Прибыв в штаб армии Бенигсена, император после осмотра войск отправился в Тильзит, а прусский король – в Мемель. 2 июня произошло сражение у Фридлянда. Русская армия была разбита «авантюристом» Бонапартом и отступила на Неман. Прусский король остался совершенно безземельным. Поднялся вопрос о перемирии, которое сочувственно было встречено Наполеоном; местом переговоров назначен был Тильзит. Для встречи русского и французского императоров на реке Неман были построены плот и два павильона. По тому и другому побережью Немана были расположены русская и французская армии, 13 июня произошла первая встреча императоров, продолжавшаяся 1 час 50 минут. 25 июня был подписан Тильзитский мирный договор. Договор состоял из 29 статей, императоры обязывались воевать заодно на суше и море во всех войнах, которые Россия и Франция вынуждены будут вести против какой-либо европейской державы. Россия брала роль посредницы между Францией и Англией, Франция – между Россией и Турцией. Вопрос о положении Польши был разрешен образованием Варшавского герцогства во главе с саксонским королем. Россия присоединяла к своим владениям Белостокскую область.
Тильзитский мирный договор возбудил в уме Александра мысль о возможности приобретения для России «ключа своего дома» – пролива для выхода в Средиземное море. Наполеон посоветовал Александру присоединить к владениям России Финляндию. Пруссия тоже обязана была подписать договор с Францией, по которому она теряла все области по левую сторону Эльбы и все земли, приобретенные ею при разделе Польши, кроме того, она должна была войти в систему континентальных держав и уплатить 14 миллионов талеров контрибуции.
Мирный договор с Наполеоном был встречен в России всем народом враждебно. Во время войны с Наполеоном по всей России в церквах велась проповедь по специально составленному Святейшим Синодом толкованию, что Наполеон – антихрист. После Тильзитского договора по возвращении императора в Петербург было разослано приказание прекратить проповеди против Наполеона. Распоряжение это достигло обратного результата: государя стали обвинять в том, что он вошел в соглашение с антихристом и что подпал, следовательно, под действие нечистой силы.
Англия стала во главе противников союза с Наполеоном и, не стесняясь, осуждала политику Александра. Мирный договор с Наполеоном выполнялся. Последовал разрыв с Англией, и прекращена была торговля. Прекращение торговли с Англией привело к быстрому падению русских ассигнаций, что стало новым серьезным поводом для недовольства Александром во всех сословиях государства.
Недовольство это умело поддерживалось английскими агентами и французскими эмигрантами. Шведский посол по этому поводу доносил своему правительству: «Неудовольствие против императора более и более возрастает, и на этот счет говорят такие вещи, что страшно слушать». Русская эскадра, бывшая в Средиземном море, не успела уйти в пределы России и была захвачена англичанами в Лиссабоне. С Турцией продолжалась война, но после Тильзитского мира заключено было перемирие, утверждать которое император не торопился в расчете на содействие Наполеона, надеясь присоединить к владениям своим Молдавию и Валахию.
Армия оставалась на Дунае. Командующим был фельдмаршал Прозоровский, в распоряжении которого находился Платов с донскими казаками. За кампанию против турок Платов был произведен в чин генерала от кавалерии и получил орден Владимира I степени. В борьбе с Англией Наполеон не покидал мысли о походе в Индию. И базой этого похода была Персия. С начала 1805 года для содействия Персии против России Наполеон по просьбе персидского шаха послал к нему миссию, и был заключен договор, по которому Грузия признавалась владениями Персии. После Тильзитского мира миссия французских представителей в Персии превращалась в агентуру, собирающую сведения о положении в Индии и путях, ведущих в ее пределы. Ей было приказано также составить соответствующие карты. В переписке с Александром Наполеон убеждал его вести борьбу против главных источников могущества Британской империи. Наполеон преследовал основную цель – борьбу с Британской империей. Александр поддерживал условия Тильзитского мира, стремился извлечь из них чисто практические выгоды. Наполеон предложил Александру удалить шведов от непосредственной близости к столице и занять Финляндию, в чем обещал свою помощь. Александр и не замедлил использовать это предложение. Под предлогом, что шведский король Густав IV отверг предложение Александра вступить в союз против Англии, русская армия вступила в Финляндию и быстро заняла ее почти всю.
22 апреля 1808 года императором был издан манифест, по которому шведская провинция Финляндия присоединялась к владениям России. Что же касалось более широких планов Наполеона, о чем он не переставал убеждать Александра – вести борьбу против Англии, и писал императору, что Англия решила продолжать войну до последней крайности.