В марте 1848 г. революция победила в Ломбардии; австрийские войска, под командованием Радецкого, отступили. В это время национально-освободительную войну возглавлял Пьемонт, к нему одно за другим присоединялись остальные итальянские государства. Пий IX тоже послал войско против австрийцев. Но когда война стала всерьез угрожать присутствию Австрии в Италии, папство отступило первым. Пий IX приказал своим частям настроиться лишь на оборону границ Церковного государства. Окончательный разрыв с итальянским национально-освободительным движением произошел в аллокуции (обращении) папы от 29 апреля 1848 г. Папа, не поинтересовавшись мнением либерального министерства, по совету кардиналов объявил о своем нейтралитете в войне между Пьемонтом и Австрией и отдал папским частям приказ покинуть зону боевых действий. Несмотря на то что войско отказалось повиноваться, внезапная перемена в поведении папы послужила другим итальянским реакционным правителям, во главе с неаполитанским королем, сигналом для отступления – тем самым они бросили освободительное движение на произвол судьбы. Предоставленные самим себе, пьемонтцы 22 июля 1848 г. под Кустоцей потерпели поражение от австрийцев. Итальянские патриоты назвали папу предателем нации; ненависть итальянцев сопровождала Пия IX на протяжении всего его долгого понтификата, до самой могилы.
Поступок папы объективно был направлен против итальянского национального движения, однако в решении, принятом Пием IX, мы должны усматривать не просто предательство. Папство не могло взять на себя руководство движением за национальное единство Италии, ибо тогда был бы положен конец вселенскому, наднациональному характеру папства. В эти месяцы завершился конфликт между универсализмом и итальянской сущностью папства. В аллокуции от 29 апреля 1848 г. Пий IX аргументировал свой шаг: папский престол должен с одинаковой любовью относиться ко всем католическим народам, а следовательно, папа, обладая верховной духовной властью, никогда не сможет стать во главе федерального Итальянского государства. В той критической ситуации папа делал одну ошибку за другой. Два года он создавал видимость, будто участие в решении национального вопроса и папство могут быть совмещены. Однако в решающий момент, когда нужно было действовать, стал высказывать противоположные мысли. В политической мотивации такого его поведения немалую роль играло то, что папу привели в ужас революционные методы борьбы, буржуазная революция, а гарантию порядка он увидел в присутствии австрийцев в Италии. Не могли не оказать воздействия на папу и угрозы Меттерниха, который намекал, что папство может потерять церковь габсбургской империи. В этой ситуации у него была одна дилемма: или отказаться от своего государства и от светской власти (что не входило в его намерения), или искать защиту у контрреволюционных сил.
Папа – под влиянием Кустоцы – в сентябре 1848 г. распустил либеральное министерство и вместо него назначил правое правительство во главе с Пеллегрино Росси, что лишь накалило обстановку и привело к новым народным волнениям. 15 ноября Росси был убит, в Риме вновь вспыхнула революция. Папа бежал в Квиринал, но толпа осадила дворец и вынудила его назначить новое, демократическое правительство. Новое правительство разоружило швейцарскую гвардию; папа на ход событий никакого влияния оказывать уже не мог. Теперь он хотел лишь выиграть время. 24 ноября 1848 г., ночью, он с помощью баварского и французского послов бежал в Неаполитанское королевство, где в замке Гаэта в обществе Антонелли, Ламбрускини и других кардиналов в течение 17 месяцев пользовался гостеприимством неаполитанского короля. (Это был последний случай, когда папа был вынужден бежать из Рима, спасаясь от римлян.) Из Гаэты Пий IX сыпал проклятиями в адрес революционного Рима. Под угрозой отлучения от церкви папа запретил католикам участвовать в выборах и в политической жизни.
Бегство папы окончательно похоронило альтернативу неогвельфов; инициатива перешла в руки революционеров, в руки Мадзини и Гарибальди. На парламентских выборах радикалы одержали полную победу. Они объявили о ликвидации светской власти папы и провозгласили в Риме республику. Джоберти, вернувшись в Италию в декабре 1848 г., стал премьер-министром Пьемонта; он предложил папе помощь пьемонтской армии против Римской республики. (Тем самым он хотел упредить намерение папы обратиться за помощью к государствам, находящимся за пределами Италии.) Джоберти направил в Гаэту кардинала Росмини (тот стал кардиналом в 1847 г.), чтобы уговорить папу принять этот план. Однако в эмиграции Пий IX оказался полностью под влиянием своих реакционных сподвижников Ламбрускини и Антонелли, которые готовили окончательный разрыв папства с Италией.
