Ярмарки также предоставляли возможность представителям разных общин встречаться между собой и решать вопросы еврейского самоуправления на территориях Восточной Европы. В XVI в. эти встречи породили такие организации, как Совет четырех земель, управлявший делами еврейской общины в Польше, и Совет Земли Литовской. Они не были учреждены формально, но, правительства Польши и Литвы признавали их авторитет при решении практических дел. Таким образом, евреи достигли известной автономии в пределах великих европейских держав. Эти советы были упразднены в 1764 г.
Между тем в Центральной Европе начавшаяся в 1517 г. Реформация давала надежду на веротерпимость — протестантизм разрушал единство церковной доктрины, господствовавшее на протяжении средних веков. При этом распространение идей гуманизма вызвало растущий интерес со стороны христианских интеллектуалов к иудейским писаниям, особенно к Комментариям к Библии и к Каббале. В 1513 г. произошел случай необычной перестановки ролей: христианский ученый по фамилии Ройхлин публично и с риском для себя встал на защиту Талмуда против нападок на него со стороны выкреста-еврея по фамилии Пфефферкорн. Благодаря авторитету Ройхлина изучение иврита стало уважаемым делом среди христианских ученых; папа позволил напечатать первое свободное от цензуры издание Талмуда.
Религиозный реформатор Мартин Лютер в начале своей деятельности на этом поприще начал было защищать евреев, включив в свои обвинения против католической церкви их несправедливые преследования. Однако, поняв, что евреи не более готовы следовать за ним, чем за католической церковью, он обернулся против них и написал в их адрес обвинения столь злобные, что они, кажется, предваряют собой нацистскую пропаганду четыре века спустя.
Едва ли более мягкой была реакция католицизма на возрастание протестантизма — Контрреформация середины XVI в. Это движение, направленное не только против протестантов, но и против евреев, привело к возрождению средневековых преследований и репрессий. Это особенно ударило по евреям в Италии — ведь они никогда не подвергались гонениям и резне, типичным для остальной Европы; по сути дела, гуманистически настроенные папы эпохи Возрождения в первые годы XVI в. были к ним настроены даже дружелюбно.
В период Контрреформации книги на иврите стали подвергаться цензуре. В это же время появлялись первые гетто — окруженные стеной кварталы, ограничивавшие места проживания евреев, в Венеции (1516), Риме, Флоренции; из других городов евреев попросту вынуждали переселяться. Таким образом, марраны, едва спасшиеся от испанской инквизиции в тихой итальянской гавани, снова оказались без защиты; многие из них перебрались в Оттоманскую империю.
Спокойствие еврейской жизни в XVII в. было нарушено даже в Польше. Во времена экспансии польские шляхтичи захватили власть над Украиной, чье православное население было недовольно не только самим фактом захвата, но и тем, что их властителями оказались католики. А поскольку шляхта назначала на посты управляющих и сборщиков податей евреев, порабощенное украинское крестьянство стало отождествлять евреев с поработителями-поляками. В 1648 г. Богдан Хмельницкий возглавил восстание казаков и татар против поляков. В последовавшем разгроме среди прочих зверств шла массовая резня евреев по всей Украине. Восстание охватило также Литву и Белоруссию. Иногда евреям предлагали спасти свою жизнь путем обращения в православие; так повторилось мученичество времен 1-го крестового похода. Смута продолжалась восемь лет, в результате чего численность еврейского населения Польши существенно сократилась. К этому времени евреи начали возвращаться в Западную Европу, откуда они прибыли раньше. В конце концов польское еврейство оправилось от этих ударов, но духу народа были нанесены глубокие раны. Несомненно, то воодушевление, с которым восточноевропейские евреи восприняли мессианские притязания Саббатая Цеви (см. гл. 6), явилось выражением отчаянного желания положить конец немыслимым мучениям, причиняемым им этим ненормальным положением среди народов. Тем более глубоким было разочарование, вызванное падением Саббатая Цеви.