Для этого он решил использовать 11 человек, преимущественно членов большевистской партии, то есть каждому находившемуся под арестом в доме Ипатьева лицу полагался свой индивидуальный палач. В расстрельную команду по уничтожению бывшего царя, его супруги и их детей, а также находившихся с ними слуг вошли сам комендант дома особого назначения, член коллегии Уральской областной ЧК Я.М. Юровский, помощник коменданта по дому особого назначения сотрудник ЧК Г.П. Никулин, военный комиссар Верх-Исетского совета П.З. Ермаков, который привлек к расстрелу своего друга сотрудника Уральской ЧК, члена партии большевиков с 1911 года М.А. Медведева (Кудрина), а также группа чекистов-латышей во главе с Яном Михайловичем Целмсом, из них известна только одна фамилия – Я.М. Свикке.
Вызванным лицам Юровский объяснил о цели их сбора. За исключением двух латышей, у которых нервы оказались не в порядке, собранные им люди согласились добровольно исполнить волю Уральского областного совета. Отказавшихся тут же заменили на других латышей.
Архивисты по указанию Л.П. Берии попытались восстановить хронику трагической ночи 16—17 июля 1918 года.
Рано утром 16 июля Юровский сообщил поваренку Лене Седневу, что к нему приехал его дядя из Ярославской губернии. Обрадовавшись, мальчик бросился в дом Попова, где у охранников он якобы и находился. Больше его в тот день никто не видел. Поваренка держали взаперти в какой-то комнате. Вечером 17 июля он был освобожден и его видели около дома Ипатьева, в который он пытался пройти, говоря, что его там ждет Алексей Николаевич, но сумрачная и злая охрана гнала его от дома, а один усатый дядька с винтовкой на плече тяжело вздохнул, погладил его непокорные мальчишечьи волосы и посоветовал бежать от этого проклятого места. Вскоре мальчика отправили на родину. В 1929 году Л.И. Седнев был арестован ярославскими чекистами и по обвинению в участии в контрреволюционном заговоре коллегией ОГПУ осужден к расстрелу.
Прошло еще только несколько часов, а цесаревич Алексей стал просить разыскать ему его товарища по играм. Доктор Боткин и кто-то из дочерей зашли к Юровскому и поинтересовались, где поваренок Леня, неизменный участник игр Алексея. Тот рассказал им придуманную Ф.И. Голощекиным легенду в отношении 14‑летнего Седнева, что он пообщается с приехавшим из Ярославской губернии дядей и скоро вернется. Боткин и великая княжна ушли успокоенными.
А Юровский этим же утром осмотрел все наганы, принесенные Павлом Медведевым, они были в целости и сохранности. Затем долго чертил на листе бумаги схему, кто кого должен был расстреливать. Запомнив все, он сжег бумагу и довольный собой пошел в апартаменты Романовых.
В них все было по-прежнему. Александра Федоровна в очках занята Библией, Николай II, улыбаясь временами, увлеченно читал Салтыкова-Щедрина. Дочери что-то чинили штопали и, смеясь, слушали рассказ Марии. Доктор Боткин играл с Алексеем в карты, в безик. Все так же, как и в предыдущие дни, они ничего не чувствовали, не подозревали, что осталось им жить всего несколько часов.
Вечером 16 июля в 23.00 Юровский собрал снова свою расстрельную команду, раздал каждому по нагану и предупредил, что время приближается. Затем они с Г.П. Никулиным долго инструктировали Павла Медведева, чтобы тот тщательно проверил с разводящим все караулы, как снаружи дома, так и внутри, держал с Юровским регулярную связь и наблюдал за всем происходящем на улице и в доме. В самый последний момент, когда все будет готово к расстрелу, Павел Медведев должен был предупредить часовых и остальную часть своей охраны, чтобы они, услышав выстрелы, не беспокоились и не выходили из комнат. О всех неординарных моментах он должен был регулярно докладывать Юровскому, а если что особенно будет беспокоить, дать знать ему через установленную связь.
Время приблизилось к 12 часам ночи, а машины все не было, ведь на ней надо было вывозить трупы. Не было и Ермакова с Медведевым (Кудриным) – это они отвечали за прибытие машины. Пришлось звонить по телефону. Они сообщили, что ремонтировали мотор, скоро выедут. Наконец, а было уже полвторого ночи, грузовик прибыл, с ним приехали Ермаков, Медведев (Кудрин) и еще какой-то чекист-латыш. За рулем машины сидел шофер Сергей Моханов.
Юровский пошел будить доктора Боткина, который спал в ближайшей от входа комнате. Удивившись, что его разбудили в такое позднее ночное время, доктор спросил:
– В чем дело, гражданин комендант?
Юровский быстро заговорил, что в городе очень тревожно, шастают какие-то банды, может быть перестрелка, поэтому нужно всех разбудить и перевести с верхнего этажа вниз, в другое более безопасное место. При этом комендант подчеркнул, чтобы они ничего с собой не брали, так как все это, по-видимому, ненадолго. Доктор ушел в апартаменты Романовых. Собиралась царская семья и их слуги минут 40. Появились они сонные, кто с подушкой, кто с сумочками и другой разной мелочью.