В Праге, столице своей чешской родины, Малер чувствовал себя дома, но переезд в Лейпциг, к месту нового ангажемента в качестве второго капельмейстера, был для него уже поездкой за границу. Первым капельмейстером здесь был Артур Никит, считавшийся одним из величайших дирижеров той эпохи, и в будущем следовало ожидать соперничества и конфликтов. Когда Никиш заболел, обязанности первого капельмейстера временно были возложены на Малера, и ему уже очень скоро удалось «значительно упрочить свое положение», что внушило ему весьма радужные надежды на будущее. Он писал об этом так: «Я думаю, что Никиш недолго продержится рядом со мной и рано или поздно ему придется убраться восвояси». В сезон 1887/1888 года он ставит не только вагнеровский цикл, но и цикл опер Карла-Марии фон Вебера — шаг, который имел весьма далеко идущие последствия. В поисках неизвестных фрагментов неоконченной оперы Вебера «Три Пинто», Малер посетил дом внука Вебера, где познакомился с его женой, в которую влюбился сразу и по уши, и, судя по всему, добился взаимности. Этот бурный роман с г-жой фон Вебер, пробудил в его душе такую бурю эмоций, что справиться с ними он смог, только излив их в музыке. Если в Касселе бурная любовь породила цикл «Песни странствующего подмастерья», то в Лейпциге из пламенной страсти к г-же фон Вебер родилась Первая симфония ре-мажор. Однако сам Малер указывал на то, что «симфония не ограничивается любовной историей, эта история лежит в ее основе и в духовной жизни автора она предшествовала созданию этого произведения. Однако это внешнее событие послужило толчком к созданию симфонии, но не составляет ее содержания». Однако информация о внешних событиях в жизни Малера в период создания Первой симфонии важна для нас потому, что, зная ее, мы можем более точно истолковать воплощение его внутренних импульсов в этом произведении. На основании недавно обнаруженных источников стало известно, что замысел этой симфонии возник у Малера за четыре года до описываемых событий, но для воплощения этого замысла потребовался импульс, которым стало «музыкальное, излучающее свет и обращенное к высшему существо» в лице г-жи фон Вебер. Этот импульс привел Малера в состояние творческого опьянения, в котором он смог окончательно воплотить свой замысел. Однако процесс «творческой трансформации» не ограничился воплощением в музыке эротических переживаний, связанных с этой женщиной, но и повлек за собой видимое изменение отношения самого автора к окружающему миру. Во время работы над симфонией он запустил свои обязанности капельмейстера в театре, стал излишне восприимчив к шуму во время работы и удивлял своих собеседников, тем, что порой во время беседы его мысли оказывались где-то далеко.
Естественно, у Малера возник конфликт с администрацией Лейпцигского театра, но продолжался он недолго. В сентябре 1888 года Малер подписал контракт, согласно которому он занял должность художественного руководителя Венгерского Королевского оперного театра в Будапеште сроком на 10 лет. Предложенное ему годовое жалование давало не только ощущение дотоле неведомой надежности, но и возможность более действенно помогать семье в Йиглаве, положение которой стало к этому времени чрезвычайно сложным. На этой должности он не только с обычным рвением занялся постановкой опер Вагнера и Моцарта, но и предпринял усилия для развития Венгерского Национального театра, которым ему довелось руководить. Попытка Малера создать национальный венгерский состав исполнителей была встречена критически, поскольку публика склонна отдавать предпочтение красивым голосам, а не национальной принадлежности. Премьера Первой симфонии Малера, состоявшаяся 20 ноября 1889 года была встречена критикой неодобрительно, некоторые из рецензентов высказали мнение, что построение этой симфонии столь же непонятно, «сколь непонятна и деятельность Малера на посту руководителя оперного театра». Когда интриги против него достигли опасного предела, Малер в январе 1891 года оставил свой пост, получив компенсацию в размере 25 000 гульденов. 1 апреля он уже приехал в Гамбург по приглашению директора Городского театра Бернгарда Поля, носившего прозвище Поллини. Подчинение столь авторитетному театральному менеджеру несколько сужало административные полномочия Малера по сравнению с его положением в Будапеште, однако, в то же время, открывало более широкое поле творческой деятельности. Уже в 1892 году Поллини порекомендовал Малера как крупнейшего дирижера для проведения сезона немецкой оперы в лондонском театре Ковент Гарден и отправил вместе с ним часть музыкантов оркестра Гамбургского театра.
