Первой причиной неудовольствия императора Меншиковым было то, что цех каменщиков поднес государю 9000 червонцев, которые Петр послал в подарок своей сестре. Меншиков эти деньги отнял у посыльного, заявив, что государь еще молод распоряжаться такими денежными суммами. Царь возмутился этим поступком и с гневом заявил ему: «Я научу тебя помнить, что я император и что ты должен мне повиноваться». Вскоре Меншиков опасно заболел. Враждебные партии воспользовались этим и переправили Петра из дома Меншикова на жизнь в Петергоф.
Меншиков по выздоровлении, вместо того чтобы представиться императору, послал ему приказание явиться к нему. Петр отказался. После этого случая при освящении собора, в отсутствие императора, Меншиков занял приготовленное императорское место. Случай этот окончательно решил участь Меншикова. 6 сентября в дом Меншикова явился генерал-лейтенант Салтыков с приказанием от императора забрать вещи императора, находившиеся в доме Меншикова, и отправить их в императорский летний дом. Началась опала Меншикова. Из предосторожности Миних вывел из столицы ингерманландский полк, шефом которого был Меншиков. Но Меншиков и не собирался поднимать мятеж против императора. 7 сентября по решению Тайного совета Меншиков был отрешен от всех должностей. Затем последовал указ снять с Меншикова все ордена и чины и отправить его на жизнь в Раненбург Рязанской губернии. Меншиков устроил шумный выезд на свое новое жительство из Петербурга. Все его имущество оставалось еще за ним. Но по приезде в Тверь ему объявили, что все его имущество приказано опечатать. Экипажи все были отобраны. Он с семьей должен был сесть на телеги и отправиться в дальнейший путь уже под более строгим конвоем.
Все имущество Меншикова было описано по решению следственной комиссии в государственную казну. По сведениям комиссии, имущество Меншикова состояло, кроме городов и деревень, в следующем: 9 миллионов рублей в банковских билетах Лондонского и Амстердамского банков и других заемных актах. 4 миллиона наличных денег. Бриллиантов и разных ценностей на сумму свыше миллиона рублей. 45 фунтов золота в слитках и 60 фунтов в сосудах и утвари, множество серебра в посуде, много дорогой мебели, комиссией оцененной.
После падения Меншикова регентский совет прекратил свое существование. Император объявил себя совершеннолетним и решил сам присутствовать на заседаниях Тайного совета. Однако своим окружением был поставлен в такие условия, что не мог не только присутствовать на заседаниях, но даже продолжать свое образование. После того как члены Тайного совета освободились от тяготившей над ними опеки властного Меншикова, они стали заниматься вопросами не государственными, а личными и своих партий. В составе Совета образовались три партии, враждебные друг другу; кроме того, члены их вели вражду между собою. Государство оказалось в управлении не правительства, а отдельных лиц, управлявших страной по личной инициативе. Остерман был наиболее влиятельным членом Тайного совета, хотя, как иноземец, и не пользовался большим доверием среди окружающей его русской среды. (Арсеньев. Царствование Петра. С. 48.)
Военное управление находилось в руках Миниха. Канцлером по внешней политике был Головкин. В царствование Петра II во внутренней и во внешней политике царило спокойствие. Наиболее неспокойным элементом в стране были раскольники, но среди них было распространено мнение, что при втором императоре сыщется истинная вера пред Богом, и будет жить добро, хотя и не долго…
Во внешней политике с западными государствами велись дружественные переговоры. Беспокойство вызывала только Турция. Днепровские казаки тяготились деятельностью петербургской коллегии и просили императора о даровании им гетмана. По решению правительства Петра II коллегия была закрыта и гетманом был избран Даниил Апостол. Мера эта водворила спокойствие среди казаков и обеспечила западные границы России. Границы России повсюду прочно охранялись. Против Швеции в Финляндии были выставлены войска, занимавшие пограничную линию по побережью Финского залива до Ладожского озера. Берега Балтийского моря от устьев Невы до Западной Двины охранялись сухопутными войсками. Со стороны Курляндии, Литвы и Польши безопасность границ не нарушалась. Охрана этих границ была поручена гетману днепровских казаков Апостолу с казаками, подчиненными русским воеводам.