Тем не менее конклав прошел не вполне гладко. Как раз в те дни, когда кардиналы закрылись в Сикстинской капелле для избрания преемника, начал разворачиваться польский конфликт, ставший непосредственным поводом для начала Второй мировой войны. Французские епископы, несмотря на то что им были известны прогерманские симпатии Пачелли, выступили на конклаве в его поддержку, – считалось, что именно от него исходит резкая критика фашизма, звучавшая в выступлениях Пия XI. Это крыло ждало от нового папы более решительного продолжения несмелого протеста, на который отважился его предшественник. Правда, кардинал Тиссеран знал Пачелли лучше: он сделал акцент на одностороннем германофильстве кандидата. Лично он предпочел бы видеть на папском троне парижского нунция, кардинала Мальоне, приверженца демократии. Лидер традиционалистской партии в Курии, кардинал Оттавиани также не был в восторге от кандидатуры Пачелли – слишком большой властью тот располагал, – поэтому предложил кандидатуру Тиссерана. Как формировалось на конклаве большинство, какие мотивы двигали кардиналами, остается тайной; известен лишь один факт: Тиссеран был против Пачелли. Некоторые источники говорят, что он один голосовал против. Правда, по другим источникам, он тоже голосовал за Пачелли, с тем условием, что государственным секретарем станет франкофил – кардинал Мальоне, который действительно занимал пост госсекретаря вплоть до своей смерти в 1944 г. А после его смерти Пий XII, нарушив сложившуюся к тому времени традицию, вообще не назначил нового государственного секретаря: он руководил Курией сам. Заместители госсекретаря Тардини и Монтини были его непосредственными помощниками. Римский аристократ на папском троне, Пий XII возродил также непотизм, который, естественно, теперь, в середине XX в., вызывал огромное возмущение. Он дал слишком большую свободу своим родственникам, особенно в области экономики и финансов, не говоря уже о том, что на него оказывали влияние его любимцы немцы.
Папа Пий XII как глава церкви определенно был автократом, политическим идеалом которого была консервативная монархия. Его монархистский настрой виден хотя бы из того, что одним из первых его решений была реабилитация (10 июля 1939 г.) «Action française». В 1940 г., после разгрома Франции, Ватикан признал режим Петена. За спиной Петена группировались не только фашисты, но и консервативные, реакционные силы, от Морраса до большинства католических епископов включительно. Католическим консервативным силам нового французского государства Пий XII оказывал всяческую поддержку, видя в этом шаг к созданию новой, христианской Европы. Все это способствовало тому, что французские епископы, за небольшим исключением, сотрудничали с правительством Виши.
Во время Второй мировой войны позиция Пия XII под воздействием обстоятельств менялась, становясь такой же непоследовательной, как, например, позиция Черчилля или Рузвельта. Впрочем, церковь свою позицию с точки зрения судеб и будущего человечества в критический период считала и в моральном, и в идейном отношении вполне оправданной. В мировой катастрофе она видела наказание обеих воюющих сторон за проводимую ими политику.
Во время польского конфликта Пий XII предпринимал дипломатические шаги, направленные на решение кризиса политическими средствами. 3 мая 1939 г. папа направил великим державам (за исключением Советского Союза) ноту с призывом организовать международную конференцию, но Гитлер и Муссолини уклонились от переговоров. Ватикан хотел склонить и польское правительство пойти на уступки – на передачу немцам Данцига (Гданьска). В течение августа папа несколько раз выступал с радиообращениями, предупреждая мир об опасности войны. «С миром еще ничто не потеряно, но с войной можно потерять все!» – так звучало предостережение папы, наталкиваясь на глухоту.
Когда 1 сентября 1939 г. началась Вторая мировая война, правительства Франции и Англии обратились к папе с просьбой объявить Германию агрессором. Пий XII отказался, сказав, что Ватикан не может непосредственно вмешиваться в международную политику. Католическая Польша с ее антинемецкими настроениями не вписывалась в картину мира, сложившуюся у папы. Когда вспыхнула война, папа заявил о своем нейтралитете, и ватиканская дипломатия до конца войны официально не выразила поддержку ни той ни другой стороне. Однако не вызывает сомнения, что молчание папы, как и заверения его о нейтралитете и о стремлении к миру, объективно благоприятствовали агрессору.