Хотя кульминацией перестройки режима Моголов Аурангзебом стало повторное введение джизьи в 1679 году, он сразу же приступил к изменениям. Он ограничил использование календаря Иллахи и прекратил празднование традиционного иранского Нового года, Навруза. В 1668 году он запретил исполнение музыки при дворе и прекратил институт джарука. В 1669 году он прекратил церемонии взвешивания и приказал вернуться к шаритской политике запрета на строительство новых храмов и разрушения храмов, построенных вопреки запрету. Аурангзеб не приказывал массово разрушать храмы, а лишь обеспечивал соблюдение шариатских ограничений. Повторное введение джизьи в 1679 году ознаменовало завершение идеологической программы Аурангзеба. Некоторые из его мер выходили далеко за рамки возвращения к статус-кво Тимуридов до Акбара. Мусульманские правители праздновали Навруз со времен Аббаси и спонсировали музыкантов со времен Омейядов. Таким образом, монархия Аурангзеба стала ответом на критику предыдущих мусульманских режимов с точки зрения шариата. Его программа также соответствовала модели конфессионализации, хотя и более чем на столетие позже, чем аналогичные тенденции начались в Османской империи, Сефевидском царстве и в Европе. Программа Аурангзеба была гораздо менее сильной и всеобъемлющей, чем у его современников-маджлиси. Она не предполагала насильственного обращения в другую веру или попыток навязать определенное мусульманское вероучение. Однако покровительство Аурангзеба шари-суннитскому исламу, проповедуемому Шейхом Ахмадом Сирхинди за полвека до этого, существенно изменило мусульманскую идентичность и практику на субконтиненте.
Хотя характер и масштабы конституционных изменений Аурангзеба не вызывают сомнений, их политические последствия вызывают серьезные споры. Некоторые историки утверждают, что религиозная политика Аурангзеба привела к краху власти Великих Моголов на том основании, что она стала причиной или, по крайней мере, помешала разрешению трех конфликтов, на которые пришлась вторая половина его правления. Каким бы правдоподобным ни казался этот аргумент, он не работает по нескольким причинам. Борьба с маратхами, раджпутскими повстанцами и сикхами была тремя отдельными войнами с уникальными и не связанными друг с другом причинами. Они явно не отражали общего индуистского сопротивления политике Аурангзеба или нежелания включать немусульман в правящий класс Великих Моголов. Как показал М. Атхар Али четыре десятилетия назад, этнический состав правящего класса Великих Моголов не претерпел существенных изменений во время правления Аурангзеба. Если бы не конкретная причина, вызвавшая смерть Джасванта Сингха без живого наследника, восстание раджпутов могло бы и вовсе не произойти. Как следует из приведенного ниже раздела об упадке Моголов, Аурангзеб стремился не уничтожить маратхских или раджпутских лидеров, а включить их в состав империи. В конечном итоге оба случая превратились в неразрешимые споры об условиях инкорпорации.
Хотя Моголы избавились от концепции коллективного суверенитета, они не разработали механизм упорядоченного и предсказуемого престолонаследия. Теоретического трактата по этому вопросу не существует, но практика подсказывает следующие принципы: Одновременно мог быть только один государь, после его воцарения на трон могли претендовать только его прямые потомки по мужской линии, и каждый из них имел на него равные права. В отсутствие принципа определения престолонаследия - обычная ситуация для монархий на протяжении всей истории - все решалось обстоятельствами и политикой. По мере того как история Моголов продолжалась, принцы сами становились все более вовлеченными в процесс престолонаследия. Ведущие офицеры империи возвели Акбара на престол без особых споров; он был еще подростком и приближенным ко двору, когда Хумаюн внезапно умер. Его брат Мирза Мухаммад Хаким был еще младенцем и находился в далеком Кабуле. Оба принца не играли активной роли. Во всех трех последующих случаях вопрос о престолонаследии становился актуальным задолго до фактической смерти действующего правителя. Будущий Джахангир восстал в 1600 году и занял трон в 1602 году; хотя формально он примирился с Акбаром, он сохранял отдельное учреждение в Аллахабаде, пока его брат Даньял не умер в 1604 году. Он вернулся ко двору, очевидно, опасаясь маневров сторонников Хусрава, но подавляющее большинство офицеров поддержало его, и он вступил на престол с благословения Акбара. Хусрав бросил ему вызов только потому, что раджа Ман Сингх и хан Азам Мирза Азиз Кука, два ближайших доверенных лица Акбара, поддержали его, надеясь сохранить за собой то положение, которое им обеспечили их личные отношения с Акбаром. Хусрав бежал от двора в следующем году, очевидно, опасаясь, что отец исключит его из числа наследников. Более поздние принцы действовали из аналогичных побуждений.