Возмущенный деятельностью Тетцеля Лютер прибил к дверям Виттенбергской дворцовой церкви свои 95 тезисов и вызвал на диспут всех желающих принять в нем участие.
Основным в тезисах Лютера было опровержение теории сверхдолжных заслуг Католической церкви и критика практики отпущения грехов при помощи продажи индульгенций. Здесь еще не было развернутого учения протестантизма в полном объеме, а по вопросам, связанным с властью папы и его прерогативами, Лютер высказывался достаточно осторожно. Тем не менее, уже в следующем году Католическая церковь предприняла процесс против Лютера, а в 1521 г. на имперском съезде в г. Вормсе его учение было осуждена как еретическое, а сам Лютер был охарактеризован «не как человек, а как дьявол в образе человека». Отмечалось также, что он надел монашескую рясу на погибель рода человеческого, что он собрал в одну вонючую кучу ереси многих еретиков, а некоторые ереси придумал от себя. Здесь же, на имперском съезде было принято решение о конфискации имущества ересиарха и его единомышленников, об уничтожении его сочинений и т. п.
Однако все эти сильные слова и решения не имели сколь-либо реального значения, ибо к ним в Германии того времени мало кто прислушивался. Лютер пользовался поддержкой народных масс, бюргерства, дворянства, многих князей и чувствовал себя в полной безопасности в Виттенберге.
В борьбе с Католической церковью формирование вероучения лютеранства шло бурными темпами, и его отдельные элементы складывались в довольно разностороннюю и цельную систему. Было бы, однако, неправильно представлять себе, что оформление лютеранского вероучения являлось продуктом деятельности лишь самого Лютера. Не меньший вклад в это дело внес соратник Лютера Меланхтон. Более того, и Лютер, и Меланхтон на волне антикатолического движения вынуждены были принимать лозунги, которые не всегда соответствовали их личным убеждениям, а иногда и противоречили друг другу. В целом лютеранское учение отвечало интересам германского бюргерства и было идеологией умеренного направления немецкой Реформации.
В самом деле, Мюнцер считал, что Иисус Христос был не Богочеловеком, а исторической личностью, пророком и учителем, что таинство причащения (вкушение тела и крови Иисуса Христа) следует понимать как простую поминальную трапезу без всякой мистической приправы. Он не считал Библию единственным источником Откровения. Подлинным живым Откровением, согласно Мюнцеру, был и остается только человеческий разум. Наконец, Мюнцер призывал искать спасения не на небе, а на земле. Царство Божие, по мысли Мюнцера, означало не что иное, как общественный строй, в котором не будет существовать ни частной собственности, ни классовых различий, ни государственной власти.
Неудивительно, что пути Лютера и Мюнцера разошлись, когда в Германии вспыхнула крестьянская война, в ходе которой, как и в ходе любой войны или революции, происходила дифференциация и поляризация классовых сил. В условиях резкого обострения борьбы Лютер и его лагерь выступили против крестьянского движения и провозгласили покорность существующим порядкам. Мюнцер же до конца с оружием в руках выступал на стороне восставших и был казнен в 1525 г.