Если католицизм еще кое-как скреплял общество, то с проникновением в Ливонию Реформации оно затрещало по всем швам. Католицизм всеми ощущался как тяжелая узда, которую необходимо как можно скорее сбросить: бюргеры принимали лютеранство, чтобы не платить за церковные обряды, монахи уходили из монастырей в поисках мирских удовольствий. Дворянство еще сохраняло верность Риму, но, занятое только собой, проявляло мало интереса к тому, во что верят горожане. Простой народ, не искушенный в тонкостях церковных догматов, проявлял полное равнодушие к вере, которая накрепко связалась в его памяти с национальным порабощением. Как некогда предки эстонцев и латышей — эсты и ливы — толпами бросались в волны Двины, чтобы смыть с себя крещение, так теперь крестьяне покидали костел и шли в протестантскую кирку, где с них брали меньше денег и не требовали соблюдения постов и других церковных обрядов.
Протестантские пасторы в нравственном отношении мало чем отличались от католических патеров, точно так же содержали любовниц и шатались от замка к замку, где им устраивали пиры. Впрочем, прихожане и не требовали от них безупречного поведения. Если пастор не уступал гулякам в умении пить, то он немедленно приобретал славу превосходного проповедника. И поскольку пасторы предпочитали этот вид красноречия любому другому, находилось мало желающих регулярно посещать церковь. Религиозность выражалась главным образом в соблюдении христианских праздников, да и то своеобразным способом: горожане оставляли свою работу, ходили со двора во двор, пьянствовали и веселились; вдобавок к праздникам бурно отмечали крестины и свадьбы, стараясь перещеголять друг друга в пышности семейных торжеств. После Михайлова дня, в который крестьяне вносили арендную плату за землю, и до самого Рождества в замках наступала череда свадеб и пиров: рыцари испивали пиво такими чашами, в которых можно было «детей крестить». Тут же дрались, увечили и убивали друг друга, — без этого радость была не в радость, пир не в пир. В городах шел такой же разгул — Рождество, Крещение, Пасху отмечали шумным весельем. В ночь на Иванов день вся Ливония горела потешными огнями, зимой на святках праздновалась елка. Ливонские женщины вообще приобрели славу веселых и доступных потаскух (вспомним хотя бы Марту Скавронскую — императрицу Екатерину I, супругу нашего Петра). Для волокит всего света Ливония была землей обетованной.
Протестантизм, обновивший в других странах силы народов, в Ливонии, наоборот, способствовал распространению сибаритства и эпикурейства самого дурного пошиба. Веселая и роскошная жизнь требовала денег, и бароны все увеличивали и увеличивали поборы с крестьян. В то время как у рыцарей и горожан рекой разливалось пиво, бедная чухна в деревнях питалась толокном, а в неурожайные годы крестьяне грызли древесную кору и собирали в лесу коренья.
Внешняя веселость и хлебосольство ливонского общества имели обратной стороной зверскую жестокость. В XVIII—XIX веках в ливонских городах и замках было обнаружено множество скелетов людей, замурованных заживо, — эти погребения относятся главным образом к XVI столетию. В 1774 году в Риге, в церкви Святого Иакова, внутри церковной стены нашли сидячий скелет мужчины; подобный же скелет был найден в 1775 году на острове Эзеле, в Аренсбургском замке, — на маленьком столике рядом с заключенным стоял сосуд для питья и лежали окаменевшие крошки хлеба. В замках Гансальском, Вейсеншейнском, Асском обнаружили скелеты не только взрослых, но и детей. Наконец, в Рижском замке под землей была найдена целая яма с детскими костями, а под воротами святого Иакова вскрыли склеп, в котором оказался скелет с тяжелыми цепями на руках и ногах.
Ливонский орден, спаянный одними совместными попойками и построивший свое благополучие на жесточайшем угнетении коренного населения, был обречен. В этом смысле война с Московским государством стала для него историческим возмездием.
Возвратившихся из Москвы ливонских послов соотечественники встретили без оваций; особенно негодовали на них за тот пункт договора, по которому вся Ливония отвечала за невыплату дерптским епископом дани.
Между тем в самой Ливонии назревала междоусобица. Магистры ордена всегда стремились подчинить себе духовные власти. Наиболее трудно это было сделать в отношении архиепископов рижских, так как они обыкновенно являлись потомками владетельных домов или находились под покровительством соседних государей — шведских, датских, польских. В 1539 году рижским архиепископом стал Вильгельм, маркграф Бранденбургский, проявивший удивительную терпимость к распространению в Ливонии лютеранства. Под давлением магистра и горожан он в 1546 году, на Вольмарском сейме, обязался не назначать в коадъюторы немецких князей (коадъютор обыкновенно становился преемником архиепископа). Однако затем Вильгельм пригласил на эту должность Христиана, принца Мекленбургского, объяснив свое решение необходимостью заручиться поддержкой германских княжеств перед лицом московской опасности.