Южные границы от Киева через слободские и приднепровские городки, донские станицы до Царицына охранялись армией, состоявшей под верховным начальством генерал-фельдмаршала князя М. М. Голицына. Части этой армии должны были отражать набеги крымцев, ногайцев и турок. Генерал Тараканов сидел в «ретраншементе» на Дону и наблюдал за калмыками и турками со стороны Азова. Закавказские провинции, завоеванные Петром I, управлялись русскими генералами. Границы их имели важное значение для России, но климат был очень тяжелым для войск. Через эти области в Астрахань не раз прорывалась чума и производила опустошения в населении. В крепости Св. Креста, в Кизляре и Астрахани все время содержались карантины. Против уфимского обширного края, населенного неспокойным кочевым элементом, было образовано казачье поселение и строились крепости. Содействовали охране границ этого края и Строгановы, державшие в своих владениях до 1500 вооруженных человек.
На Дону продолжался спор с Россией о праве неприкосновенности беглого люда. Суть спора заключалась в сроках давности пребывания на Дону беглецов. В 1728 году коменданту «ретраншемента» было приказано отправиться в Черкасск и потребовать выдачи поселившихся на Дону с 1695 года. Казаки собрались на Круг и вынесли постановление, что во всем будут выполнять государев указ и беглых вышлют, но просят, чтобы высланы были только поселившиеся с 1712 года, а относительно поселившихся с 1695 года пошлют императору посыльных бить челом, чтобы не трогать их. Если же они будут высланы, то многие городки опустеют и службу служить и границы охранять будет некому.
В это время до запорожских казаков, бежавших в Турцию после разгрома их полковником Яковлевым, дошли слухи о том, что днепровским казакам вернули гетманство, это воодушевило их и заронило надежду на восстановление утраченных казачьих свобод.
Они отправили гетману письмо с просьбой принять их в свое подданство. 5 июня Тайный совет слушал донесение фельдмаршала Голицына и гетмана Апостола о письме запорожцев. Рассудили: «Запорожцев не принимать, а держать их в склонности к русскому правительству…»
Запорожцы самовольно перешли в Старую Сечь и прислали письмо императору. Голицын также писал Петру II, что Турция готовится к войне против России, а потому запорожцев надо принять. Ответ Тайного совета был уклончив.
Вопрос о высылке беглых с Дона Тайным советом был решен, с точки зрения казаков, отрицательно. Решено было, что высылке подлежат поселившиеся с 1695 года. На Дону поднимались волнения. Полковник Роговской, шедший с полком на Дон на смену частей «ретраншемента», был встречен атаманом Войска Расторгуевым, сообщившим, что на Дону неспокойно, высылавшиеся собираются уходить на Кубань. Голицын доносил то же. В Тайном совете решили, что высылке должны подлежать только поселившиеся с 1710 года.
Окружение императора после падения Меншикова составили члены семьи Долгоруковых. Они подчинили его своему влиянию и старались изолировать от близких ему людей. Они достигли даже охлаждения императора к любимой им сестре Наталье Алексеевне и царевне Елизавете, к которой он имел большую привязанность. Не ограничившись влиянием, они решили обручить императора с дочерью Алексея Долгорукова. 10 октября 1727 года было объявлено манифестом, что император решил возложить на себя корону и совершить освященное помазание в Москве. 9 января 1728 года император и двор выехали в Москву и через десять дней прибыли в предместье ее. 25 февраля 1728 года Петр II короновался.
Император и двор оставались в Москве, где Долгоруковы приняли меры к полной изоляции императора от общения его даже с ближайшими родственниками. Запрещено было свободное общение с ним даже его бабки, царицы Евдокии. Долгоруковы устраивали продолжительные поездки из Москвы под предлогом охоты. Они избавили его не только от занятий государственными делами, но и от занятий науками. Петр II привыкал к праздности.
Он нетерпеливо выслушивал доклады о государственных делах и торопился избавиться от скучных для него вопросов. Во время пребывания императора в Москве было найдено подметное письмо на имя императора, в котором сообщалось о преступных действиях правительства в государственных делах. Автором этого письма признали Меншикова. Постановлением Тайного совета его решили отправить из Раненбурга в Сибирь, в Березов. Он с семьей был отправлен туда в качестве простого ссыльного. Жена его, урожденная Арсеньева, не перенесла тяжелого переезда и такой резкой перемены в судьбе, умерла в пути. Меншиков с двумя сыновьями и дочерью Натальей, бывшей невестой императора, прибыл в Сибирь и здесь не пал духом. В пути он купил необходимые инструменты плотника, пилы, топоры и др. и по приезде на место ссылки собственными руками построил себе дом, в котором и расположился на жительство с семьей. Через некоторое время заболела и умерла дочь. Затем оба сына заболели оспой, но благодаря заботам отца выздоровели. Умер Меншиков, оставаясь в ссылке, 22 октября 1739 года.
