По инструкции А.Ф. Керенского царская семья могла ходить на богослужение в ближайшую церковь. Ближайшей от губернаторского дома оказалась Благовещенская церковь, куда семья ходила к ранней обедне, при этом путь от их дома до церкви охранялся цепью стрелков. В это время на богослужение никто из посторонних, за исключением церковного хора, не допускался. В церковь ходили и к обедне, а всенощная служилась дома.
Однажды к концу богослужения, когда Благовещенскую церковь покинул Е.С. Кобылинский, но в ней оставался комиссар Панкратов, дьякон вздумал провозгласить многолетие Романовым. Дьякон был остановлен Панкратовым, а стрелки после окончания богослужения хотели побить как священника отца Алексия, так и дьякона Евдокимова.
После этого случая отец Алексий (Васильев) был сослан архиепископом Гермогеном в Абалакский монастырь. Вместо Васильева богослужение стал вести отец Владимир (Хлынов). Теперь царской семьи богослужение разрешалось проводить в церкви только в двунадесятые праздники, а потом и совсем запретили ходить в церковь. Богослужение совершалось на дому в присутствии Панкратова и одного из членов комитета охраны.
Об Октябрьском перевороте в Тобольске стало известно только через две недели. Комиссар Панкратов долгое время пытался держать отряд в неведении относительно происходивших в Центре событий, но понемногу слухи об Октябре стали проникать и в солдатскую массу охраны.
Под руководством подпрапорщика П.М. Матвеева создалось революционное ядро солдат, давших на одном из своих собраний обещание – следить за семьей Романовых и в случае попытки к бегству живыми не выпускать из дома заключения ни бывшего царя, ни членов его семьи.
В конце ноября 1917 года был образован солдатский комитет охраны. С его организацией власть над Романовыми перешла к солдатам отряда. Солдатский комитет старался установить более жесткий режим для арестованных, отменяя поблажки и смягчения, которые делались Панкратовым и Кобылинским. Свита и прислуга, жившая в отдельном доме, напротив бывшего губернаторского дома, была выселена и переведена в дом, где жила бывшая царская семья. Это мероприятие было предпринято с целью предупреждения попыток монархистов к освобождению Романовых.
Неясность положения с охраной Романовых, отсутствие связи с Центром вынудили солдат охраны командировать делегатов в Петроград для доклада центральным органам советской власти. С этой целью были избраны делегаты от каждой роты по одному человеку. Побывав во ВЦИКе и в СНК и получив инструкции о порядке несения дальнейшей охраны, делегаты возвратились обратно в Тобольск.
Комиссар отряда В.С. Панкратов 24 января 1918 года подал в солдатский комитет заявление об отставке. Комитет принял отставку и выдал ему соответствующую справку.
По требованию солдатского комитета охраны с офицеров были сняты погоны. Хотел отказаться от своей должности и Е.С. Кобылинский, ему очень тяжело далось снятие погон, так, что он заболел нервной болезнью. Ведь Евгений Степанович надел погоны больше тридцати лет тому назад, будучи еще кадетом Киевского кадетского корпуса. Как человек мыслящий, с аналитическим умом он видел серьезные недостатки в правлении Николая II, сам был свидетелем различных безобразий, допускавшихся его администрацией в Царском Селе, где долго лечился от ран и полученной тяжелой контузии. Поэтому он и пошел на контакт с новой властью: сначала Временным правительством, а затем – большевиками. В лице председателя ВЦИК Я.М. Свердлова ему было приказано следить за Николаем II и его семьей, чтобы они не скрылись куда-нибудь, и это приказание им исполнялось образцово. К этому следует добавить, что с ноября 1917 года по февраль 1918 года отряд и сам Кобылинский никаких указаний из Центра не получал, хотя и запрашивал Москву.
И вот когда с офицеров сняли погоны, Кобылинский не выдержал и хотел бросить отряд и уйти за Панкратовым. Он пошел в губернаторский дом и попросил А.А. Тяглева доложить Николаю II, что ему нужно видеть Николая Александровича. Бывший император принял Евгения Степановича в комнате воспитательницы царских детей.
Кобылинский, волнуясь, быстро заговорил:
– Ваше Величество, власть ускользает из моих рук. С нас сняли погоны, я не могу больше быть вам полезным. Если вы мне разрешите, я хочу уйти. Нервы у меня совершенно растрепались. Я так больше не могу.
Государь обнял одной рукой своего русского офицера и со слезами на глазах произнес:
– Евгений Степанович, от себя, жены и детей я вас прошу остаться. Вы видите, что мы все терпим. Надо и вам потерпеть.
Потом Николай II обнял Кобылинского, и они расцеловались. В дневнике бывшего царя есть такие слова: «Кобылинский – мой лучший друг».
Александра Федоровна в одном из своих писем Вырубовой писала:
«Слава Богу, оставляют нам нашего коменданта…»