Воцарение шаха Аббаса в 1588 году, по-видимому, ознаменовало возвращение к ситуации начала правления Тахмаспа, когда доминирующий кызылбашский офицер занимал должности вакиля и амира аль-умара. Казнь бывшего покровителя молодого правителя, муршида Кули-хана Устаджлу, два года спустя навсегда покончила с претензиями кызылбашей на политическое господство. При Аббасе ни один из чиновников не доминировал над другими; шах оставил главенство за собой. Четыре офицера - курчибаши, кулларакаси, туфангчибаши и великий визирь, получивший теперь титул садр-и азам (в соответствии с османской практикой) или итимад аль-даулах (опора государства), - контролировали управление. Курчибаши перестали ассоциироваться с доминирующим племенем, поскольку такового не было. В течение большей части правления Аббаса этот пост занимал Иса-хан Сафави, внук вакиля Тахмаспа, что полностью вывело его из-под контроля кызылбашей. Должность амир аль-умара фактически перестала существовать; этот термин использовался в основном для обозначения важных провинциальных губернаторов. Аббас превратил всех офицеров, включая кызылбашских вождей, в своих собственных функционеров. Проблемы и конфликты, доминировавшие в политике и управлении Сефевидов, отошли на второй план.
Переход большей части империи из-под юрисдикции мамалыги в ведение хасса касался прежде всего управления провинциями. Но так же, как это изменение имело военные последствия, поскольку переклассифицированные земли поддерживали кюрчи, гхуламов и мушкетеров вместо кызылбашских солдат, оно повлияло и на центральную администрацию. Мамалыкские провинции, управляемые кызылбашскими губернаторами, практически не платили доходов центральному правительству и, таким образом, в основном находились вне его компетенции и его гражданской бюрократии. Провинции Хаса, однако, были исключительной сферой деятельности центральной администрации. Таким образом, Аббас значительно повысил значение гражданской бюрократии и ее главы.
После смерти Аббаса созданная им система управления оставалась в силе, хотя и без изменений, вплоть до падения династии. Произошли три основных изменения: отстранение правителей (за исключением Аббаса II) от повседневного управления, рост влияния дворцовых чиновников и усиление роли улама, как внутри, так и вне официальных должностей. Увеличилась власть визиря и численность гражданской бюрократии. Напряжение между гражданской и дворцовой бюрократией стало одной из главных особенностей сефевидской политики. Дворцовая бюрократия всегда была многочисленной и влиятельной; кроме того, она имела гораздо лучший доступ к самим правителям, а зачастую и более тесные отношения с ними. Главный придворный чиновник, ишик-акаси-баши, подчинялся великому визирю и контролировал всю придворную челядь, включая евнухов, привратников и других придворных чиновников. В его обязанности входило два основных компонента: дворцовое управление и придворный протокол. Главный евнух гарема, носивший титул ишик-акаси-баши гарема, или капучи-баши, подчинялся ишик-акаси-баши. Евнухи играли особенно важную роль во время долгого правления шаха Сулеймана, который всю свою жизнь до воцарения провел в гареме и редко покидал его после. Гаремные чиновники стали посредниками между реальным правительством и правителем.
У сефевидского царского дома был еще один важный компонент, контролируемый назиром-и буютатом (начальником царской мастерской). Назир-и буютат представлял правителя в качестве художественного мецената и промышленника. Исмаил и Тахмасп поддерживали огромные художественные заведения. В первые годы правления Тахмаспа в императорских мастерских была создана самая известная иранская иллюминированная рукопись - потрясающая "Тахмасп Шах-намах". Во второй половине правления Тахмаспа сефевидское покровительство искусству сократилось, хотя царский патронаж не прекратился полностью, и представители элиты гуламов стали важными культурными меценатами в провинциях. Однако королевская мастерская продолжала выпускать широкий ассортимент изделий до конца правления Сефевидов. Во времена правления шаха Султана Хусайна существовало тридцать три различных мастерских. Они производили одежду, обувь, ковры, изделия из металла и другие товары для придворного потребления, а также поставляли продукты питания.