К 1648 году ван дер Донк и его соратники убедили Стюйвесанта принять некоторые ограничения его абсолютной власти и добились от Стюйвесанта создания совета из девяти советников, которые должны были направлять решения директора, касающиеся общего блага колонии. Ван дер Донк раскрыл свои истинные пристрастия и давнее участие в политике реформ только после того, как Стюйвесант утвердил его в совете. Он стал президентом совета и посвятил себя политической борьбе за дело, объезжая отдаленные фермы и деревни, встречаясь с купцами в тавернах и прогуливаясь по гавани, чтобы обсудить дела с капитанами кораблей. Заручаясь поддержкой и изучая желания горожан, ван дер Донк одновременно составлял список претензий в трактате, отстаивая гражданские права жителей Нового Амстердама. Эти чувства глубоко укоренились в голландской традиции ответственного муниципального управления, свободного от произвольных налогов, коррупции, политического и меркантильного фаворитизма. Однако такой гордый человек, как Стайвесант, затруднял сотрудничество; его конечная ответственность лежала на компании. Ситуация создавала очевидные конфликты по поводу того, какому общему благу следует служить.
Ван дер Донк хотел, чтобы голландское правительство взяло на себя управление поселением, фактически положив конец правлению компании. В это время в Голландской республике существовали две противоположные движущие силы. Одну из них представлял Стёйвесант: короли-торговцы, работорговцы и воины, люди, которые могли быть жестокими экспансионистами, верными своей компании и стране и часто путавшими эти две верности в своем стремлении к доминированию в мировой торговле и в коммерческой и военной войне против ненавистных англичан, испанцев и португальцев. Ван дер Донк представлял другую силу: вдумчивых философов и юристов, вдохновленных эпохой Возрождения, которые отстаивали естественное право и права людей на самоопределение. Его позиция естественным образом расходилась с конечной задачей Стайвесанта: управлять Новыми Нидерландами ради финансовой выгоды далеких акционеров. Права граждан занимали в лучшем случае второй уровень.
С годами трения между двумя мужчинами усиливались. Стюйвесант даже считал поведение ван дер Донка изменническим; он не мог понять, почему ван дер Донк упорно пишет петиции и проводит публичные собрания после того, как получил видное место в правлении. Он понимал мир с точки зрения власти и поэтому считал, что ван дер Донк хочет сместить его и присвоить власть себе.
Ван дер Донк был в равной степени обескуражен неуступчивостью и растущей враждебностью Стюйвесанта. "Эти люди всегда были его добрыми и близкими друзьями, - утверждал ван дер Донк, - и незадолго до этого он считал их самыми почтенными, способными, умными и благочестивыми людьми в стране, но как только они не следовали желаниям генерала, они становились такими-то и такими-то, некоторые из них были негодяями, лжецами, бунтовщиками, ростовщиками и транжирами, словом, такими-то и такими-то, и повеса был почти слишком хорош для них".
Стайвесант арестовал ван дер Донка и исключил его из совета, оставив в тюрьме на время обсуждения вопроса о "мятежных и оскорбительных" действиях совета. Он обвинил ван дер Донка в государственной измене - преступлении, за которое полагается смертная казнь. Ставки были подняты, и никто не собирался отступать. Однако Стайвесант отпустил ван дер Донка, когда понял, что против него выступает слишком много видных людей в общине. Если бы Стайвесант открыто нарушил голландские законы, его могли бы осудить как тирана. Но как только ван дер Донк был освобожден, он вернулся к работе, выступая за права граждан.
Гражданские права были в духе эпохи: в 1648 году во всей Европе был объявлен мир, положивший конец Тридцатилетней войне, и Испания официально признала независимость Нидерландов. Необходимость в том, чтобы Вест-Индская компания была лицензированным синдикатом для пиратства, значительно уменьшилась - фактически, оно стало незаконным, - а наличие военного губернатора в стиле корпорации над одной из величайших колоний республики стало восприниматься как анахронизм. В конце концов, компания была создана в первую очередь для привлечения частного капитала к нападению на испанское судоходство в Карибском бассейне.
