Однако Европа в то время находилась еще в самом разгаре секуляризации. Заключая в 1801 г. Люневильский мир, Наполеон поставил условием секуляризацию владений немецкой имперской церкви. Два года вопрос утрясался, но в феврале 1803 г. Регенсбургский рейхстаг решил-таки начать секуляризацию. В руки светских властей были переданы владения и имущество трех церковных курфюршеств: Кельнского, Майнцского и Трирского. (После этого кельнский и трирский архиепископы лишились ранга курфюрстов, но майнцский сохранил.) Подобным же образом были секуляризованы владения 22 архиепископств и епископств, 80 аббатств и более двухсот монастырей. Внезапно обедневшая, имперская церковь отказалась и от 18 своих университетов. Секуляризация и военные поражения Австрии привели к усилению на территории Германской империи влияния протестантской Пруссии. Оставшаяся здесь от Средневековья – можно сказать, по инерции – Священная Римская империя германской нации окончательно стала пережитком прошлого. Император Франц II (1792–1835) принял в 1804 г. титул императора Австрии. (В 1806 г. он отказался от титула императора Священной Римской империи и в качестве императора Австрии и короля Венгрии правил под именем Франца I.) На территории Австрийской империи Габсбурги продолжали йозефинистскую церковную политику, Франц I не захотел заключать конкордат даже с папой Пием VII.
Торжественным актом, призванным продемонстрировать взаимопонимание и взаимоуважение Французского государства и папства, стала (2 декабря 1804 г., в соборе Парижской Богоматери) церемония коронации Наполеона, принявшего титул императора Франции. Диктатор нуждался в содействии папы потому, что источником конституционной императорской власти он считал уже не волю народа, а волю и милость Божию. Лишь при содействии папы императорский титул мог стать легитимным, а церковь – устоем имперской власти. Но если Карл Великий за императорской короной отправился в Рим, то Наполеон призвал папу на торжество коронации к себе. Поддавшись уговорам Талейрана, Пий VII сам вызвался поехать в Париж. 2 декабря церемония долго не начиналась: императорская чета заставила папу битых два часа ждать их в соборе. Наполеон принял от папы только помазание, а затем, к изумлению Пия VII, взял у него из рук корону и сам водрузил ее себе на голову. Императрица Жозефина получила корону милостью Божией, но из рук своего супруга. Эта сцена унижения папы представляла собой нечто большее, чем просто щелчок по носу. Наполеон дал понять миру, что источником своей власти является он сам и что для получения милости Божией папа ему не нужен. Присутствие наместника Христа придало празднеству больше блеска, его «ассистирование» лишний раз удостоверило власть императора.
Наполеон все более осознанно стал стремиться к тому, чтобы поставить институт папства на службу своей власти. Он даже попытался уговорить папу остаться и перенести Курию в Авиньон или Париж. Наполеон хотел сохранить папство, но отводил ему такую роль, какую отводил папам Карл Великий (или Филипп Красивый – авиньонским папам). Курия в его империи должна была стать религиозным центром, органом церковно-политического надзора над остальными национальными церквами. Папа же был бы обречен играть роль патриарха при императоре.
Пий VII вполне понял смысл произошедшего в соборе Парижской Богоматери и никоим образом не хотел оставаться во Франции. Несмотря на обиду, он, однако, сохранил лояльность императору, понимая, что Наполеон спас французскую церковь от гибели, да и в вопросах материальной поддержки духовенства, сохранения католических учреждений отнюдь не давал повода обвинять его в скаредности. Тем не менее, имея в виду интересы вселенской церкви и папства, Пий VII не пожелал добровольно взять на себя роль придворного капеллана Наполеона.
В мае 1805 г. Пий VII вернулся в Рим с намерением сохранять нейтралитет по отношению к великодержавным битвам, разыгрывавшимся в Европе. Вскоре выяснилось, что компромисс буржуазного государства и феодальной церкви не может быть прочным. Коренные интересы папства влекли его в лагерь контрреволюционной реакции. В конце 1805 г. папа – через Консальви – выразил протест против оккупации французами Неаполитанского королевства, поскольку он продолжал считать его папской вассальной территорией. В ответ на это Наполеон вынудил папу дать Консальви отставку. А французская армия оккупировала «втиснутые» между неаполитанскими землями папские владения Беневенто и Понтекорво.
