Монарший абсолютизм готов был терпеть только епископский корпус, который отождествлял себя с ним. Так, епископы стали придворными епископами, и почти все без исключения были выходцами из новой придворной аристократии. В 1682 г. французское духовенство сформулировало в четырех тезисах свое понимание галликанских свобод: 1) власть папы как главы церкви распространяется только на духовную сферу; следовательно, светская власть независима от папы; 2) верховная папская власть подчинена Вселенскому собору; 3) папская юрисдикция должна осуществляться в согласии с местными традициями («свободами»); 4) решения папы даже в вопросах вероучения становятся обязательными лишь после утверждения их Вселенским собором.
Иннокентий XI издал бреве, в котором отверг все галликанские тезисы французского клира. И отказывался утверждать епископов, которые присягнули галликанским тезисам. Из-за этого спора вскоре оказались пустующими 35 французских епископских кресел! В конце 1680-х гг. было аннулировано право убежища, после чего между Римом и Парижем прекратились и дипломатические отношения. Следствия великодержавных разногласий в области церковной политики достойны удивления. Стремясь довести государственный абсолютизм до полного логического завершения, Людовик XIV в 1685 г. объявил Нантский эдикт утратившим силу и, когда папа публично высказал свое неодобрение этим шагом, лишил гугенотов и тех прав, которыми они пользовались до сего времени. Были закрыты кальвинистские церкви, изгнаны проповедники. В результате последнего религиозного преследования около 200 000 гугенотов покинули свою родину, ища пристанище в протестантских государствах: Пруссии, Голландии и Англии. Эмигранты в большинстве своем были прилежными гражданами, хорошими ремесленниками, торговцами, высокообразованными интеллигентами. Изгнание гугенотов, относящихся к авангарду буржуазного прогресса, способствовало, среди прочего, закату государства «короля-солнца» – и подъему протестантских государств, прежде всего Пруссии.
Решительная антифранцузская настроенность Иннокентия XI сделала его другом Австрии; одним из следствий этого явилась активная поддержка войн Габсбургов против турок. Так, папа стал одним из главных участников освобождения Венгрии от 150-летнего турецкого господства. Антитурецкую политику Иннокентия XI проводил Буонвизи, папский нунций в Вене. Стараясь собрать для борьбы против турок как можно больше сил, папа, отбросив былые обиды, попытался примирить Людовика XIV и императора Священной Римской империи Леопольда I (1657–1705). Однако мир, заключенный в 1658 г. в голландском городе Нимвегене, оказался недолговечным, французская политика осталась скорее дружественной по отношению к Турции и враждебной по отношению к Габсбургам: Франция не была заинтересована в дальнейшем усилении австрийских Габсбургов. (Мирные переговоры же заслуживают упоминания еще и потому, что с этого момента вплоть до Венского конгресса 1814–1815 гг. папский нунций ни разу не принимал участия в международных мероприятиях.) Папе удалось склонить Яна Собеского к совместной борьбе против турок. В 1683 г. возник австрийско-польский союз, а в конце лета 1683 г. турки осадили Вену. Иннокентий XI поспешил помочь Леопольду, передав ему значительную сумму денег; польский и баварский короли также щедро финансировались из папской казны; общая сумма полученных от папы денег составила 1 200 000 золотых флоринов. Примеру папы последовали кардиналы и другие высшие иерархи. Например, венгерский примас Дердь Селепчени передал на нужды армии 400 000 форинтов.
12 сентября 1683 г. объединенные армии Яна Собеского и Карла Лотарингского освободили Вену. После этой победы началось изгнание турок с территории Венгрии. В 1684 г. для продолжения борьбы против турок папа воссоздал Священную лигу (союз Габсбургов, Баварии, Польши и папы; к ним присоединилась Венеция). Папа послал Собескому саблю и шлем полководца.
В военном походе 1686 г. папа помогал в первую очередь полякам, поскольку императорский двор не всегда расходовал полученные деньги на борьбу против турок. Папа объявил военные действия по освобождению Венгрии Крестовым походом. 2 сентября 1686 г. была взята Буда. Папа провел торжественное заседание консистории и провозгласил этот день религиозным праздником. (И послал на восстановление Буды 100 000 форинтов.) Венгерские успехи в антитурецкой борьбе не только открыли новые возможности для Контрреформации, но и на время подняли международный авторитет папства.
