Споры вокруг статуса Тибета и демократических реформ продолжались. Во время создания Подготовительного комитета некоторые члены ранее запрещенной «Народной конференции» начали продвигаться по службе при поддержке ряда кашагских чиновников. В мае 1955 года Гьяле Чозе направил членов «Народной конференции» в Кандин, Камдо и Тайчао, чтобы представить «петиции» за «независимость Тибета». Триджанг Ринпоче, старший наставник Далай-ламы, и калон Сурханг собрали местных вождей, старейшин и старших монахов в Литанге и Ганце, призывая их выступить против демократических реформ, Коммунистической партии и начать вооруженные восстания. Они пообещали, что Кашаг выделит оружие. Когда 29 июня Далай-лама XIV вернулся в Лхасу, Гьяле Чозе передал ему петицию о возобновлении «Народной конференции». После того как Государственный совет объявил о решении создать Подготовительный комитет для Тибетского автономного района, Гьяле Чозе представил «петиционное письмо народа У, Цанга и Кхама» в Тибетский рабочий комитет КПК, публично выступив против Соглашения из 17 пунктов и Подготовительного комитета. Такие шаги вызвали хаос в Тибете. Во время Большого молитвенного фестиваля в Лхасе в феврале 1956 года члены запрещенной организации распространили листовки, призывавшие к «независимости Тибета» и выводу НОАК из региона. Вскоре несколько влиятельных лиц устроили восстание в Ганце и стали провоцировать провинцию Сычуань присоединиться. Тибетский рабочий комитет КПК потребовал немедленно подавить восстание, заявив, что петиция Гьяле Чозе направлена против руководства Далай-ламы, Кашага и Государственного совета. После неоднократных просьб Кашаг объявил, что «народные представители» являются незаконными, и арестовал Гьяле Чозе. Однако это был всего лишь обманный трюк. Арестованные были освобождены очень скоро и бежали в Калимпонг в Индии в сентябре 1956 года, продолжая там сепаратистскую деятельность вместе с Гьяло Тхондупом, Лукхангнгой и Шакабпой. Они создавали политические организации и издавали газеты в защиту «независимости Тибета». Сепаратисты также посылали тибетцев на военные базы Соединенных Штатов для прохождения специальной подготовки, готовясь к последующему организованному вооруженному восстанию в Тибете.
По мере того как новости о демократических реформах в соседних провинциях непрерывно распространялись в Лхасе, это стало главной темой для обсуждения на инаугурационном заседании Подготовительного комитета Тибетского автономного района. Об этом говорилось в докладах Далай-ламы, Панчен-ламы и Чжан Гохуа, а также в речи вице-премьера Чэнь И. Они повторили, что демократическая реформа была включена в Соглашение из 17 пунктов, но прогресс должен быть достигнут совместно тибетскими лидерами и народом путем проведения массовых дискуссий. Однако некоторые представители высшего класса все еще планировали вооруженное восстание против реформ. Помощник Далай-ламы Пагла Тубдайн Вейдайн связался с мятежниками в Литанге и Ганце провинции Сычуань, попросив их распространить повстанческие прокламации по всей территории Тибета. В июле 1956 года Джигме Гонпо, глава округа Джомда и глава местного комитета освобождения, присоединился к лидеру Дэге и его сторонникам, чтобы устроить восстание сразу же после участия в первом заседании Подготовительного комитета в Лхасе. Староста округа Маркам возглавил восстание в ноябре, преследуя местных жителей, грабя дорожные ремонтные бригады, повреждая транспортные средства и нападая на военные машины и солдат.