Католическое крещение Малера состоялось в маленькой гамбургской церкви Св. Михаила 23 февраля 1897 года. 15 апреля 1897 года был подписан его контракт с Венским Императорским оперным театром сроком на один год. С 1 июня 1897 года он должен был приступить к выполнению своих обязанностей. Заявление Малера о том, что он «уже довольно давно» принял католическую веру, звучит в этом контексте слегка оппортунистически. Альма Малер пишет, что Малер «верил в Христа, и его крещение было обусловлено далеко не одними оппортунистическими мотивами и желанием занять должность руководителя Венского императорского театра», но, тем не менее, из писем самого Малера можно узнать, что он целенаправленно «подогнал» момент совершения обряда крещения под возможность получить желанную должность. Людвиг Карпат, биограф Малера, считает, что этот шаг вовсе не был для него легким, и ссылается при этом на такое его высказывание: «Особенно злит и обижает меня то, что, для того, чтобы получить ангажемент, я был обязан креститься, это до сих пор не дает мне покоя… Этим я совершил акт, к которому вовсе не испытываю внутренней неприязни, но совершил я его, движимый инстинктом самосохранения, и, не буду отрицать, стоило мне это немалых усилий». Это доказывает, что внутренний поворот Малера к христианству действительно произошел намного раньше. Об этом же свидетельствуют воспоминания Натали Бауэр-Лехнер, согласно которым вопросы христианского богословия привлекали его задолго до формального обряда крещения. Из других источников известно, что догматика, мистика и эсхатология христианства давно занимали весьма важное место в системе его религиозного мировоззрения. О том, сколь глубоко Малер проникся католицизмом, свидетельствует следующий фрагмент из воспоминаний Альмы Малер, относящийся к 1901 году, где она говорит об одной из бесед со своим женихом, который считал себя «верующим христианином», а на самом деле, по ее мнению, был «христианствующим евреем»: «Я была воспитана в католицизме, но затем, под влиянием Ницше и Шопенгауэра, стала придерживаться весьма вольного образа мыслей. Малер боролся с этими настроениями с такой страстью, что сложилась странная и парадоксальная ситуация: еврей с упорством обращал христианку во Христа». Все это свидетельствует о том, что Малер был истинно верующим христианином, и эту веру он обрел за много лет до крещения. Иначе едва ли ему удалось бы еще в 1894 году написать столь убеждающую музыку к «Воскресению» Клопштока. Этот хорал вошел во Вторую симфонию, которая известна также под названием «Симфония Воскресения».
После своего дебюта в качестве дирижера Венской оперы в «Лоэнгрине» И мая 1897 года Малер писал Анне фон Мильденбург в Гамбург: «Вся Вена приняла меня с энтузиазмом… Нет причин сомневаться, что в обозримом будущем я стану директором». Это пророчество сбылось уже 12 октября. Но именно с этого момента отношения между Малером и Анной начали охлаждаться по причинам, которые остаются для нас неясными. Известно лишь, что их любовь постепенно угасла, но дружеские связи между ними не нарушились. После ухода из Императорского театра в октябре 1907 года Малер заверил г-жу фон Мильденбург, ставшую в 1909 году женой Германа Бара, в том, что «и вдали от нее он останется ее другом, на которого она всегда может рассчитывать».
Сегодня никто не оспаривает мнения о том, что эра Малера была «блестящей эпохой» Венской оперы. Его высшим принципом было сохранение единства оперы как произведения искусства, созданного для оперной сцены, и этому принципу было подчинено все. Это относилось и к зрителям, от которых требовались дисциплина и безоговорочная готовность к сотворчеству. Когда Ганс Рихтер в 1898 году сложил с себя полномочия руководителя филармонических концертов, руководство оркестром возложило эти функции на Малера. Однако авторитарный стиль руководства Малера, который всегда и во всем стремился навязать музыкантам свою волю, и его фанатизм в репетиционной работе привели к тому, что он вскоре перестал пользоваться симпатией филармонистов. Кроме того, Малер вносил изменения в инструментовку известных произведений, считающихся классикой мировой музыкальной литературы, что также создавало дополнительную нагрузку для музыкантов. Во всем остальном его заслуги члены этого музыкального коллектива полностью признавали и оценивали деятельность Малера весьма позитивно.
