева получили причастие, 22 мая королевская семья оставила монастырь и переехала в город, где им приготовили торжественную встречу. Екатерина с детьми расположилась в доме Гаспара де Со-Таван, генерал-лейтенанта и правителя Бургони. Так молодой герцог Орлеанский познакомился с тем, кто в сражениях при Жарнаке и Монконтуре в 1569 году станет его военным советником. Встречая королевскую семью, Со-Таван остановился на почтительном расстоянии от короля, положил руку на сердце и сказал: «Это ваше», затем коснулся шпаги и добавил: «Вот чем я могу вам служить». 27 мая двор снова отправился в дорогу. Леонор Шабо, граф де Шарни, хотел отпраздновать приезд королевской семьи в своем роскошном замке Паньи, поэтому двору пришлось на корабле пересекать реку Саону. 31 мая он остановился в Шалон-сюр-Саон. Отсюда началось долгое речное путешествие, которое приведет путешественников к самому Провансу. 3 июня они поднялись на борт большого корабля, предоставленного городскими властями Лиона, и плавание началось.
С 3 по 9 июня знатных гостей принимал Макон. 30 мая в сопровождении 300 всадников туда уже прибыла госпожа Вандом, то есть Жанна д'Альбре. Присутствие пылкой и убежденной гугенотки удручало дона Франчеса де Алава. 31 мая в Маконе прошла торжественная процессия Тела Господня. Католики украшали свои окна цветами и ветками вербы, бросали перед процессией Святого Причастия розы. А еретики в знак протеста позакрывали свои окна и двери и остались дома. Было отмечено, что закрытые дома принадлежали известным и могущественным реформатам. Самые же бедные жители города украсили свои жилища цветами. Госпожа Вандом, не обращая внимания на предостережения, смело дала отслужить протестантское богослужение, на котором присутствовали закрывшие свои дома люди. Не для того ли, чтобы призвать Жанну д'Альбре к осторожности, 8 июня прошла последняя процессия, когда в присутствии Карла IX подданные королевы Наваррской сняли шляпы и выказали ему самое большое уважение?
9 июня двор вновь поднялся на борт корабля, чтобы отплыть в Исл-Барб, маленькое аббатство на одном из островов Саоны, вверх по течению от Лиона. Главная торговая столица королевства, богатый и могущественный Лион был не из тех городов, в котором подчинение власти само собой разумелось. Он рано примял Реформацию и делился между сторонниками старой и новой веры. Там проживало много иностранцев, по большей части итальянского происхождения. После взятия города гугенотами в 1562 году следовало соблюдать осторожность. С января 1568 года Лион получил разрешение на исповедание обеих религий. Только с прибытием короля приказ монарха запретил протестантские проповеди на время его пребывания в городе.