Наполеон расположил армию на западной стороне Гольдбаха и внимательно стал наблюдать за движением русско-австрийских войск. Главные силы он расположил против командующих над всей местностью высот восточной стороны ручья. На правый фланг выделил пять батальонов и двенадцать эскадронов. В резерве поставил корпус Даву. По плану союзников, на фронте развертывалось 25 000 войск и 60 000 направлялись для обхода правого фланга французской армии с целью отрезать ей пути сообщения с Веной. К вечеру развертывание армий союзников было закончено, и Наполеон, наблюдавший за движением их войск, заявил: «Союзники решили обойти наш правый фланг, посмотрим, как они нас атакуют». Ночью Наполеон с большими предосторожностями перевел главные силы армии на восточный берег ручья Гольдбаха и расположил их у подножья горы, занятой русско-австрийскими частями. Утром главные силы русско-австрийских войск начали движение к югу с целью атаковать правый фланг французов. Кутузов находился на Праценских высотах и всячески старался задержать движение войск. На высотах появился со свитой император Александр и с удивлением обратился к Кутузову с вопросом: «Почему войска задерживаются на месте? Ведь мы не на учебном плацу под Петербургом». Кутузов ответил: «Я потому и не тороплю войска покинуть высоты, что мы не на параде под Петербургом, но, если прикажете, потороплю». Когда большинство войск спустилось с Праценских высот и начали бой на правом фланге французской армии, утренний туман рассеялся, и Наполеон двинул главные силы во фланг и тылы русско-австрийских войск.
Противодействие неожиданно появившемуся противнику оказано было слабыми частями, оставшимися на высотах, а впрочем, они скоро были смяты, и главные силы французов оказались на фланге и в тылу главных сил русско-австрийской армии, которая полагала, что обходит противника с правого фланга. В качестве арьергарда русско-австрийских войск были части Багратиона и князя Лихтенштейнского; несмотря на энергичные атаки, они не могли остановить успех французских войск. Атакованная с тыла, русская армия в страшном беспорядке была отброшена в Моравию и собрана Кутузовым у Радзивиллово в составе 25 000 человек. Обозы и коляска императора были найдены в районе Минска. В результате понеженного поражения Австрия заключила мирный договор с Наполеоном, за ней последовала Пруссия, и русские войска должны были очистить их территории.
В сложившихся условиях мир оказался непрочным. В Пруссии возникла мысль о создании «северного союза», подобно «рейнскому», созданному Наполеоном. Наполеон заявил, что он не допустит этого союза и силой будет включать всех в «рейнский союз». Пруссия стала готовиться к войне, получив полную заручку со стороны Александра, заверившего короля, что все русские войска будут предоставлены в его распоряжение. Наполеон не выводил свои войска из Пруссии, король ультимативно потребовал их вывода. 24 сентября 1806 года началась франко-прусская война. Прусская армия была одним ударом сокрушена под Иеной, и Наполеон занял Берлин. Русские войска выступили на помощь Пруссии. 25 октября русский корпус в 60 тысяч перешел границу у Гродно, месяц спустя другой, в 40 тысяч, тоже направился в Пруссию и занял Остроленко. Прусский король свои войска в 14 000 подчинил командующему русской армией Буксгевдену и заявил, что судьбу Пруссии он вручает императору Александру. Однако военные операции 1806 года для русских войск сопровождались неудачами, и армии были отведены в Остроленко.
Высшим начальником был назначен Бенигсен. В состав армии прибыл атаман Платов, и ему были подчинены все казачьи полки. 27 января 1807 года произошло сражение у Прейсиш-Эйлау. Русская армия снова понесла тяжелые потери и отошла к Кенигсбергу. Наполеон, впервые встретившийся с казаками, недооценил их тактику, заявив, что это «посрамление рода человеческого». Платов с казаками при отступлении составлял арьергард и сдерживал французов. Обе армии расположились на зимние квартиры. 16 марта император Александр выехал к армии. Для усиления армии из Петербурга выступила гвардия, из Москвы и Калуги направлены были на фронт 17-я и 18-я дивизии. В Митаве император навестил графа Лильского, под этим именем там проживал Людовик XVIII. В Пелангене Александр встретился с прусским королем.
