После успешных концертов в Париже в июне 1900 года Малер удалился в живительный покой и уединенность своего убежища Майериигге в Каринтии, где тем же летом вчерне завершил Четвертую симфонию. Из всех его симфоний именно эта быстрее всего завоевала симпатии широкой публики и в наше время воспринимается как произведение, «дружественное слушателю», хотя ее премьера в Мюнхене осенью 1901 года встретила отнюдь не дружественный прием. Но уже очень скоро былые противники Малера, такие как, например, уроженец Французской Швейцарии Вильям Риттер, поняли, что музыкальные новации Малера несут в себе дух молодого XX века. Спустя несколько лет тот же Риттер писал, сравнивая музыку Малера с искусством венского сецессиона: «Эту музыку следует исполнять в помещении, выстроенным архитектором Отто Вагнером, с декорациями Климта и Коло Мозера, и пусть она символизирует современную Вену». Малер на самом деле тесно сотрудничал с художниками венского сецессиона. По их заказу он переработал фрагмент из Девятой симфонии Бетховена, который исполнялся на выставке Макса Клингера, а Альфреда Роллера, другого участника этого объединения, он назначил главным художником Императорской оперы, отметив этим начало блестящего периода своей деятельности в качестве директора этого театра.
В апреле 1901 года Малер объявил венским филар-монистам, что в связи с ухудшением состояния здоровья он «более не чувствует себя в состоянии дирижировать филармоническими концертами». Принять такое решение его заставила болезнь, доставившая ему немало неприятностей в начале 1901 года. Внутренний геморрой, «подземный недуг», по выражению Малера, уже длительное время не только причинял ему боль, но и неоднократно вызывал кровотечения. Самый неприятный случай такого рода произошел вечером 24 февраля 1901 года во время представления «Волшебной флейты». Ему стоило огромного труда скрыть от окружающих свое ужасное самочувствие, потому что в этот вечер произошло настоящее «кровоизвержение». По словам одной из очевидиц, он выглядел «как Люцифер: белое лицо, горящие глаза. Я очень сочувствовала ему и сказала моим спутникам: такого этот человек не выдержит». Автором этого высказывания является не кто иной, как Альма, которая в это время вообще не была лично знакома с Малером. Когда императору стало известно, что директор его оперы в ту ночь, можно сказать, искупался в собственной крови, он отдал распоряжение о том, чтобы знаменитым пациентом занялся фон Хохенэгг, один из самых известных хирургов того времени. Немедленно была произведена операция, всего лишь третья по счету в мире операция такого рода, после чего Малер, силы которого были очень ослаблены большой потерей крови, отправился на отдых в Аббацию. Имеются сведения о том, что на протяжении нескольких месяцев он мог передвигаться только при помощи костылей. Но гораздо больше, чем физическая боль, его потрясло сознание того, что он находился на волосок от смерти. Однако уже в начале лета к нему вернулась прежняя активность. О перенесенной операции напоминали ему теперь лишь излишне долгие посещения туалета, в чем он порой находил повод для шуток. Во время летнего отпуска в Майернигге он не только сочинил несколько песен, но и завершил работу над двумя частями Пятой симфонии.
