Противоречия между Наполеоном и Пием VII еще больше обострились в связи с двумя новыми моментами. Во-первых, папа отказался расторгнуть брак Наполеона с Жозефиной. Тем самым он стал препятствием на пути династических планов Наполеона, который собрался жениться на дочери Франца I Марии Луизе. Во-вторых, в соответствии со своей нейтралистской позицией папа не принимал участия в континентальной блокаде Англии. В итоге Пий VII стал помехой для Наполеона, который намерен был ввести полную блокаду. Папа не мог ждать помощи даже от австрийцев, когда в феврале 1808 г. французы снова оккупировали прибрежную часть Церковного государства и Рим. В апреле Наполеон присоединил к Итальянскому королевству четыре новых провинции (марки). Папа открыто обратился за помощью к европейским державам, но никто и пальцем не пошевелил, чтобы его защитить. В начале сентября 1808 г. французские войска окружили Квиринал, резиденцию папы, и направили дула шести орудий на его жилые покои. И в мае 1809 г. Наполеон ликвидировал Церковное государство, а Рим и его окрестности (Лацио и Умбрию) присоединил к Франции. В ответ на это Пий VII 10 июня 1809 г. отлучил Наполеона, покусившегося на Patrimonium Petri (наследство святого Петра), от церкви. Император не слишком переживал по этому поводу. На буллу об отлучении Наполеон лаконично ответил: «Противодействие папы не лишило меня ни одного солдата-католика».
Австрия в войне с Наполеоном потерпела новое поражение и вынуждена была пойти на заключение мира, скрепив его согласием на брак Марии Луизы. Теперь для полной ликвидации папства не оставалось никаких препятствий. По приказу императора 6 июля 1809 г. папа был арестован и увезен во французский город Савону, где его содержали под домашним арестом во дворце епископа; вместе с ним был арестован и госсекретарь Пакка. По распоряжению Наполеона Курия и куриальные кардиналы перебрались в Париж, чтобы здесь создать центральное управление церковью, уже без папы. (Перед этим из Рима уже были изгнаны 14 враждебных по отношению к Франции кардиналов.) Из 29 кардиналов, переехавших в Париж, 13 были лишены Наполеоном сана и доходов – за то, что посчитали незаконным его брак с Марией Луизой. (После этого их стали называть черными кардиналами.)
Папу, который даже в заточении продолжал сопротивляться Наполеону, находившемуся в зените своего могущества, пытались сломить с помощью национального собора французской церкви. Однако собравшийся в 1811 г. собор, послушно выполнив многие пожелания императора, отказался принимать решения, направленные против папы. Тогда Наполеон разогнал собор и аннулировал конкордат 1801 г. Но его внимание сейчас было сосредоточено на судьбоносном, как оказалось, русском походе. Перед началом похода (в начале июня 1812 г.) он перевел Пия VII из Савоны в Фонтенбло, где папа содержался под строгим надзором.
Фиаско, которое Наполеон потерпел в России, сильно подорвало его власть. В начале января 1813 г. побитый император лично посетил пленного папу. Совершенно растерянный и дезориентированный происходящим, Пий VII поддался на уговоры Наполеона и подписал проект нового конкордата, в котором папа почти по всем позициям уступал требованиям Наполеона. Среди прочего он отказался от Церковного государства и готов был принять от Наполеона компенсацию – два миллиона франков ежегодно; отказался он и от назначения епископов, взяв на себя обязательство утверждать вновь назначенных епископов. Свой подорванный политический авторитет Наполеон хотел поднять, одержав победу над папой, а также добившись успехов в области церковной политики, так как теперь он очень нуждался в поддержке церкви. Папа снова смог встретиться со своими любимцами, кардиналами Консальви и Пакка, которые просветили его в отношении истинного положения дел. Они уговорили его (в конце марта 1813 г.) отменить свое предварительное согласие на подписание нового конкордата. Наполеон в это время был полностью поглощен заботами о вооруженной защите Франции, и папство уже не было в центре его внимания. Папе разрешили вернуться в Савону; а после поражения Наполеона под Лейпцигом папа обратился к победителям с просьбой о реабилитации и восстановлении его государства. После новых военных поражений Наполеон отпустил Пия VII в Рим; 24 мая 1814 г. папа вернулся в Вечный город.
Противостояние Пия VII и Наполеона стало последней стычкой папы с императором, в которой идеи играли хоть какую-то роль. Победа буржуазной революции над феодальной церковью и ее идейной системой была необратимой, однако из противоборства Наполеона, представлявшего буржуазные идеи, и Пия VII, представлявшего прошлое, папство снова вышло – правда, в историческом плане только временно – победителем. В апреле 1814 г. в Фонтенбло Наполеон подписал акт о своем отречении.
