Жесткое решение царя вызвало огромное недовольство в Казани и московским царем, и его марионеткой, казанским ханом Шах-Али, не способным постоять за земли ханства. Князь Бибарс Растов с братьями возглавил заговор против Шаха-Али и вступил в тайную переписку с ногайским ханом. Прознав про измену и подготовку мятежа, Шах-Али решил не ударить в грязь лицом и проявить себя во всем блеске и коварстве восточного деспота – пригласи главных заговорщиков на пир в свой дворец, и велел верным мурзам вырезать всех изменников прямо за столом. Кому-то из заговорщиков удалось вырваться из дворца, но у дверей их поджидали сабли и бердыши русских стрельцов Шаха-Али. Два дня в Казани лилась кровь – было убито 70 знатных татар, а незнатных без счета, виновные и невиновные побежали к ногайскому хану просить управу на жестокого Шаха-Али.
Избавившись от заговорщиков, хан Шах-Али возбудил к себе страшную ненависть чуть ли не всей Казани. Прознав, что положение его безнадежно, царь с боярами приняли решения низложить Шаха-Али и назначить в Казань царского наместника, князя Семена Микулинского. После долгих препирательств с Адашевым Шах-Али вместе с русским гарнизоном выехал из Казани в Свияжск, хитростью захватив с собою 84 татарских мурз и князей, которых он передал русским воеводам в качестве заложников. В тот же день в Казани была оглашена царская грамота, в которой говорилось, что по челобитью князей казанский царь низложил с престола хана Шаха-Али, но взамен дал им своего наместника, свияжского воеводу, князя Семена Микулинского. Посему все казанские «лучшие люди» должны явиться в Свияжск и принести присягу наместнику: таким образом Казанское ханство присоединяется к Московскому государству.
Оглашение царской грамоты было встречено довольно спокойно, хотя и прохладно. После приведения казанцев к присяге царский наместник Микулинский должен был торжественно въехать в Казань 9 марта 1552 года, а накануне вечером в город уже прибыл его багаж в сопровождении 70 русских казаков…
Казалось, мечта Иванова близка к осуществлению – Казань покоряется без всякого кровопролития, знаменитое ханство переходит раз и навсегда под руку Москвы…
Рано утром 9 марта наместник Микулинский вместе с воеводами Иваном Шереметевым и Петром Серебряным во главе большого войска двинулись к воротам Казани. Трое татар из сопровождения наместника, князья Ислам, Кебек с мурзой Нарыком на подходе к городу попросили Микулинского разрешения поехать впереди – подготовить торжественную встречу у ворот крепости. Достигнув же крепости, вероломные Ислам, Кебек и Нарык первым делом заперли крепостные ворота и переполошили казанцев слухом, что русские идут к ним с намерением истребить всех жителей. Горожан это встревожило не на шутку, и большинство бросилось вооружаться, хотя многие вельможи, уже принявшие присягу разуверяли мятежников, мол царь и его боре против беззакония, обещали властвовать без насилия, по закону, оставить все, как есть… А вероломные князья крыли в ответ: царь и бояре говорят одно, а поступают по иному, вот и верь таким на слово, когда в Москве в заложниках послы, а в Свияжске – князья и мурзы…
Когда наместник и бояре подъехали к Царевым воротам, они оказались запертыми наглухо, а на стенах стояли вооруженные казанцы. Два дня стоял наместник с войском под стенами Казани, прося отпустить хотя бы русских стрельцов. Видя нелепость своего положения главы города перед присягнувшими царю, но отказывающимся открыть ворота казанцами, Микулинский решил возвратиться в Свияжск. Брать крепость приступом у него не было достаточных сил… В Москву поскакал боярин Шереметев с донесением царю о новой казанской измене…
В Казани образовалось временное мятежное правительство, по указанию которого, первым делом, были перебиты около двухсот находившихся в городе стрельцов и несколько десятков русских купцов. Казанцы решили сделать ставку не на Крымскую орду Гиреев, где на ханском престоле после убийства Саип-Гирея восседал вассал султана Сулеймана, Девлет-Гирей, а на Ногайскую орду. Этом способствовал и сам Девлет-Гирей, отказавшийся ранее от казанского престола, но предложив казанцам царевича Ядигера от ногаев и астраханцев и помощь своего покровителя султана, боявшегося усиления Москвы. К ногаям послали гонцов, чтобы предложить казанский престол астраханскому царевичу Ядигеру, потомку хана Тимур Кутлука. Царевич Ядигер не заставил себя долго упрашивать и поспешил занять казанский престол.