В течение всего следующего дня «щука» упорно «ползла» на запад через проход между островами Гогланд и Большой Тютерс. Из-за плохой работы штурманских приборов субмарина регулярно ударялась о каменистое дно залива и дважды тратила по нескольку часов на то, чтобы обогнуть мелководные банки. Лишь преодолев немецкое минное заграждение «Зееигель» (при этом Щ-406 прошла через три линии мин, ни разу не задев за минреп), в ночь на 25-е Осипов решил всплыть для зарядки аккумуляторной батареи. Впрочем, темным это время суток можно было назвать весьма условно – период белых ночей находился в самом разгаре. Внезапно появившийся из сумерек на малой высоте финский патрульный самолет сбросил на «щуку» в момент ее погружения глубинные бомбы. Хотя их взрыв прогремел в 15 метрах от корабля, повреждения, вызванные гидродинамическим ударом, оказались весьма серьезны. Вышли из строя вертикальный и горизонтальные рули, вода попала внутрь магнитного компаса. Через несколько минут неуправляемая субмарина легла на дно на глубине 45 метров.
Личный состав, мобилизованный командиром и механиком, приступил к устранению повреждений. Вскоре заработало электрическое управление горизонтальными рулями, а для вертикального руля изготовили разрушившуюся деталь, после чего он тоже стал работать. На все это ушло около часа. Как только поступил доклад о том, что рули работают, Осипов немедленно оторвал субмарину от грунта и увел ее с места атаки. Сделано это было весьма своевременно – шум винтов, запеленгованный гидроакустиком, показал, что в район прибыли вражеские сторожевые катера. Снова пришлось ложиться на грунт и выключать все шумящие механизмы. К вечеру группу финских катеров сменили немецкие тральщики, но все их попытки обнаружить притаившуюся на дне «щуку» оказались тщетны. Противник сбросил в районе более пятидесяти глубинных бомб, но ни одна из них не смогла нанести субмарине дополнительных повреждений. К полуночи 26 июня Осипов оторвал подлодку от грунта и снова повел на запад. Движение в этом направлении осуществлялось в подводном положении до конца суток, когда лодке пришлось всплыть из-за почти полного израсходования запасов батареи. Сами подводники находились на моральном подъеме, хотя многие начали чувствовать себя плохо – 46,5-часовое нахождение в невентилируемом прочном корпусе вызвало у многих головокружение и предобморочное состояние, даже несмотря на то, что для регенерации воздуха израсходовали 130 регенерационных патронов и 2 баллона кислорода. Но храбрецам везет – из-за опустившегося тумана всплывшая субмарина не была обнаружена патрулировавшими здесь противолодочными силами противника, смогла спокойно зарядиться и продолжить свой поход. Дальнейший прорыв в Балтику прошел без происшествий, и утром 28 июня «щука» вышла в открытое море. Спустя сутки она заняла позицию у шведского побережья.
Именно после завершения прорыва комиссар корабля Василий Антипин снял на любительской кинокамере небольшой фильм. На пленке подводники веселятся, машут руками, радуясь тому, что остались в живых и наконец-то вышли в море топить врага. Бурно не радовался только один Евгений. На пленке он стоит в центральном посту, смотрит в перископ, затем отрывается от него и спокойно смотрит в камеру. Когда спустя много лет после войны эту пленку довелось увидеть отцу Евгения Якову Осиповичу, он сказал:
