Суфийский орден нуктавистов стал достаточно популярным носителем чаяний гулувва, чтобы Аббас подавил их с особой жестокостью. Шиитские специалисты, а в конечном итоге и сефевидский режим, стремились сделать шариатский, двухвекторный шиитский ислам единственной формой мусульманской религиозности в Сефевидской империи. В первые годы Исмаил I приказал подавить популярные суфийские ордена, за исключением, конечно, самих Сефевидов. Шииты считали экстремистский суфизм, включая кызылбашей, неприемлемым. Они мало что могли сделать, пока кызылбаши доминировали в империи. Когда власть кызылбашей ослабла, шиитские уламы начали перекраивать духовный ландшафт. По сути, они определили популярный суфизм, а также суннитский ислам как еретический. В поздние десятилетия правления Сефевидов они распространили запрет и на интеллектуальный суфизм, хотя в XVII веке процветала школа суфийской философии. Термин "суфий", который был стандартным описанием кызылбашей и их лидера, стал термином порицания. Таким образом, Сефевиды стали защитниками шиитского, шариатского ислама так же, как османы были поборниками шариатского суннитского ислама.
Приверженность Сефевидов строгости шиизма как основе легитимности имела неприятные, но не серьезные последствия для немусульманского населения. Поздние шахи, в частности Аббас II, стремились продемонстрировать свою приверженность исламу, оказывая давление на евреев, христиан и зороастрийцев, чтобы заставить их принять ислам.
Они часто делали это в начале своего правления в качестве доказательства своей набожности. Значительное участие евреев и армян в торговле делало их объектами народного недовольства. Самый значительный случай преследования евреев, имевший место в 1657 году, отражал экономическое давление. Эти преследования никогда не длились долго, хотя улама поддерживал подобные попытки обращения в христианство.
Мухаммад Бакир Маджлиси (1628-1699 или 1700) оказал огромное влияние как на религиозную политику, так и на народную религию во времена поздних Сефевидов. Он был воспитателем Шах Султана Хусайна, стал шайхом аль-Исламом империи в 1686 году и оставался на этом посту до самой смерти. Маджлиси стремился вернуть бодрость сефевидскому режиму с помощью теологической строгости. Согласно Рули Джурди Абисаабу, его программа состояла из четырех основных компонентов: пропаганда шиитских практик, покровительство шиитским ритуалам, таким как празднование дня рождения Али, нападки на аморальное поведение, такое как блуд, и принудительное обращение в шиизм, особенно немусульман. Маджлиси "возродил власть уламы и провозгласил "миссионерский" шиизм публичного набожного характера" 13 .Маджлиси, очевидно, не стремился полностью подавить суфизм, но ограничил спекуляции и суфийские практики в допустимых пределах, запретив музыку и танцы. Неясно, в какой степени его политика привела к насильственному обращению; возможно, что антисуннитская политика Маджлиси спровоцировала афганское восстание, которое привело к падению режима.
Шиитские специалисты завоевали огромный авторитет как наиболее близкая связь с Сокровенным Имамом и стали центром народного почитания. Шиитские юристы утверждали, что благочестивые мусульмане должны следовать примеру живого авторитета шариата в ритуальных и правовых вопросах. Такая точка зрения обеспечивала постоянную значимость каждого поколения ученых. Ведущие муджтахиды, а не шах, представляли Сокровенного Имама в повседневной жизни верующих. К концу XVII века, отчасти благодаря поддержке шаха Сулеймана и шаха Султан-Хусайна, шииты обеспечили себе господство в религиозной жизни страны и значительный голос в политической жизни. Они вели непрекращающуюся риторическую борьбу с суфизмом.
Сефевидские правители после Аббаса I изображали себя благочестивыми слугами Али и имамов. Они претендовали на то, чтобы заполнить пробел, вызванный отсутствием двенадцатого имама, основываясь на своей компетентности и алидском происхождении. Эта позиция совпадала с традиционным ирано-исламским представлением о правителе как о тени Бога. Шиитские врачи поддерживали эту позицию, поскольку нуждались в поддержке правителей против клерикальной знати. Сулейман и шах Султан Хусайн уступили шиитским докторам дорогу, позволив им завершить подавление суннитов и суфиев. Саид Арджоманд описывает столкновение между сефевидской доктриной царствования и взглядами шиитских врачей. Роль алидского происхождения в обосновании суверенитета и отсутствие акцента на соблюдении шариата раскрывают этот конфликт. Несмотря на преобладающее влияние уламы в период поздних Сефевидов, они оставались недовольны режимом. Эта напряженность пронизывала иранскую политику с периода поздних Сефевидов до Иранской революции.