Якуб, ставший эффективным лидером Аккюнлу в 1481 году, и его главный министр Кази Иса стремились в корне изменить режим Аккюнлу. Его программа "была направлена на полную реорганизацию империи в соответствии с традиционным ирано-исламским государственным устройством". 4 Эта программа оттолкнула многих туркмен и, вероятно, усилила влияние Сефевидов. Хайдар впервые повел кызылбашей в поход против черкесов в 1484 году с неуверенного разрешения Якуба и получил права на транзит через Ширван от его правителя, ширваншаха Фаррухьясара, сына убийцы Джунайда. В 1486 году Хайдар возглавил второй набег, но Якуб заставил его принести клятву прекратить военную деятельность и посвятить себя духовному руководству своими последователями.
Хайдар недолго хранил свою клятву; два года спустя Якуб обратился к своему двоюродному брату за военной помощью. Хайдар мобилизовал свои войска, но затем получил от Якуба разрешение на набег на Черкесию и право прохода через Ширваншах. Однако вместо того, чтобы пройти через Ширван, Хайдар напал на Фаррухьясар. Ширваншах обратился за помощью к Якубу, который послал большое войско Аккюнлу. Объединенная армия Аккюнлу-Ширвани разбила Сефевидов 9 июля 1488 года. Хайдар был убит, а три его сына, султан Али, саййид Ибрагим и Исмаил, были заключены в тюрьму далеко от Ардебиля. Эта очевидная победа ослабила режим Аккюнлу, поскольку многие недовольные туркмены симпатизировали Сефевидам.
После смерти Якуба в 1490 году империя Аккюнлу распалась на ряд конфликтов между потомками Узун Хасана. Один из его внуков, Рустам бин Максуд, в 1493 году установил некоторый порядок. Он разрешил трем сыновьям Хайдара вернуться в Ардебиль, и Сефевиды поддержали Рустама в борьбе с другими князьями Аккюнлу. Однако администрация Аккюнлу не смогла контролировать сефевидские войска, как только они появились. Летом 1494 года несколько князей Аккюнлу решили арестовать трех сыновей Хайдара. Братья попытались бежать в Ардебиль, но за городом их настигли войска Аккюнлу. В завязавшейся битве султан Али был убит. Ибрагим отказался от экстремизма, и власти Аккюнлу поставили его в Ардебиле. Его семилетний брат, Исмаил, стал носителем воинственной традиции Сефевидов. Он бежал из Аккюнлу и нашел убежище при дворе Али Мирзы Кияи, шиитского правителя Гилана, в городе Лахиджан. Там Исмаил скрывался в течение пяти лет.
Становление империи, 1499-1514 гг.
Исмаил вышел из ссылки в Гилане летом 1499 года в возрасте двенадцати лет. В этот период в королевстве Аккюнлу продолжались беспорядки, что не позволило сразу же отреагировать на появление Исмаила. Он быстро привлек к себе огромное количество сторонников, включая семь крупных племен: устаджлу, шамлу, таккелу, варсак, румлу, зуль-кадр, афшар и каджар. Эти племена образовали конфедерацию кызылбашей. Он повел эти силы против старого врага своей семьи, Ширваншаха, и к концу 1500 года убил Фаррухьясара и подчинил себе богатую провинцию, которой тот управлял. Орден Сефевидов превратился в княжество.
В 1501 году войска Исмаила заняли Тебриз, столицу Аккюнлу и важнейший торговый центр западного Ирана. Затем, 20 июня 1503 года, Исмаил разгромил ряд князей Аккюнлу, в первую очередь султана Мурада, под Хамаданом. Городские центры южного и западного Ирана - Исфахан, Шираз, Йезд и Кирман - приняли власть Сефевидов. Аккюнлу удерживали Багдад до 1508 года, но перестали быть важным политическим фактором.
После победы при Хамадане Сефевиды в 1504 году завоевали побережье Каспийского моря (Мазандаран и Гурган), в 1505-1507 годах заняли аккюнлу в Дияр-Бакре, в 1508 году взяли Багдад и, наконец, в 1510 году захватили Хурасан. Там шах Исмаил столкнулся с двумя соперниками - действующими Тимуридами и восставшими узбеками. Последствия коллективного суверенитета и системы уделов привели к тому, что контроль Тимуридов сократился до Хурасана и Маваралнахра (Мавара ан-Нахр, что означает "земля между двумя реками", Амударьей и Сырдарьей), с основными центрами в Герате и Самарканде. Тимуриды столкнулись с растущим давлением со стороны узбеков на севере. Узбеки, тюркские кочевники, управляемые потомками Чингиз-хана через его сына Джочи и внука Шайбана, мигрировали на юго-запад со своей родины между Уральскими горами и рекой Иртыш во второй четверти XV века и к 1450 году контролировали северный берег Сырдарьи. В 1490 году один из узбекских князей, Мухаммад Шайбани-хан, начал завоевания, которые сделали династию значительной силой. В период с этого года по 1507 год Шайбани-хан захватил Ташкент, Хваразам, Балх и Герат, фактически положив конец правлению Тимури в Центральной Азии. Его последним противником был бесстрашный Захир аль-Дин Мухаммад Бабур, который впоследствии перенес суверенитет Тимури на Индийский субконтинент.