Не имея возможности победить Моголов в бою, их противники использовали против них время и расстояние, защищая крепости и атакуя коммуникационные линии Моголов. Таким образом, экспансия Моголов зависела от способности брать крепости. Как только Акбар продемонстрировал эту способность в Читоре, ему и его преемникам редко приходилось проводить осады вплоть до Деканских кампаний. Завершение осады означало огромные затраты крови и сокровищ. Поэтому у Моголов были большие стимулы разрешать своим противникам сдаваться на условиях. В 1569 году в Рантхамборе Акбар осадил Сурджан Хада, правителя небольшого раджпутского княжества Бунди. Моголам потребовался почти месяц огромных усилий, чтобы подвести пушки к форту, но, оказавшись на месте, они быстро проломили его стены. После этого Сурджан Хада немедленно начал переговоры, и Акбар принял его капитуляцию. Сурджан стал могольским офицером, а Бунди - подчиненным княжеством империи Великих Моголов. Если бы Моголы могли брать крепости быстро и легко, они, возможно, не были бы так готовы предлагать условия; если бы их конечная победа не была уверенной, их противники не принимали бы их так охотно. Это определенное, но ограниченное военное превосходство придало могольскому государству некоторые из его основных характеристик.
Трудности Моголов в осадах имели тактические и логистические причины. Хотя Моголы не строили и не завоевывали крепости, построенные или приспособленные для поражения осадных орудий, такие цитадели, как Читор и Рантхамбор, имели настолько сильное природное расположение, что разместить против них орудия было крайне сложно. Топографическое расположение крепостей в Южной Азии избавляло от необходимости переделывать их для противостояния осадной артиллерии. Но логистические трудности были более серьезными и, конечно, более хроническими. За исключением рек Пенджаба, Ганга и Джумны, водный транспорт на субконтиненте отсутствовал. Таким образом, вести осаду в Декане или Раджастане означало действовать в конце длинной сухопутной линии снабжения, перетаскивать орудия - могольские войска, осаждавшие Рантхамбор, продвигались со скоростью всего три мили в день - и перевозить большое количество продовольствия и фуража. Поскольку зерно можно было перевозить по суше только на животных, питающихся зерном, это было трудно сделать в большом количестве на любое расстояние. Поэтому армии Великих Моголов приходилось полагаться на фураж. Длительные осады приводили к опустошению окружающей местности, часто на многие мили. С точки зрения логистики, могольские войска, окружавшие крепости, часто оказывались в такой же осаде, как и гарнизоны внутри них. Особенно в Декане противостоящие полевые войска мешали могольским линиям снабжения, на защиту которых могольским армиям приходилось тратить столько же сил, сколько и на наступательные операции. Таким образом, Моголы испытывали огромные трудности как в поддержании, так и в прекращении осады.
Трудности, с которыми столкнулись Моголы при взятии существующих крепостей, объясняют, почему укрепления Моголов не отражали революцию в фортификации, произошедшую в Европе в XVI веке в ответ на появление осадной артиллерии. Они имели высокие, тонкие стены без бастионов. Это ограничение могольской власти существенно повлияло на политическую систему Великих Моголов. Чтобы избежать расходов на прекращение осады, Моголы предлагали условия большинству осаждающих противников. Условия были выгодными; они стимулировали сдачу и обычно предлагали противостоящим лидерам включение в систему Моголов в качестве мансабдаров. Например, в Рантхамборе, как уже говорилось выше, Сурджан Хада защищал форт до тех пор, пока артиллерия Акбара не пробила брешь в стенах, после чего Акбар принял его в качестве мансабдара Моголов с его наследственным княжеством Бунди в качестве джагира. Завоевания Моголов, таким образом, расширили правящий класс Моголов и территорию империи. Механизм завоеваний Моголов, таким образом, зависел от сочетания ощутимого, но ограниченного военного превосходства и стимулов к сдаче. Даже Дауд-хан Карарани, афганский правитель Бенгалии, представлявший наибольшую угрозу для Акбара, получил условия от Муним-хана после победы Моголов при Тукарое в 1575 году, хотя это соглашение не продлилось долго. Таким образом, механизм завоевания Моголов отражал две фундаментальные характеристики ситуации: природу военного превосходства Моголов (неоспоримого, но ограниченного и дорогостоящего) и необходимость для Моголов вовлекать военную силу завоеванных территорий.
Экспансия Моголов часто принимала форму вмешательства в местные конфликты. Например, в 1563 и 1564 годах Акбар поддерживал претендентов на престолы двух княжеств - мусульманского Гакхара на Пенджабских холмах и Марвара. Оба претендента добились успеха и приняли суверенитет Великих Моголов. Практика, позволявшая лояльным подчиненным правителям сохранять свои княжества, сделала эту модель возможной.