Провинциальный режим Моголов имел три уровня: провинциальный (субах), окружной (саркар) и подокружной (парганах). К моменту смерти Акбара империя Великих Моголов насчитывала шестнадцать провинций: Агра, Аджмер, Аллахабад, Бенгал, Берар, Бихар, Дели, Гуджарат, Кабул, Кашмир, Кхандеш, Лахор, Мальва, Мултан, Кандагар и Тхатта (Синд). Завоевания Шах-Джахана и Аурангзеба в Декане привели к созданию еще четырех провинций: Аурангабад, Бидар, Биджапур и Хайдарабад.
Структура, функции и номенклатура провинциальной администрации существенно различались в разных частях империи; приведенное ниже описание отражает наиболее распространенные практики и термины. Провинции имели, по крайней мере на бумаге, развитую административную структуру. Губернатор провинции (первоначально сипахсалар; буквально "командующий армией"; позднее назим-и субах или субахдар) отвечал за командование армией мансабдаров, поддерживаемой провинцией, и поддержание порядка. Другими главными должностными лицами были диван (главный финансовый чиновник), провинциальный бахши, вакаи-навис (составитель новостей), садр, который также был кази, котвал, мир-и адл, а в некоторых провинциях - мир-и бахр. Диван, не подчинявшийся напрямую губернатору, отвечал за сбор доходов с земель халиса, которые платили налоги в центральную казну, контролировал выдачу доходов и вел учет доходов в провинции. Провинциальный бахши следил за проверкой контингентов мансабдаров, назначенных в провинцию. Вакаи-навис докладывал в центр о событиях в провинции. Садр-кази распоряжался доходами религиозных деятелей и выступал в качестве шариатского судьи, а мир-и адл и котвал выполняли полицейские и некоторые административные функции. Мир-и бахр отвечал за порты и безопасность речных перевозок в провинциях с портами или судоходными реками. Помимо публичных вакаи-нави, для отчетности перед центральным правительством назначались тайные осведомители. Каждый из главных чиновников отчитывался перед отдельным элементом центрального правительства: губернатор - перед самим императором, диван - перед Диван-и-кулом, провинциальный бахши - перед мир-бахши, а садр - перед императорским садром. Эти независимые линии отчетности, а также дополнительные меры по сбору информации позволяют предположить, что центральное правительство Моголов сохраняло жесткий контроль над провинциальными органами власти. Однако, как и в других обстоятельствах, степень центральной власти в теории была выше, чем на практике. Нередко один чиновник совмещал должности губернатора, дивана и бахши, а иногда и все три. Центральное правительство Великих Моголов, очевидно, предъявляло к губернаторам провинций лишь узкий набор требований: сохранять лояльность, не узурпировать символику суверенитета, передавать причитающиеся доходы в центральную казну, поддерживать императорских уполномоченных в сборе причитающихся им доходов и, в соответствии с кругом справедливости, защищать подданных от притеснений.
Саркарская администрация дублировала структуру провинциальной администрации. Главный офицер, фаудждар, нес основную ответственность за поддержание порядка и поддержку сбора доходов. Во многих, возможно, в большинстве случаев фаудждар наиболее ярко представлял власть Великих Моголов в провинциях, обеспечивая военную поддержку, необходимую для сбора доходов. В каждом саркаре были кази и котвал.
Имперская администрация распространялась на уровень паргана только в землях халиса и пайбаки. В джагирских землях сбором и исчислением налогов, а также другими местными административными делами занимался джагирдар или, если он отсутствовал, его представитель. В имперских парганах центральное правительство назначало двух чиновников - шикдара, отвечавшего за поддержание порядка, и амина, отвечавшего за оценку и сбор налогов. Во всех парганах имелся канунго - местный чиновник, утвержденный в должности императорским указом и отвечавший за ведение учета местных доходов. Еще один чиновник, чаудхури, также играл важную роль: он был заминдаром, обычно главным заминдаром парганы, назначенным Моголами в качестве посредника между заминдарами парганы и имперским режимом. Чаудхури часто собирал доходы с других заминдаров и передавал их назначенному имперскому получателю. Его подпись на ежегодной декларации о доходах гарантировала выплату доходов парганы; он также распределял ссуды на плуги, семена и тягловую скотину, которые провинциальные правительства предоставляли для помощи в возделывании земли. Возможно, самое главное - чаудхури представлял заминдаров в переговорах с имперским сборщиком налогов по поводу обложения доходами.