На конклаве 1903 г. партия сторонников политической линии Льва XIII сплотилась вокруг кардинала Рамполлы, в то время как кандидатом интегралистской оппозиции был кардинал Готти. Как свидетельствует исторический опыт папства, у Рамполлы было мало шансов на избрание, ибо интересы церкви требовали коренных изменений – нужно было правление, которое начало бы свою деятельность с чистого листа (tabula rasa). К тому же однозначная французская ориентация Рамполлы побудила Франца Иосифа объявить его нежелательной кандидатурой. Второго августа на заседании конклава архиепископ Краковский, кардинал Ян Пузыня наложил от имени императора Австро-Венгрии вето на кандидатуру Рамполлы. Тот резко протестовал против вмешательства, и число отданных за него голосов под воздействием инцидента временно увеличилось. Это, однако, было уже лишь бессильным протестом оскорбленного конклава; лагерь сторонников государственного секретаря все более сокращался. Как обычно бывает в такой ситуации, возобладала логика компромисса, и больше всего шансов выпало на долю кардинала, меньше всего претендовавшего на папскую тиару. В конце концов 4 августа 1903 г. кардинал Сарто получил требуемое большинство в две трети и, став папой, взял себе имя Пий X. Поскольку избрание имени в какой-то мере предопределяет уже и программу, то новый папа обозначил свое желание придерживаться традиции святых и страдавших Пиев, главным образом Пия IX.
Будучи по складу характера исключительно духовным пастырем, папа сразу после избрания направился было по желанию народа на внешний балкон Ватиканского дворца для благословения «Urbi et orbi», не подумав, что выход из ватиканских покоев может быть расценен как символический «отказ от ватиканского плена». Кардинал-декан в испуге напомнил папе о политических последствиях его поступка, и тогда Пий X благословил народ лишь с балюстрады, смирившись с ролью пленника, которую исполняли его предшественники.
Этот эпизод свидетельствует о том, что бывший провинциальный приходский священник, вставший во главе церкви, вообще понятия не имел, какие проблемы волнуют Курию и какими методами принято управлять вселенской церковью. Но, пожалуй, именно это, как и его глубокая набожность, способствовали тому, что этот пришедший извне человек, глазами простого священника смотревший на итальянскую действительность и на повседневную жизнь церкви, понял такие внутренние проблемы церкви, над которыми скользил, не замечая их, взгляд его великолепного предшественника, мыслившего категориями европейского масштаба.
Пий X свой новый ватиканский курс начал с того, что сместил Рамполлу с должности главы Государственного секретариата и удалил из Ватикана его партию. Государственным секретарем он избрал также аполитичного и глубоко консервативного испанского кардинала Мерри дель Валя. Все это подтверждало, что Пий X критически смотрел на политическую активность своего предшественника, не видя в ней особой пользы, и свою задачу видел не в политической деятельности, а в проведении внутреннего обновления церкви.
В энциклике «Е supremi apostolatus cathedra», опубликованной 4 октября 1903 г. в связи с вступлением Пия X на престол, была изложена программа реформирования папства в духе консерватизма. Ее центральной мыслью было: «Instaurare omnia in Christo!» («Все обновить во Христе!») Средство осуществления этой программы виделось не в церковной политике, а в углублении религиозной жизни и в обновлении пастырской деятельности, в стремлении сделать их более эффективными. Важнейшей задачей энциклика считала воспитание такого католического клира, который сформировал бы жизненные идеалы христианской праведности сначала в самом себе, а затем принимался за воспитание таких качеств в других. По отношению к государственной власти Пий X проявлял нейтральность, хотя и симпатизировал консервативным монархиям. В то же время он однозначно дал понять, что для выполнения своей духовной, пастырской миссии церковь нуждается в полной свободе.
Стремясь обеспечить полную независимость церкви от светской власти, Пий X в конституции «Commissum nobis», изданной 20 января 1904 г., запретил кардиналам – под угрозой отлучения – использовать на конклаве вето, исходящее от иностранного государства (это был его отклик на произошедшее с кардиналом Рамполлой). Тем самым было окончательно ликвидировано эксклюзивное право светской власти на отвод кандидатуры. В булле «Vacante sede apostolica» от 25 декабря 1904 г. Пий X закрепил существовавший порядок избрания папы, подчеркнув при этом недопустимость внешнего вмешательства в выборы.
