Неоспоримое положение Моголов как имперских государей, даже когда они становились бессильными фигурантами, свидетельствует об их огромном успехе в утверждении своей легитимности во всей Южной Азии - и не только среди мусульман. Начиная с XVIII века историки рассматривают могольскую концепцию царствования и политическую теорию как критический элемент успеха и последующих неудач Моголов. Большинство историков, включая историков британской эпохи и индийских националистов, приписывают успех Великих Моголов политике религиозной терпимости и интеграции, которую проводил Акбар, завоевав лояльность индусов и шиитов, а упадок Великих Моголов - фанатичной глупости Аурангзеба, отказавшегося от этой политики. Некоторые мусульманские историки, в основном пакистанские, переиначивают эту интерпретацию. Они осуждают религиозный либерализм и эксперименты Акбара и утверждают, что включение шиитов и индуистов сделало империю изначально слабой из-за сомнительной лояльности и надежности этих групп. Они превозносят Аурангзеба за благочестие и освобождают его и его политику от ответственности за распад империи. Эти современные интерпретации не соответствуют действительности. Идеология Акбара способствовала включению индусов и шиитов в правящий класс, но его меры не были столь значительным отклонением от прошлой практики на субконтиненте, как утверждает большинство историков. Нет никаких признаков того, что шииты или индусы в целом были менее лояльны к Моголам, чем сунниты. Смена идеологии правления Аурангзеба сама по себе не привела к краху режима. Несмотря на разницу во времени, эволюция идеологии Великих Моголов происходила параллельно с развитием Османской и Сефевидской империй.
Бабур претендовал на суверенитет как потомок Тимура и отстаивал тимуридскую передачу суверенитета против узбеков и свое первенство среди Тимуридов. Его вторжение в Индостан стало подтверждением главенства Тимуридов над территорией, которая была частью империи Тимуридов, хотя никогда не находилась под прямым правлением Тимуридов. Хотя его суннитская верность не помешала ему вступить в союз с шахом Исмаилом против узбеков и, возможно, формально стать шиитом для этой цели, он поддерживал суннитский ислам на протяжении большей части своей карьеры, покровительствуя суфиям и уламам. Тимуридская концепция коллективного суверенитета все еще действовала, о чем свидетельствует раздел империи между сыновьями Бабура и борьба между ними. Нет никаких свидетельств того, что Бабур намеревался внести какие-либо существенные изменения в тимуридскую доктрину царствования или что он претендовал на то, чтобы представлять новую диспенсацию суверенитета. Хумаюн, однако, имел такие намерения.
Перед своей ранней смертью Хумаюн провозгласил новую доктрину политической организации, которая подразумевала изменение доктрины царской власти. Он разделил своих подчиненных на три группы. Люди даулата (удачи) - это его братья и другие родственники, военные и бюрократические чиновники, а также солдаты. Люди саадата (счастья) - это улама, религиозные деятели, суфии и поэты. Люди мурада (надежды) - художники, певцы и музыканты. Отнесение братьев и других родственников Хумаюна к его офицерам и солдатам противоречит идее коллективного суверенитета - что неудивительно, учитывая горький опыт Хумаюна, связанный с последствиями коллективного суверенитета. Он не прожил достаточно долго, чтобы это изменение возымело эффект.
Ранние попытки Акбара определить свое правящее положение не демонстрируют никаких признаков новаторства, кроме сочетания тимуридских и индо-мусульманских концепций. В 1562 году, вскоре после того, как он начал править самостоятельно, Акбар взял на вооружение стандартную практику индо-мусульманских правителей - почитание святых суфийского ордена Чишти. Чишти сыграли важную роль в распространении ислама в Южной Азии; их святыни были основными центрами паломничества для мусульман и индусов. Мусульманские правители почитали гробницы Чишти и покровительствовали живым Чишти на протяжении двух столетий. В период с 1562 по 1579 год Акбар десять раз посещал самую важную святыню чишти - гробницу Муин аль-Дина Чишти в Аджмере. В 1569 году он посетил живого преемника Муин аль-Дина Чишти, шейха Салима Чишти, в деревне Сикри, прося заступничества святого о рождении сына. Салим, будущий Джахангир, родился в Сикри в том же году. В 1571 году Акбар начал строительство новой столицы в Сикри. Почитание чишти не означало, что предыдущие правители подражали их политике терпимости и приобщения к немусульманам, поэтому продолжение Акбаром этой модели ничего не говорило о его взглядах.