Осады Паренды, Биджапура и Голконды, однако, были мелкими делами по сравнению с постоянными усилиями против фортов маратхов. Операции против Джинджи продолжались с 1690 по 1698 год, а против Панхалы - с 1688 по 1696 год. Масштабы и масштабы военных действий в Декане, должно быть, сделали невозможным нормальное сельское хозяйство и не позволили Моголам извлечь выгоду из расширения империи. В то же время мансабы, предлагаемые деканской элите, сильно повышали спрос. Например, Пам Наяк, местный вождь в прибрежной Андхре, при поступлении на службу к Моголам получил ранг 5 000/4 000, что было почти таким же большим стимулом, как Али Мардан Хан, который принес Моголам провинцию и крепость Кандагар, и второй Мир Джумла, который принес Хайдарабаду Карнатака. Стимулы к подчинению вышли за пределы точки убывающей отдачи. Механизм завоевания, а вместе с ним и механизм политического распределения Моголов потерпел неудачу в деканских войнах.
Долгое правление Аурангзеба стало причиной еще одной серьезной политической слабости, хотя она проявилась лишь после смерти Бахадур-шаха. Ведущие офицеры империи, независимо от их фракции или связей, все видели себя офицерами Аурангзеби. При каждой предыдущей преемственности Моголов некоторые офицеры, которые были особенно близки к предыдущему правителю, были недовольны своим положением при новом режиме и, по сути, были непримиримы. Бахадур-шах, как и все его предшественники, стремился заменить людей своего отца собственными ставленниками, что вызывало недовольство со стороны авторитетных офицеров. Могольские источники и более поздние историки называют эту проблему трениями между ханахзадами, людьми, которые родились на могольской службе, и новыми офицерами. Но это было предсказуемое повторение напряженности, возникавшей при предыдущих преемниках, которая, однако, имела гораздо более серьезные последствия в связи с изменившимися обстоятельствами империи.
Обычное стремление Бахадур-шаха поставить своих протеже на ключевые посты в империи угрожало всем ведущим офицерам империи. Ситуация повторяла во внутренней политике системный сбой механизма завоеваний в Декане. Бахадур-шах не мог ни удовлетворить ханахзадов, ни обойтись без них. Когда Зуль Фикар-хан договорился с младшими сыновьями Бахадур-шаха о разделе империи между ними, оставив себя в качестве общего визиря, чтобы лишить трона Азима аль-Шана, очевидного кандидата в преемники своего отца, его действия продемонстрировали, насколько сильно изменилась политика. Офицеры Моголов всегда стремились занять правильную позицию для престолонаследия. В некоторых случаях они вмешивались, чтобы обеспечить свое положение за счет благоприятного престолонаследия, как это сделали хан-и Азам и раджа Ман Сингх, поддержав Хусрава, и Нур Джахан, поддержав Шахрияра. Но эти попытки вмешательства не увенчались успехом: могольские офицеры в целом хотели иметь сильного и компетентного правителя. Однако Зуль Фикар-хан не смог бы добиться успеха без широкой поддержки со стороны других вельмож. Чин Кулич-хан, его главный соперник среди вельмож Аурангзеби, не предпринимал решительных действий против Зуль Фикар-хана. Династическая преданность больше не сдерживала стремление офицеров к податливому правителю, как это было после смерти Акбара. Как и Махабат-хан во времена правления Джахангира, Зуль-Фикар-хан считал, что сможет обрести заслуженный статус, только доминируя в империи. Но Махабат Хан столкнулся со слабым правителем, над которым доминировала противоборствующая группировка. Зуль Фикар Хан противостоял принцу и подверг династию опасности ради себя и своих последователей. Быть частью системы Моголов было уже недостаточно; офицеру требовались дополнительные рычаги влияния.
Работа Алама по Северной Индии показывает, что события в сердце Моголов, а также в Декане усилили давление на класс мансабдаров. Изменения в аграрной системе на севере имели политические последствия. Авадх, входивший в состав империи Великих Моголов с первой половины правления Акбара, к концу правления Аурангзеба превратился в мятежную провинцию. Одна из групп заминдаров провинции, Баис Раджпуты, со времен Акбара значительно расширила зону своего контроля, процветая благодаря распространению товарного земледелия. Рост благосостояния сельских жителей привел к изменению баланса сил между властями Великих Моголов и заминдарами. Губернаторы Авадха в поздние могольские времена часто запрашивали у центра дополнительные силы и полномочия для борьбы с заминдарами. Переданные дополнительные полномочия помогли Авадху стать автономным губернаторством, что стало важным шагом в делегировании власти Моголов. В Пенджабе конфронтация с сикхами и джатами также заставила уступить автономные полномочия губернаторам, уступив эффективный контроль Моголов над провинцией.
Учреждение автономных губернаторств удовлетворяло потребности офицеров в обеспеченном статусе и доходах ценой сведения могольского двора к чисто символическому значению. Таким образом, оно представляло собой новую форму политического компромисса.