Моголы хотели извлекать все возможные доходы из сельской местности, но знали, что деспотичное налогообложение будет мешать земледелию и в долгосрочной перспективе сократит доступные доходы. По их замыслу, система доходов должна была служить этой цели, но частая смена джагирдаров означала, что они были мало заинтересованы в долгосрочной продуктивности территории; их интересы не совпадали с интересами режима в целом. Провинциальные администраторы сдерживали джагирдаров; заминдары изолировали крестьян. Заминдары также часто собирали доход натурой и продавали его на рынке, позволяя Моголам собирать доход наличными. Таким образом, аграрная система Моголов опиралась на ряд противоречий между центральным режимом, джагирдарами, заминдарами и крестьянами, причем две последние группы пересекались.
Аграрный избыток поддерживал широкий круг ремесленников и позволял широко выращивать товарные культуры. Самым важным товаром был хлопок, но в империи также производили шелк, шерсть, коноплю, койру, сахарный тростник, лист бетеля, индиго и чай (красный краситель). Кроме того, крестьяне империи выращивали опиум, шафран, табак и различные масличные семена. Из этих и других продуктов индийские ремесленники производили разнообразную продукцию, в том числе хлопчатобумажный текстиль, изделия из шелка, рафинированный сахар, переработанный опиум и алкогольные напитки. Индия Великих Моголов была самодостаточна в производстве железа и селитры, добывала алмазы и небольшое количество меди, золота и серебра. Ее ремесленники не обладали такими сложными технологиями, как их китайские и европейские современники: у них не было текстильного оборудования, приводимого в движение водой, и даже таких элементарных инструментов, как колесная тележка. Индийские методы добычи полезных ископаемых, морские технологии и металлургия значительно отставали от Европы и Китая. Кроме того, в Индии не прижилось книгопечатание. Несмотря на эти недостатки, ручной труд ремесленников, доминировавших в индийской мануфактуре, позволил Индии конкурировать на международных рынках как текстиля, так и металлических изделий. Индийские ремесленники адаптировали новые технологии, например, европейские методы кораблестроения, когда сталкивались с ними.
Эти производства, а также специализированное производство продуктов питания поддерживали процветающую внутреннюю торговлю, как между городами и сельскими районами, так и между городами. Большая часть торговли осуществлялась по суше. Высокая стоимость сухопутных перевозок ограничивала некоторые виды торговли. Основными центрами сухопутной торговли были Агра и Бурханпур в Декане. Основные сухопутные маршруты вели через Декан из Гоа через Биджапур и Голконду в Мачхилипатнам. К северу от Хайдарабада путь вел в Аурангабад, из которого отдельные дороги вели в Бурханпур и Сурат. Дорога на север от Сурата вела в производственный центр Ахмадабад и далее через Аджмер в Агру. Другие пути соединяли Бурханпур с Суратом и Агрой. На севере основные торговые пути шли вдоль рек, соединяя Дели и Агру с Варанаси, Патной, Бенгалией и Ориссой на востоке и с Пенджабом на остальных территориях. Из Лахора, главного центра Пенджаба, торговля шла по реке в Мултан и Тхатту, а по суше - в Кабул и Кандагар. Прибрежное судоходство связывало порты от Тхатты до Читтагонга в Бенгалии.
По этим маршрутам перевозился широкий ассортимент товаров. Бенгалия экспортировала большое количество риса по рекам Ганг и Джумна в Агру и на кораблях в Южную Индию; у нее также были огромные излишки масла и сахара. Гуджарат, важнейший производственный регион, импортировал зерно как по суше, так и по морю. Мултан отправлял сахар по Инду и Рави в Лахор и вниз по реке в Тхатту. Разнообразие этой торговли и большие расстояния, которые она преодолевала, не означали, что ее масштабы были пропорционально велики. Специализированная каста, банджары, занималась перевозкой зерна по суше, часто в колоннах по 20 000 повозок с быками, для снабжения крупных рынков, но по современным меркам объем торговли был крайне мал. Сухопутная торговля осуществлялась в основном на повозках с быками, но лошади, верблюды и слоны также играли свою роль.
Торговля велась самыми разными купцами. Представители крупнейших рынков, таких как Сурат, были столь же богаты и искушены, как и их европейские современники. Многие из крупных купцов выступали в роли банкиров. Некоторые из них поддерживали тесные отношения с представителями правящего класса Моголов. Многие могольские офицеры и члены правящей семьи сами выступали в роли купцов, вкладывая таким образом государственные доходы в торговлю. Чиновники Моголов также использовали свою власть принуждения для извлечения прибыли из рынка, объявляя монополию на тот или иной товар и заставляя купцов приобретать лицензии на торговлю им или требуя, чтобы ремесленники выполняли заказы в первую очередь.