Учитывая особенности петербургской почвы, в основание фундамента забили 10 762 сваи. Только через три года началась изумившая и восхитившая современников установка колонн, каждая из которых весом 114 тонн и высотой 17 метров поднималась и занимала свое место при помощи специальных кабестанов (рычагов) всего за 45 минут. Довольно оригинальной особенностью строительства стала установка колонных портиков при полном отсутствии стен собора. Затем возвели стены, увенчанные купольным барабаном из 24 колонн, поддерживающих сам купол. Один только процесс золочения купола, колоколен и крестов продолжался восемь лет.
Во внутренней отделке собора принимали участие лучшие скульпторы и художники того времени. 103 росписи по штукатурке и 52 стенные картины выполнили К.П. Брюллов, Ф.А. Бруни, П.В. Басин и другие. 350 рельефов и статуй как внутри, так и снаружи созданы по моделям П.К. Клодта, И.П. Витали, Н.С. Пименова и других крупнейших мастеров XIX века.
Монферран действительно умер через месяц после торжественного открытия собора в возрасте 72 лет, более половины которых отдал строительству главного храма Петербурга. Уверенный в посмертной славе, он задолго до конца жизни начертал на своем гербе девиз: «Не весь умру». А в 1835 году составил завещание, в котором просил о «всемилостивейшем соизволении, дабы тело [его] было погребено в одном из подземных сводов <…> церкви» (Исаакиевского собора), как это было издревле принято в Европе. Однако Александр II решил, что для архитектора, хоть и придворного, это слишком высокая честь. И хотя всего за месяц до этого Монферрану была пожалована золотая медаль с бриллиантами и сорок тысяч рублей серебром за строительство Исаакиевского собора, гроб с телом зодчего лишь обнесли вокруг собора и затем установили в католической церкви на Невском проспекте. Вскоре вдова зодчего увезла тело мужа на родину во Францию.
Теперь, по прошествии стольких лет, когда страсти более или менее улеглись, можно только догадываться, что «чернильница» далеко не единственное и не самое обидное прозвище, брошенное в громаду собора.