С началом второй мировой войны природа лагерей изменилась: они уже предназначались не просто для изоляции, а для эксплуатации труда заключенных и их уничтожения. Под предлогом заботы о безопасности число заключенных резко возросло. Строилось много новых лагерей, в том числе в Освенциме и Майданеке (Польша). К 1942 г. число заключенных достигло 100 000 (по сравнению с 25 000 до войны), а к 1944 — 1 миллиона.
Еще до того, как были окончательно сформулированы планы глобального уничтожения евреев, концентрационные лагеря использовались для уничтожения отдельных групп, например в рамках программы эйтаназии (умерщвления душевно- и хронически больных) или действовавшей в Равенсбрюке (женский лагерь) программы уничтожения беременных еврейских женщин. Начиная с 1941 г. несколько лагерей было оборудовано крематориями для сжигания трупов, признанных негодными для научных исследований в медицинских институтах; заключенных, работавших в крематориях, периодически расстреливали, чтобы предотвратить утечку информации.
В 1941 г. появились лагеря, специально задуманные как лагеря массового уничтожения. Они должны были механизировать работу подвижных отрядов, следовавших за немецкими войсками в глубь территории Советского Союза. Поначалу в них использовали насыщенные окисью углерода выхлопные газы грузовиков, а с 1942 г. стали применять газовые камеры, замаскированные под душевые. Система достигла пика эффективности летом 1942 г., когда на смену выхлопным газам пришел инсектицид «Циклон-б» (выпускавшийся фирмой И. Г. Фарбен, которая и поныне остается одной из крупнейших германских промышленных компаний). С этим нововведением стало возможным за 4—5 минут умертвить 700—800 человек. Перед кремацией с трупов снимали золотые украшения, выдергивали коронки и отрезали волосы. Одежду дезинфицировали и использовали заново; пепел использовали для удобрения. Дым крематориев был виден в близлежащих городах и селах. Главные лагеря уничтожения — Треблинка, Собибор, Майданек и, конечно, Освенцим. Более мелкие лагеря, где работу проводили расстрельные команды, существовали вблизи главных центров еврейского населения Восточной Европы — Вильно, Риги, Минска, Ковно и Львова.
Адольф Эйхман придавал приоритетное значение уничтожению польского еврейства благодаря легкости транспортировки и настойчивости губернатора региона Ганса Франка. Систематическая эвакуация польских гетто началась в 1942 г. Но к концу 1943 г. Треблинку и Собибор пришлось закрыть — после восстаний заключенных, воспрянувших при наступлении Красной Армии. Уничтожение евреев в газовых камерах продолжалось до ноября 1944 г.
Концентрационные лагеря поставляли также рабочую силу для промышленности. И. Г. Фарбен, Крупп, Тиссен, Флик и Сименс (процветающие доныне германские фирмы) использовали этот источник для формирования до 40% своей рабочей силы с огромной для себя выгодой. Лагерное начальство также немало наживалось на рабском труде; ведь жили заключенные впроголодь, медицинское обслуживание практически отсутствовало; расходы на их содержание были минимальны — их просто «урабатывали» насмерть. Средняя продолжительность жизни такого раба составляла девять месяцев, а оборачиваемость рабочей силы в некоторых отраслях достигала 300% в год. Постепенно назрел конфликт между спросом на рабский труд заключенных для нужд войны и политикой «окончательного решения еврейского вопроса», требовавшей скорейшего уничтожения всех евреев. Было решено проводить селекцию на месте поступления новых контингентов евреев в лагеря — особенно в Освенциме. Работоспособных отбирали и не отправляли в газовые камеры немедленно, а только после того, как они выработают свой ресурс.
По мере наступления с Востока Красной Армии лагеря эвакуировали; поскольку транспорта не было, заключенных просто гнали пешком на Запад безо всякого снабжения. Во время этих эвакуаций в результате ужасных условий на марше и в приемных лагерях погибло около 250 000 человек.
Италия, пока она не была оккупирована, сотрудничала со своей союзницей Германией в общем эпизодически. На территории страны были устроены концентрационные лагеря, но в них с евреями обращались сравнительно гуманно. Однако когда Италия капитулировала перед союзниками в сентябре 1943 г., все изменилось: северная часть страны, где сосредоточилась большая часть еврейского населения, включая беженцев из Франции и Югославии, попала под контроль Германии. Основной части еврейского населения Италии теперь предстояло быть перемещенной в концентрационные лагеря. Но, как это было в Париже, Голландии и Дании, многим евреям удалось найти поддержку среди местного населения, готового помочь им спастись.
