Фрески расположены ярусами, каждый из которых посвящен отдельному иконографическому аспекту. При этом каждый ярус делится на восемь секций. Центральное место отведено изображению Христа-Судии, которое занимает одну из секций и проходит по всем ярусам, кроме самого верхнего, в котором помещены двадцать четыре старца Апокалипсиса, сгруппированных по три в каждой секции.
Ярус ниже посвящен ангелам, которые несут орудия Страстей Христовых, далее — святые, мученики и блаженные, под ними — триады аллегорий: это семь христианских добродетелей, каждую из которых с одной стороны дополняет Дар Святого Духа, а с другой — Блаженство, уготованное праведникам. Наконец, в регистре, расположенном над барабаном купола, мы видим семь областей ада, каждая из которых соответствует одному из семи смертных грехов.
Подобное деление ярусов на секции неслучайно и обусловлено не колоссальными размерами купола, не прихотью живописца или составителя программы, а глубоким богословским смыслом: в семи секциях помещены семь пороков, которым противостоят соответствующие добродетели, восьмую же секцию занимает масштабное вид
Восьмой сегмент становится символом Восьмого дня, времени вечности, ожидающего в конце материального мира, который наступит с возвращением Христа — того самого Христа, который и изображен в данном сегменте. В самом верху этой фрески помещены два ангела: один из них держит свиток с надписью ECCE HOMO («Се, человек») — слова, сказанные Пилатом перед толпой, требовавшей казни Христа. Другой указывает на надпись INRI («Иисус Назарянин, Царь Иудейский») — такая была на титулусе креста, на котором распяли Иисуса.
Под этими ангелами мы видим Христа, восседающего на троне, в белых одеждах, с распростертыми руками. Вокруг него — ангелы; рядом — традиционно по правую руку Богоматерь, по левую — Иоанн Креститель, покровитель и защитник Флоренции, ходатайствующий за всех флорентийцев. Ниже и правее изображены нагие Адам и Ева, прикрытые ветвями. Они просят прощения для себя и своих потомков за грешное человечество. Под ногами Христа маленький путти вбивает гвоздь в небесную сферу: мир, распявший Христа, теперь побежден. Еще ниже — аллегории трех теологических добродетелей, традиционно представленных в виде женских фигур: в центре — в алых одеждах Милосердие, окруженная детьми и держащая в руке собственное сердце; по левую руку от нее — почти обнаженная Вера, в легких белых одеяниях и с крестом; напротив — Надежда, в зеленых и золотых одеждах, устремившая взгляд в небо с молитвенно сложенными руками.
По обе стороны от добродетелей изображены святые, почитаемые во Флоренции, под ними — аллегория «воинствующей» Флорентийской церкви, стоящей у герба народа Флоренции: два ангела снимают с нее доспехи и облачают ее в золотой плащ — одеяние победителя. Убежденные патриоты Флоренции на службе любимого города не могли не прославить ее даже в таком произведении, в сюжете которого мирская слава, казалось бы, не имеет значения. Таков был заказ Козимо, таков был и сам Вазари, в своих «Жизнеописаниях» неизменно превозносивший флорентийских художников.
И наконец, в самой нижней части этого сюжета мы видим аллегорию конца естественного времени, она представлена в виде обнаженной старухи с девятью грудями, которую окружают спящие персонификации четырех времен года. Слева и справа от этой колоритной группы — Время в виде крылатого старика с пустыми и разбитыми песочными часами и Смерть, ломающая свою косу: когда материальный мир перестанет существовать, не будет ни времени, ни смены времен года, не будет и смерти.
Козимо умер в апреле 1574 года. Вазари последовал за ним спустя три месяца — 27 июня. Он успел завершить только самый верхний уровень, изображающий двадцать четыре старца Апокалипсиса, и три секции непосредственно под ним. Сын Козимо, Франческо I Медичи, поручил завершить работу Федерико Дзуккари с указаниями придерживаться рисунков Вазари и его живописной манеры. Дзуккари подписал договор с соборной управой в ноябре 1575 года и приступил к работе 30 августа 1576-го. На то, чтобы завершить проект, у него ушло три года.
Законченный «Страшный суд» стал одним из самых больших фресковых циклов в истории искусства: его площадь составляет более 3600 квадратных метров. Под куполом флорентийского собора разместилось более семисот фигур: 248 ангелов, 235 душ, 21 аллегория, 102 персонажа Священной истории, 35 грешников, 13 портретов, 14 чудовищ, 23 путти и 12 животных.
