Во время гастролей в Париже в июне 1900 года состоялось его знакомство с Бертой Цукеркандль, родственницей Жоржа Клемансо и женой известного венского анатома Эмиля Цукеркандля. Этому знакомству суждено было сыграть очень важную роль в жизни Малера. Эта блестяще образованная, в том числе и в области музыки, дама весьма симпатизировала венским сецессионистам, и ее салон посещали самые знаменитые художники Вены. В ноябре получил приглашение и Малер. В этом салоне он встретил женщину своей жизни — юную Альму Марию Шиндлер, дочь известного художника-пейзажиста Эмиля Якоба Шиндлера. От Альмы, которой в то время исполнилось 22 года, исходило, должно быть, некое особое очарование, потому что в нее влюбился не только Густав Климт, но и Макс Буркхард, недавно вышедший в отставку с должности директора Бургтеатра. Этой участи не избежал и Малер. С первого же взгляда его страстно повлекло к ней, и он также не оставил ее равнодушной: «Должна признаться, что он мне сразу ужасно понравился. Конечно, он страшно нервный, он прыгал по комнате, как дикий зверь. Не человек, а чистый кислород; если подойти к нему слишком близко, то можно сгореть», — писала она в своем дневнике. Неудивительно, что уже через несколько недель после первого знакомства, 28 декабря 1901 года, они объявили об официальной помолвке. Если Малер был полностью уверен в своих чувствах, то для Альмы, которой его музыка была внутренне глубоко чужда, все было куда менее ясно, о чем свидетельствует запись в ее дневнике: «Я не знаю, люблю я его или нет, и если люблю, то кого: директора Оперы, знаменитого дирижера или человека». К этому следует добавить, что Малер, вне всякого сомнения, был гораздо лучшим дирижером, нежели любовником, потому что об их первой близости она написала так: «Его мужская сила его подводит… Он лежит рядом со мной и всхлипывает от стыда… в отчаянии и растерянности». Вскоре произошло еще одно событие, которое очень обеспокоило ее. Вне всякого сомнения, оно было вызвано геморроем, но Альма по неопытности связала его с другими причинами: «Моему бедному Густаву приходится лечиться. Воспаление, отек, мешки со льдом, сидячие ванны и тому подобное. Может быть, виной тому мое сопротивление?». И, наконец, было еще одно обстоятельство, которое неприятно поразило ее и даже привело к серьезной ссоре между ними — Малер категорически «запретил» ей сочинять музыку. Чтобы понять, какое воздействие эта мера оказала на ее чувства, следует знать, что к тому времени Альма успела создать ряд незаурядных произведений, и, согласно одному современному исследованию, некоторые ее песни забыты незаслуженно. И если она все же со слезами уступила его желанию, то это вовсе не значит, что она окончательно отказалась от творчества. Вот запись из ее дневника: «С сегодняшнего дня мне придется всеми средствами бороться за то, чтобы сохранить место, которое принадлежит мне по праву. Я имею в виду искусство. Он считает, что мое искусство ничего не стоит, но свое ставит очень высоко. Я же считаю, что его искусство ничего не стоит, а высоко ставлю свое». Действительно, она до конца своей жизни не пожелала признать величие Малера как композитора. Из ее записок можно понять, что она находилась под влиянием теории Буркхарда, согласно которой еврей ни при каких обстоятельствах не может стать истинным продуктивным художником. 9 марта 1902 года в церкви С в. Карла в Вене состоялось торжественное бракосочетание. Медовый месяц они провес ли в Санкт-Петербурге, где Малер продирижировал несколько концертов. Здесь, во время ужина у герцога Мекленбургского, у Малера произошел один из тех ужасных приступов мигрени, которые уже случались раньше. В остальном эта поездка прошла вполне нормально, и даже беременность Альмы, «источник больших мучений», больше не сопровождалась тошнотой, которая доставила ей немало неприятностей в начальный период. Лето они провели в Майернигге на озере Вертерзее, где опять же был построен крохотный «композиторский домик», в котором Малер сразу же продолжил работу над Пятой симфонией. Ближе к вечеру он обычно купался в озере — Малер был отличным пловцом и не боялся даже ледяной воды. Большое удовольствие ему доставляли также дальние прогулки на велосипеде. Его гастрономические вкусы и привычки можно назвать спартанскими Все должно было быть хорошо проварено, он переносил только легкие, лишь едва приправленные блюда, что не вызывало особого понимания со стороны Альмы. Но больше всего она страдала от одиночества во время его многочасовой работы над симфонией, на что жаловалась в дневнике: «Я потеряла всех друзей, чтобы найти одного, который меня не понимает». Не помогло даже проникнутое любовью посвящение, предпосланное Малером Пятой симфонии: «Любимой Альмши, храброй и верной спутнице».
