Однако Respublica Christiana существовала лишь теоретически. Итальянские феодалы – в союзе с папой или противостоя ему – были еще достаточно сильны, чтобы чужеземная (германская) власть чувствовала себя в Риме неуверенно. Как только Оттон покидал Рим, его папам тоже приходилось бежать оттуда. Более того, в 963 г. папа Иоанн XII, для германского императора «свой» папа, испугавшись мощи своего мецената, сам стал искать союза с прежними своими врагами – против германского императора. Так что в том же 963 г. Оттону пришлось вернуться в Рим: он низложил Иоанна XII и начал настоящий судебный формальный процесс против него. По желанию императора новым папой стал мирянин, чиновник, немец по рождению; он взял себе имя Лев VIII (963–965). Римляне восстали против него, когда император еще находился в стенах города. Германцы утопили мятеж в крови, но как только императорское войско ушло, пришлось бежать и Льву. Мятежников подстрекали Иоанн XII и его приверженцы, которые в 964 г. без особого труда вновь завладели Римом и восстановили Иоанна в его сане. На сей раз уже они, следуя сложившейся рутине, начали судебный процесс против Льва и его партии. Правда, наказания, которые они обрушили на своих противников, приняли слишком уж радикальный характер, и Иоанн XII до конца своей жизни страшился мести императора. На место Иоанна римляне избрали папу Бенедикта V, но летом 964 г. вернувшийся с войском император Оттон низложил Бенедикта V и отправил его в изгнание в далекий Гамбург. Однако террор, устроенный имперским войском, в какой-то мере возымел действие. Когда Лев VIII в 965 г. скончался, римляне направили в Саксонию к императору делегацию, чтобы тот назвал своего кандидата на папский престол. Благодаря этому Иоанн XIII (965–972) – именно его назвал император – получил большинство голосов: избрание прошло в рамках канона.
Император Оттон II (972–983) Италией занимался мало, дома ему досаждали свои противники. В результате в Риме вновь захватил власть нобилитет. Почти полвека папским престолом распоряжался клан Кресценциев. Сын упоминавшейся выше Феодоры-младшей, Кресценций де Феодора, приказал заточить в замок Святого Ангела и убить протеже императора, папу Бенедикта VI (973–974). Папу же Бонифация VII (973–984) из клана Кресценциев прогнали из Рима воинские части императора, и Бонифаций, захватив церковные ценности, бежал не останавливаясь до самой Византии. На несколько десятилетий папство вновь оказалось между молотом и наковальней – между германским императором и римской аристократией. В 983 г., после кончины Оттона II, на троне оказался трехлетний Оттон III; воспользовавшись этим, Кресценции, убив несколько пап, восстановили свое всевластие в Риме.
Положение изменилось лишь в 996 г., когда Оттон III всерьез занялся делами империи и вновь навел порядок в Риме. Словно ища способ выгодно вложить деньги, Оттон выбрал одного своего дальнего родственника, немецкого епископа, и посадил его на папский престол. Григорий V (996–999) был первым немцем, ставшим папой; за ним последовал целый ряд его соотечественников. Однако возглавляемый кланом Кресценциев римский нобилитет, надеясь на поддержку Византии, не хотел мириться с немецким засильем. Папу, ставленника Оттона, вновь прогнали, а на папский престол возвели антипапу. Месть императора была ужасна. В 998 г. Кресценций был обезглавлен на крыше замка Святого Ангела, антипапа же Иоанн XVI низложен, изувечен и, привязанный к спине осла, изгнан из города.
Оттон III не стал возобновлять Ottonianum (Оттоновы привилегии): он просто потребовал от пап полного подчинения. Еще он сделал попытку справиться с самовластием крупных феодалов, но в этом большого успеха не достиг. На папский престол Оттон возвел, под именем Сильвестра II (999–1003), своего учителя и друга, француза Герберта, архиепископа Реймсского. (Здесь прослеживается явная аналогия: император Оттон I мнил себя новым Константином, в годы правления которого папой был Сильвестр I.) В мечтаниях императора Оттона III и папы Сильвестра II витала Respublica Christiana, в духе которой они планировали реставрировать империю. Однако в 1002 г. очередной мятеж римских аристократов заставил мечтателя-императора и его верного папу спасаться бегством: их власти не хватало даже на то, чтобы держать в узде римлян.