Когда Наджм ад-Дин умер в 1509 или 1510 году, Исмаил назначил на его место другого таджика, амира Яр Мухаммада Ахмада Хузани. Известный как Наджм-и Сани (второй Наджм), он стал доминирующей фигурой в сефевидской администрации и в 1512 году спровоцировал первый кризис в правлении Исмаила. Исмаил назначил его командующим армией, отправленной в Хурасан, чтобы противостоять вторжению узбеков под командованием Джани Бег Султана. Под его началом служили кызылбашские офицеры, назначенные в провинцию. Осенью 1512 года сефевидская армия, поддерживаемая Бабуром и его сторонниками, осадила Гуждуван. Когда осада затянулась, а припасов стало не хватать, Наджм-и Сани отказался от совета своих подчиненных отступить. Когда узбеки атаковали, вожди кызылбашей оставили его, а сам он был захвачен в плен и казнен. Из источников ясно, что кызылбаши возмущались властью, влиянием, богатством и высокомерием Наджм-и Сани. Они не хотели подчиняться ему на основании его назначения на высокий пост шахом, считая себя независимыми вождями, а не приспешниками правителя. Именно этот вопрос, а не этническое соперничество само по себе, стал причиной постоянных столкновений между кызылбашскими вождями и таджикскими чиновниками в истории Сефевидов до правления шаха Тахмаспа. Хотя таджикские вакили не имели титула визиря, они функционировали так, как обычно функционировали визири, а лица, носившие титул визиря, занимали подчиненное положение.
После смерти Наджм-и Сани Исмаил назначил вакилем амира Наджм аль-Дина Абд аль-Баки, одного из помощников Наджм-и Сани, который также занимал должность садра; он был убит при Чалдиране. Следующий вакиль, Мирза Шах Хусайн Исфахани, занимал этот пост в течение девяти лет. После великого поражения Исмаила вакиль остался во главе администрации, но его должность была фактически визирем. Его власть, естественно, вызвала недовольство кызылбашей. В 1523 году он был убит кызылбашским офицером, с которого он пытался взыскать крупный долг в казну. Это событие усиливает впечатление, что столкновение между кызылбашами и таджиками касалось условий взаимоотношений между шахом и его офицерами.
Были ли они слугами правителя, подлежащими как наказанию, так и награде, занимающими должность и статус по его желанию, или независимыми вождями, ритуально подчиненными правителю, но служащими ему по своему усмотрению? Преемник Мирза-шаха Хусайна на посту вакиля ранее служил визирем и продолжал занимать эту должность.
В период господства кызылбашей в первые годы правления Тахмаспа титул вакиля носил вождь первостепенного племени. Этот титул отражал статус главенствующего вождя как фактического правителя империи. Глава администрации, хотя и носил титул вакиля, не обладал большой властью. Административным последствием появления Тахмаспа стало возрождение гражданской бюрократии. Масум Бег Сафави сыграл в ней ключевую роль. Потомок брата шайха Хайдара, он занимал пост вакиля с 1550 или 1551 по 1569 год. Он придерживался среднего курса между таджикской и кызылбашской программами, что было характерно для большей части правления Тахмаспа. Должность курчибаши также стала более заметной. Севиндук Бег Афшар занимал этот пост с 1538 или 1539 года до своей смерти в 1561 или 1562 году, несмотря на изменчивость племенной политики в эту эпоху. С исчезновением религиозного вызова в империи должность садра вернулась к своему прежнему статусу управления землями и средствами, выделенными религиозному учреждению.
Беспорядочный период последней болезни Тахмаспа, короткое правление Исмаила II и неэффективное правление Мухаммада Худабанды означали возвращение к доминированию кызылбашей и хаосу в управлении. Исмаил II наделил значительными полномочиями своего визиря Мирзу Салмана. Мирза Салман возглавлял силы централизации, сначала в союзе с Махд-и Уля, затем с Хамза Мирзой, пока кызылбашские амиры не потребовали его отставки в 1583 году. Мирза Салман последовательно стремился к усилению власти своего благодетеля Хамза Мирзы и часто обвинял кызылбашских офицеров в нелояльности. Те, в свою очередь, обвиняли его в превышении власти и положения, например, в том, что он участвует в военных делах, а не ограничивается таджикским управлением, и в том, что у него неподходящая военная свита. Хамза Мирза выдал его кызылбашскому руководству, которое казнило Мирзу Салмана. Он обвинял кызылбашей не в измене в смысле помощи османам или узбекам, а в том, что они были более преданы себе, чем шаху и наследнику. Осуждение кызылбашами узурпации Мирзой Салманом военного статуса имеет не только этническое содержание; они выступают против передачи военных активов, которые должны быть исключительной собственностью кызылбашей, чужаку. Если бы Мирза Салман оказался носителем турецкого языка, не связанным с кызылбашской конфедерацией, его, вероятно, постигла бы та же участь с другим риторическим обоснованием.