Также в 1562 году Акбар женился на дочери раджи Бхармала из Амбера, что стало его первой брачной связью с правителем раджпутского княжества. Ранее мусульманские правители женились на дочерях индуистских правителей, и, как уже говорилось, нередко офицеры-немусульмане занимали видные посты при мусульманских правителях. Политика Акбара отличалась тем, что брачные связи и назначения сопровождались тесной личной связью между правителем и его родственниками по браку. Потомки Бхармала на протяжении многих поколений были законными чиновниками в империи.
Абу аль-Фазл, который стал доверенным лицом, политическим теоретиком и биографом Акбара, но не был связан с ним в это время, сообщает о нескольких ранних указах, соответствующих его более поздней программе, включая запрет на обращение в рабство семей вражеских солдат в 1562 году и отмену джизьи в 1564 году. Историки расходятся во мнениях относительно достоверности этих сообщений; возможно, они представляют собой обратную проекцию. Даже если Абу аль-Фазл не сфабриковал их, эти меры не были частью последовательной и согласованной программы. Нет никаких признаков того, что религиозные взгляды Акбара в это время отклонились от общепринятого мусульманского благочестия. Он также налаживал связи с устоявшейся индо-мусульманской культурной и интеллектуальной элитой, которая выступала против таких связей. Однако эти усилия не увенчались успехом. Ведущие мусульманские семьи Дели, поддерживавшие тесные связи с афганскими династиями, отказались поддержать проект Акбара и выдать за него замуж своих дочерей. В 1564 году он был ранен во время покушения в Дели. После этого Акбар отвернулся, в прямом и переносном смысле, от Дели, традиционной столицы и центра мусульманской жизни в Южной Азии.
Строительство большого форта Акбара в Агре, начатое в 1565 году, а затем нового столичного комплекса в Фатехпур Сикри в 1571 году положило начало формированию того, что стало зрелой конституцией Акбара. Несмотря на то, что значительная часть мечетей явно указывает на мусульманский характер созданных пространств, стиль самих сооружений сочетает в себе тимуридские и индийские архитектурные элементы в уникальном стиле Акбари. Сочетание тимуридских и индийских компонентов в новом порядке, вдохновленном государем, повторило создание правящего класса Великих Моголов в системе мансабдари.
Система мансабдари, определявшая статус и доходы офицеров путем их ранжирования в числовой иерархии, зародилась в 1572 или 1573 году. В первую очередь она была механизмом военной организации и по этой причине рассматривается в следующем разделе. Однако она стала основополагающим аспектом и политической программы Акбара. Рассматривая мусульман и индусов как имперских слуг без учета их конфессионального или этнического статуса, он недвусмысленно заявлял, что объединяющим принципом империи являются тимури, или, скорее, акбари, а не мусульмане. Следуя прецеденту трехстороннего деления общества Хумаюна, Акбар в 1577 году присвоил своим сыновьям числовые ранги, классифицировав их как офицеров, продолжение себя, а не соратников государя. Хотя Мирза Мухаммад Хаким продолжал править в Кабуле до своей смерти в 1585 году, классификация принцев как мансабдаров положила конец коллективному суверенитету. Могольские принцы служили губернаторами провинций и командовали военными экспедициями, иногда используя эти должности в качестве основы для восстания, но эти назначения не были уделами.