Структура могольской армии отражала сложные политические и социальные обстоятельства, которые ее породили. Хотя к Моголам применимо различие между центральными и провинциальными войсками, правильнее будет разделить армию Моголов на центральные войска, войска мансабдаров и войска заминдаров. Из них только центральная армия подчинялась непосредственно императору. В отличие от своих османских и сефевидских коллег, центральная армия Моголов не имела большого политического значения. Она содержала всю артиллерию империи, по крайней мере теоретически, и имела в своем составе пехоту и кавалерию. Артиллерийское ведомство, возглавляемое мир-и атишем (обычно переводится как "мастер снарядов"), включало полевую и осадную артиллерию. Полевая артиллерия включала значительное количество легких орудий, известных как топ-хана-йи рикаб (артиллерия стремена), которые составляли часть императорской свиты. Моголы использовали широкий спектр орудий, часто отливая новые орудия для использования в конкретных кампаниях. Они ценили мастерство артиллеристов и часто нанимали европейских и османских артиллеристов.
Кавалерийский и пехотный компоненты центральной армии Моголов неясны. Они были сравнительно малозначимы как в военном, так и в политическом отношении и не имели отличительных черт, присущих их современникам. Центральная кавалерия называлась ахади (одиночные бойцы) и часто занимала административные должности во дворце в дополнение к своим военным обязанностям. Получая жалованье непосредственно из императорской казны, они были преданы только государю, но не имели подневольного статуса. Обычно ахади сопровождали императорский двор и выходили на поле боя только в крупных кампаниях и необычных ситуациях. Еще меньше информации о пехотном компоненте центральной армии. Акбар, очевидно, поддерживал корпус из 12 000 мушкетеров, а также другие пехотные подразделения, не имевшие огнестрельного оружия. Информации о наборе этих войск мало, хотя некоторые этнические группы специализировались на этой службе. Моголы также содержали различные военизированные формирования, включая булавоносцев, выполнявших функции императорских гонцов, и корпус женщин-гвардейцев, охранявших государя и гарем. Женщины-гвардейцы не несли службу вне дворца и императорского лагеря, но они ни в коем случае не были формальным или церемониальным органом. Подобные подразделения были и у более ранних индо-мусульманских правителей. Центральная армия включала в себя подавляющее большинство пехоты, оснащенной огнестрельным оружием и находившейся под контролем Моголов.
В отличие от своих современников из Османской империи и Сефевидов, а также подавляющего большинства мусульманских династий предыдущего полувека, Моголы не использовали в составе центральной армии военных рабов. Несколько историков высказывали предположения по поводу этой кажущейся аномалии. Есть два очевидных объяснения. Военное рабство создавало высококвалифицированные и преданные армии, но не могло обеспечить их большое количество; огромные запасы военной рабочей силы Индостана перегрузили бы армию рабов. Моголы также получали постоянный приток квалифицированных солдат из Ирана и Центральной Азии без механизма военного рабства.
Мансабдарские войска по сути представляли собой ряд частных армий, которые мансабдары содержали за счет императорской службы. Мансабдары имели числовые ранги, которые теоретически указывали на их место в императорской иерархии, количество войск, которые они должны были содержать, и размер их жалованья. Мансабдары получали авансы, позволявшие им нанимать солдат, но для получения полного жалованья должны были представлять свои контингенты для инспекции. Предшественники и эволюция системы мансабдаров сложны и неопределенны, но в таком виде она функционировала к 1575 году. Использование числовых рангов явно отражало тюрко-монгольскую практику десятичной военной организации. Мансабдары часто пытались отвлекать деньги из своих контингентов на личные нужды и часто находили способы обойти систему инспекции. Привязка чина к численности контингента также была излишне негибкой, поскольку важные должности при дворе требовали статуса, но не больших контингентов. В 1596-1597 годах Акбар разделил звания "зат" (личный или собственный) и "савар" (кавалерийский). Таким образом, офицер мог иметь чин 1000 человек, но при этом должен был содержать только двести воинов. При Шах-Джахане офицеры должны были обеспечивать лишь часть своего ранга sawar. Постоянное ослабление правил показывает, что мансабдары часто пренебрегали ими; их редко наказывали за это.
Несоответствие между правилами и практикой составляло основную часть политического компромисса Моголов. Правила соответствовали придворным ритуалам, делая мансабдаров слугами правителя. Реальность давала им свободу, которой требовали их различные самоощущения. Многие мансабдары были просто освобождены от правил муштры.