Между тем положение евреев в отдельных частях Западной Европы стало улучшаться. После долгой борьбы протестантские Нидерланды сумели добиться независимости от католической Испании, и в 1579 г. в стране была провозглашена свобода вероисповедания. Теперь марраны из Португалии и позже из Испании устремились в Голландию и стали возвращаться в иудаизм. Поначалу возникали известные недоразумения, когда голландцы подозревали иммигрантов из Испании с их таинственными ритуалами в том, что это католические шпионы. Но когда стало ясно, что беженцы-марраны боятся и ненавидят инквизицию ничуть не меньше, чем сами голландцы, их стали принимать со всей гостеприимностью. Весь XVII в. пылали марраны на иберийских кострах аутодафе, оставшиеся в живых бежали в Нидерланды; и скоро там сложилась крупнейшая еврейская община сефардов. Многие марраны были в Испании врачами, юристами, правительственными чиновниками и церковными деятелями; они естественно влились в ряды интеллигенции Нидерландов, которые в великий период своей экономической экспансии стали также и центром гуманизма. Евреи активно участвовали в этой экспансии, вкладывая капиталы в Ост- и Вест-Индскую компании.
Все же еврейская жизнь в Нидерландах не проходила без религиозных трений. Марраны, в течение многих поколений оторванные от еврейской жизни, приезжали в Нидерланды, имея слабый опыт иудаистской практики. В своих добросовестных попытках вернуться к вере отцов они тяготели к строгой ортодоксальности. Привыкнув жить на Иберийском полуострове под суровым церковным контролем и наблюдением, они теперь создавали общинную структуру, налагающую на ее членов неестественно строгие требования в смысле религиозных верований и соблюдения обрядов. Эта строгость, особенно по контрасту с гуманистической атмосферой веротерпимости, в целом преобладавшей в Нидерландах, отпугивала многих одаренных людей. Особенно горький пример такого рода являет собой история Уриэля Акосты. Когда он еще был молодым католическим священнослужителем в Португалии, его обуревало желание вернуться к смутно припоминаемой им вере отцов. В 1618 г. он бежал в Амстердам и вступил в тамошнюю еврейскую общину. Однако духовные сомнения не оставили его и там, и он был отлучен. При второй попытке воссоединения с еврейской общиной на него наложили столь унизительную процедуру покаяния, что, пройдя ее, он покончил с собой.
История Бенедикта Спинозы более значительна в историческом плане, ибо Спиноза и сам был человеком выдающимся. Он родился в Амстердаме в 1632 г., получил доскональное раввинистическое образование и приступил к изучению философии сначала великих еврейских средневековых мыслителей (Маймонид), затем и современных европейских философов, таких, как Декарт. В качестве источника знания он ставил разум выше божественного откровения и религиозного предания, отвергая тем самым иудаизм как религиозную систему. Ортодоксальная амстердамская еврейская община смириться с этим не могла, и он был отлучен. После этого он написал ряд трудов по религии и этике, принесших ему славу великого философа; однако голландская еврейская община, все еще средневековая в своих воззрениях, не готова была принять в свое лоно, а тем более почитать такого крупнейшего мыслителя Нового времени, как Спиноза. Он умер в 1677 г.
Еще одним островком веротерпимости для евреев был Гамбург. Ближе к концу XVI в. в это крохотное, но процветающее государство прибыла группа португальских марранов, привлеченная его бурной коммерческой активностью. Приезжие эти имели огромные богатства и международные связи, и их принимали охотно — до тех пор, пока считалось, что это «обычные» португальцы. Но когда выяснилось, что на самом деле это португальские евреи, стали предприниматься попытки — главным образом со стороны Церкви и духовенства — вытеснить их. Но их средства были необходимы для города, и когда евреи пригрозили уехать в Данию, сенат Гамбурга подтвердил их привилегии.