Современную (для тех лет) теорию папской суверенности разработали – в полном соответствии с духовной сущностью абсолютной светской монархии – иезуиты, и прежде всего кардинал Роберт Беллармин (1542–1621). Согласно его представлениям, светская власть – это тело, а церковная – дух; папа назначен Богом надзирать за государствами, для чего он наделен полной, не допускающей ошибок церковной властью. В вопросах, касающихся религии, он имеет право вмешиваться даже в государственное управление. Королевская власть тоже происходит от Бога, но свое предназначение государь реализует через руководство народом, поэтому народ может лишить его этой власти. Так в рамках одного учения папский абсолютизм совместился с представлением о народе как о суверенном субъекте. Тезис иезуитов о возможности убийства тирана здесь еще присутствует, но теперь основным критерием в оценке королевской власти является сила и незыблемость веры.
В то время как находящаяся в упадке испанская монархия в 1609 г. вынуждена была смириться с победой освободительной борьбы и буржуазной революции в Нидерландах, Контрреформация при Клименте VIII и его преемниках успешно продвигалась вперед и во Франции, и в Габсбургской империи (в том числе в Венгрии), и в Польше. Климент VIII не стал поддерживать Филиппа II в его противостоянии Франции и Генриху IV (1589–1610). Его расчет был оправдан уже в том плане, что Генрих не мог утвердиться на французском троне, не примирившись с католической церковью. А способ для этого тогда был один-единственный: возвращение к католичеству. В 1593 г. Генрих IV в кафедральном соборе в Сен-Дени торжественно перешел в католическую веру, а папа снял с него обвинение в еретичестве. Клименту VIII пришлось пойти на признание Генриха, если он не хотел, чтобы французская католическая церковь стала полностью самостоятельной и откололась от Рима. При посредничестве папы в 1598 г. завершилась и французско-испанская война, благодаря чему было восстановлено европейское политическое равновесие, а папство избавилось от испанской зависимости. Новая французская ориентация скоро принесла первые плоды: при поддержке Франции папа добился, чтобы Феррара – после того, как там вымерла династия Эсте – стала частью Папского государства. (Правда, в 1597 г. Папское государство потеряло Модену и Реджо. Начиная с этого времени и вплоть до 1791 г. – до аннексии революционной Францией Авиньона и графства Венессен – границы Папского государства оставались неизменными.)
В Священной Римской империи главной опорой Контрреформации было герцогство Бавария. Реставрация стремилась привлечь на свою сторону имперские сословия и князей. В 1590 г. удалось вернуть в католическую веру лишь одного князя – Баденского. Император Рудольф II (1576–1608) открыл для Контрреформации широкую дорогу в австрийских провинциях и в Венгерском королевстве, а при Фердинанде II (1619–1637) огромными возможностями стали пользоваться в империи иезуиты, которые к тому же готовили, воспитывая в духе Контрреформации, высшее духовенство. (Достаточно, пожалуй, назвать здесь одного из самых значительных представителей этого духовенства, венгра Петера Пазманя.)
Климент VIII возобновил активное сотрудничество с австрийскими Габсбургами в борьбе против турок. Во время начавшейся в 1593 г. пятнадцатилетней войны папа передавал Габсбургам на военные нужды значительные денежные суммы. В период между 1593 и 1597 гг. папское войско участвовало в сражениях на территории Венгрии; в Трансильвании функционировал папский нунций. Во главе папского войска (которое, по подсчетам Фракнои, состояла приблизительно из 260 конников и 8000 наемников-пехотинцев) стоял непот Климента – кардинал Хуан Альдобрандини. Папские наемники помогали отбить у турок Эстергом и Вишеград.
До середины XVII в. Европу сотрясали Религиозные войны, которые в историю вошли под собирательным названием Тридцатилетняя война (1618–1648). Правда, противоборствующие стороны определялись не столько принадлежностью к тем или иным конфессиям, сколько политическими интересами, хотя поводы для военных столкновений давала религия. Основным стимулом Религиозных войн на континенте было соперничество великих держав: Испании и Франции. Соперничество это затем трансформировалось в противостояние французско-голландско-английского блока, с одной стороны, и испанских и австрийских Габсбургов, с их контрреформаторской идеологией, – с другой. В территориальном плане война переместилась из Италии на север: походы и битвы опустошали теперь земли Германии.