Суровый стиль правления Павла IV, его неусыпная жесткая требовательность способствовали не столько укреплению авторитета папства, сколько нагнетанию страха и ненависти к нему. Поскольку в Контрреформации он видел лишь чисто административную задачу, то едва ли не все свои силы отдавал инквизиции. (Каждую неделю он председательствовал на заседаниях Священного трибунала.) Когда в 1559 г. папа умер, негативные эмоции, накопившиеся в Риме за годы его правления, выплеснулись на улицы. Если в начале понтификата Павла IV ему воздвигли статую, то после его смерти толпа, до предела распаленная людьми Колонны и Орсини, сбросила статую с пьедестала; ее разбили на куски, а увенчанную папской тиарой голову долго таскали по улицам Рима.
Завершил Тридентский собор и приступил к воплощению принципов Контрреформации в жизнь папа Пий IV (1559–1565). На конклаве снова боролись друг с другом испанская и французская партии; в результате папой стал почти неизвестный до того момента кардинал, не принадлежавший ни к одной из партий. Выходец из бедной семьи, миланский кардинал Медичи (к флорентийскому клану Медичи он отношения не имел) был полным антиподом Павла IV. После избрания Пий IV первым делом изгнал из Курии непотов Карафы. И через некоторое время возглавил партию реформ, так как понял: если реформы осуществятся не под руководством папы, они неминуемо нанесут урон папскому примату. В помощники себе он взял сначала кардинала Мороне, а после его смерти – своего племянника, кардинала Карло Борромео. Борромео первым стал называть себя кардиналом – государственным секретарем. Именно под влиянием Борромео папа вновь занял проимператорскую, проавстрийскую позицию, намереваясь провести Контрреформацию рука об руку с императором. (Впоследствии церковь объявила Карло Борромео святым, его личность стала символом беспощадной борьбы с протестантством.)
В 1562 г. папа Пий IV открыл третью сессию Тридентского собора (1562–1563). Осуществление реформ папе пришлось взять полностью в свои руки, так как у Фердинанда не было реальной власти в Италии. О том, чтобы объединиться с протестантами, никто уже не думал: церковь наконец стояла на собственной прочной теоретической платформе. Однако в том, что касается конкретных моментов реформы, на соборе выявились серьезные расхождения. Испанцы выступали за усиление роли епископата, что повело бы к ослаблению верховной власти папы. (Епископы требовали расширения своих прав.) Французские епископы, боровшиеся против гугенотов, отстаивали «галликанские свободы» в духе концилиаризма. Предложения немецкой нации представлял император: причащение под двумя видами (допущение мирян к чаше), использование во время литургии национального языка и, наконец, отмена целибата.
Председательствующим на соборе папа назначил кардинала Мороне. Чтобы повысить шансы на успех, он решил обсудить порядок проведения реформы сначала с самыми высокими инстанциями. С испанским и французским королями папе удалось прийти к компромиссу, затем и с Фердинандом I в Инсбруке. Так что последняя сессия собора действительно прошла продуктивно, завершившись принятием важных декретов. Декрет о таинстве священства предписывал укрепление религиозной дисциплины духовенства, неукоснительное выполнение им своих пастырских и культовых функций. Решение о постоянном проживании высших иерархов по месту их службы обязывало епископов находиться в своем епископстве и надзирать за его религиозной жизнью, за моралью и нравственностью священнослужителей и исполнением ими своих обязанностей, пресекая злоупотребления. Среди распоряжений о реформе, связанных с духовенством, самым значительным было постановление о создании семинарий. Собор предписывал, чтобы в каждом епископстве было создано учебное заведение (семинария), где подготавливались бы священники, способные проводить в жизнь дух и букву собора. Требование о создании семинарий органически вытекало из принятой собором церковной реформы. Католические священники нового типа ни в моральном отношении, ни с точки зрения теологических познаний не должны были уступать протестантским проповедникам. Что касается ранее принятых догматических постановлений – например, учения о благодати, то была отменена продажа индульгенций и были приняты новые декреты об отпущении грехов, о чистилище, о почитании святых. Декрет о святости брака укреплял авторитет брачных отношений, получивших благословение церкви. Подтверждался запрет на накапливание доходов и чинов (должностей). Несмотря на то что ряд проблем так и остался открытым (например, вопрос о папской непогрешимости), Тридентский собор создал необходимую основу для обновления католицизма, для восстановления внутренней дисциплины церкви.