В этом цикле основными героями повествования становятся Аматэрасу и Сусаноо. Поначалу отношения между братом и сестрой складываются благополучно, и они продолжают дело, начатое Идзанаги и Идзанами, т. е. порождение детей. Однако затем, находясь на Равнине Высокого Неба, Сусаноо совершает ряд тяжких преступлений: разрушает межи на полях Аматэрасу, испражняется во время отправляемого ею ритуала нового урожая, подбрасывает ей шкуру освежеванного им жеребенка, когда Аматэрасу ткет священные одежды. И тогда, ввиду нанесенных ей оскорблений, Аматэрасу, подобно Идзанами, скрывается. Она прячется в Небесной Пещере, и в мире наступает тьма. Другие божества Равнины Высокого Неба вынуждены предпринять основательные меры для вызволения ее оттуда. После отправления ими ряда ритуалов по вызыванию солнца Аматэрасу покинула пещеру, и в мире снова настал свет. Однако в наказание за совершенные им безобразия Сусаноо был изгнан богами с Неба. По пути в подземную Страну Корней (Нэно куни) он задерживается на земле в Идзумо и спасает от гигантского восьмиголового змея девицу Кусинада-химэ, с которой сочетается браком. Потомки Сусаноо и Кусинада-химэ (в первую очередь Оокунинуси) становятся божествами, особо чтимыми в Идзумо. После сокрытия Сусаноо в Стране Корней его земные деяния заканчиваются.
Чрезвычайно значимым представляется следующее обстоятельство: соперничество между Аматэрасу и Сусаноо (точно так же, как и между Идзанаги и Идзанами) разворачивается не между разными поколениями божеств (что так часто наблюдается, скажем, в античной мифологии), но внутри одного и того же поколения (в обоих случаях между братом и сестрой). В исторической перспективе это приводит к прочному осознанию связи поколений по восходящей линии, т. е. поколение становится не разъединяющим, а соединяющим элементом.
Исследователи японской мифологии обычно выделяют мифы, относящиеся к Сусаноо и его потомкам (главным из них является Оокунинуси) в отдельный цикл. Эти мифы зафиксированы не только в «Кодзики» и «Нихон сёки», но и в «Идзумо-фудоки». При этом обращает на себя внимание разное отношение источников к Сусаноо. Если в официальной версии мифа он характеризуется как соперник Аматэрасу, то «Идзумо-фудоки» представляет его и его потомков как главных мироустроителей и культурных героев (Аматэрасу в изложении «Идзумо-фудоки» отсутствует). В связи с этим необходимо отметить социальную подоплеку мифа: будучи регионом с высокоразвитой культурой, в древности земля Идзумо представляла собой серьезного конкурента Ямато в борьбе за объединение разрозненных земель в единое раннегосударственное образование. В связи с этим и
Ниниги-но Микото, внук Аматэрасу и Таками-мусуби, получает повеление управлять Срединной Страной Тростниковых Равнин (одно из древних названий Японии). Однако поскольку в этой стране было множество «дурных божеств» и «всякая трава, и все деревья были наделены речью» (т. е. земля находилась в состоянии неупорядоченности и хаоса), следовало покорить ее. После нескольких неудачных попыток посланцы богов Высокого Неба усмиряют непокорных земных божеств: Ниниги-но Микото, именуемый «царственным внуком», «покинул Небесный Каменный Престол, раздвинул Небесные Восьмислойные Облака, священный путь проложил и спустился с Неба на пик Такатихо», который располагался на острове Кюсю. После брака с дочерью местного божества и рождения детей Ниниги-но Микото умирает. Их внуком является Камуямато Иваробико Хоходэми-но Сумэра-микото — легендарный японский первоимператор, более известный впоследствии под своим посмертным именем «китайского типа» Дзимму, присвоенным ему (так же как и другим ранним правителям) задним числом, во второй половине VIII в. (выбор имен осуществлялся придворным О:ми-но Мифунэ). Дзимму покоряет многие земли и основывает страну Ямато.